概要
原作コミックス17巻～31巻、文庫版11巻～18巻、遊戯王DM52話～97話、122話～144話。
このシリーズからルールもエキスパートルールに変更になった。ライフポイントは4000、レベル5以上のモンスターを召喚するには生け贄を捧げなければならないなど。
王国編に比べてデュエルのルールやカードの効果が洗練され、デッキを含めた決闘者たちの個性や繰り広げられる熱い展開から今なお遊戯王シリーズの中でも人気の高いエピソードが揃っている。
そのためか遊戯や海馬が客演したり、公式ゲームの対戦決闘者として登場する場合、このバトルシティ編準拠の姿で登場することが多い（原作では制服、アニメでは私服であり、シャーディー編の逆である）。
また、この章から登場した腕に装着するタイプのデュエルディスクは遊戯王を象徴するアイテムとなり、以降のシリーズだけでなく、他のカードゲーム作品にも影響を与えている。
あらすじ
イシズは三枚の神のカード1枚であるオベリスクの巨神兵を海馬瀬人に託し、残りの2枚のカードをカード密造組織グールズから取り返す事を依頼。
カードを受け取った海馬は童実野町全域を舞台としたバトル・シティを開催した。
全国から多数の決闘者が集まる大会で、影で暗躍するグールズ。
その総帥の正体は、王の魂に復讐を誓うイシズの弟にして千年ロッドの所有者マリク・イシュタールだった。
自身の記憶を取り戻すため、闇遊戯は海馬が主催する大会に参加する。
バトルシティ編モチーフのカード
※固有記事があるものののみ
