概要
いわゆる｢生鮮コンビニ｣の一つで、多くの商品が店舗名の「99」に由来して税抜99円（この当時の消費税率は5％のため税込104円。ローソンストア100への一元化後は税抜100円となり、その後増税で変動している）という｢コンビニエンスストアの規模で食品スーパーの品揃えをし、100円ショップの価格に匹敵する値段で販売｣する業態である。
…が、店舗名では99円均一を「売り」としているとはいえ、弁当や一部の惣菜・菓子・一般食品・雑誌・新聞といった税抜99円以外の商品（これらは定価販売）を扱う店舗もあり、さらに商品によっては25円、50円の物が「○個で99円」という価格設定になっていたりもしていた。
独自のプライベートブランドとして価格志向の｢QQ Label｣を販売していたほか、毎月9日前後に「九の市（きゅうのいち）」、月末には「月末市」と題したセールを行っていた。
ローソンとの提携、ブランド統合
店舗としては画期的な｢SHOP99｣であったが、荒削りな店舗運営ゆえに課題も山積みであった。
創立当初からPOSシステムなどは導入されておらず（全て小型の手打ちレジで代金を精算。その後、一部店舗では固定式でバーコードを読み取る精算端末レジも導入された）し、利益率の低い食料品や価格の変動する野菜を破格の値段で販売（販売期限が近づいた生鮮食品などは10円から半額に値引きする事で廃棄ロスを軽減させていたが）したため利益を損なっていたり、コスト削減が効かないナショナルブランド品（現在のパナソニック…ではなく、要は｢プライベートブランド｣じゃない普通の商品の事）の比率も高く、急激な店舗展開による人員不足などのため、店舗ごとのオペレーションにバラつきが大きかった（端的なイメージとして、街中にひっそりとあるヤマザキショップなんかを思い出してもらうと、分かる人には分かるかもしれない）。
その後、ローソンが関わり｢一部店舗を『SHOP99』から『ローソンストア100に転換して出店・統合｣する先行実験を実施し、プライベートブランドを共通化することを表明、それに沿った展開が行われた結果、店舗運営や商品仕入機能の一元化、店舗ブランドの統合加速（ちなみに、ローソンストア100の看板は白基調と緑基調の2種類が存在するが、緑を基調とした看板を掲げているのは初期の旧バリューローソン系の店舗である）がなされた。
これによりローソンと同タイプのPOSレジに一元化、制服の共通化などがなされた事により、オペレーションが大幅に改善された。
運営法人の変遷
1996年、スーパーマーケットを運営していた株式会社ベスト（ベスト電器とは無関係。のちに｢シートゥーネットワーク→テスコジャパン｣となるイオンエブリに事業を譲渡し法人格が消滅）内の事業部により、東京都立川市若葉町にSHOP99の前身となる「99エンオンリーストア」一号店を開業させ、4年後の2000年に株式会社九九プラスを設立しベストから独立しフランチャイズ展開を開始、翌2001年には新店舗出店時における店名を「SHOP99」に一本化、同年7月にはキョウデン（この会社は、当時のサンクスの親会社であった長崎屋も一時期傘下にしていた）傘下になった。
その後、紆余曲折を経て2010年にローソンの傘下へと収まり（2007年からローソンと段階的に提携し、2年後の2009年に当時のローソンストア100を運営していた｢バリューローソン｣を九九プラスが吸収合併）、同年7月1日付でローソンの完全子会社となり、翌2011年には全店舗がローソンストア100に移行し、2014年月にローソンに吸収合併（店舗オペレーションは別の子会社である｢ローソンマート｣へと引き継がれたが、同名の新業態がコケたために方針転換し、現在の｢ローソンストア100｣へと社名変更している）され、九九プラスは解散した。
余談
店内BGMのうち、2004年頃まで使用された｢ひたすら『ナインティナイン』を連呼する｣曲があったのだが、この曲が｢仮面ライダーアギト｣の美杉義彦役で知られる升毅氏がお気に召さなかったのか｢ナインティナインナインティナインウザい、うん!｣と発言していた事が、同名のお笑いコンビが司会を務めていた｢ぶっちゃけ!99｣で取り上げられた際に、（升氏が｢先の発言を矢部と岡村に対して言ったのではない｣と証明するために）この件の曲が紹介されていた。
関連項目
リコス-G-7系列のミニスーパーだが、元々の傘下だったユニーの店舗ブランドの一つであるピアゴを冠した｢miniピアゴ｣を一時期名乗っていた。
Randez100-ワッツの前身企業の一つが岡山県内で運営していた100円ショップだが、ヤマザキパンや野菜や牛乳や日配品などの日持ちする食品を取扱品目としていた上に、一部の店舗でも総菜コーナーがあり、おかずや弁当も売っていた。
