概要
遊戯王単行本38巻のうち、なんと15巻分量を占める、事実上遊戯王の核と同じ部分である。 この時から本格的に神のカードを中心に闇遊戯の記憶に対する伏線の散布や回収に入り、ストーリーを深く進め始めた。
決勝戦に向かうほどストーリーの核心人物だけが残るためか後半に行けば単純なカードゲーム大会ではなく「神のカードをめぐって千年アイテムの継承者同士で繰り広げられる、過去の因果に関わる戦い」という感じが強くなる。 グールズを通じて大会の裏側でのみ登場していた闇のゲームも本格的に試合に介入する。
大会の詳細
主催は海馬コーポレーション。
エントリー
バトル・シティは誰でも参加できる大会ではなく、必須条件として海馬コーポレーションで製造されたデュエルディスクをゲットしなければならない。このデュエルディスクは特定のカード屋で入手できるのだが、店員立ち会いの元『参加志望者のデュエリストレベル※が5以上』と確認が取れてはじめてデュエルディスクが無料で配布される。
※：海馬コーポレーションが管理しているデュエリストのデータ(過去に参加した大会での戦績、所有しているレアカードのレア度や枚数等)を元に算出されるレベル。ちなみに遊戯は最高レベルの8である。
だがこれは言い換えれば『デュエリストレベルがノルマに届いていない者はいくらお金を積もうとディスクディスクを手にする(バトル・シティに参加する)権利はない』と言うことを意味し、デュエリストレベル2の城之内は本来なら参加資格はないのだが、カード屋の店員がグールズと通じていた為データをレベル5に改ざんした(最初は本来の結果を見せたが、城之内のレッドアイズに気づいて「今のは見間違いや操作ミスだった」等と嘘を述べてから再度結果を見せた)ことでバトル・シティ参加にこぎつけた。
予選
童実野町全体が試合会場として位置付けられており、参加者達はバトルロイヤル方式で本選参加資格を巡って戦う。この時、すべての出場者にはパズルカード1枚が付与され、デュエルをする際にはデュエルディスクを装着し、パズルカードとデュエリストの持つレアカードをかけてアンチルールデュエルをするようになる。本選戦参加資格はこのパズルカードを6枚所有するものであり、6枚のパズルカードを一つに重ねて集めると童実野町の全体地図となり、そのうちキラキラする点が決勝戦に向かう飛行船『バトルシップ』の位置となる。パズルカード全6枚をコンプリートした先着8名が本選に参加できる。
本選
決勝戦に向かう飛行船『バトルシップ』がそのまま試合会場となる。試合は全部で4試合。本選参加者8名が抽選で1対1でデュエルして勝ち抜いた4名が決勝戦進出となる。
決勝戦
『バトルシップ』がたどり着く人工島『アルカトラズ』が試合会場。まず、4人の参加者がバトルロイヤル方式でデュエルして先に負けた2名が第一試合、勝ち残った2名が第二試合にそれぞれ参戦。最後にそれぞれの試合に勝った者同士で最終決戦を行い、勝った方が優勝者となる。
