概要
前提として、スーパーロボット大戦におけるイデオンにはイデゲージと呼ばれるパラメーターがあり、イデオンが攻撃を受けたりすると紋章が形作られ、イデオンガンやイデオンソードなどの強力な武装を使用できる。
しかし、ゲージが上がりすぎ紋章が完成してしまうと、イデが発動しゲームオーバーになってしまう。
『F完結編』ではこのイデゲージによりバッドエンドルートに進み、『第三次α』では1周目クリアしたセーブデータによるイベントにより進む。
F完結編でのイデエンド
イデオンが自軍に加入後、任意のマップでイデゲージを6段階まであげると強力なMAP兵器イデオンガンが使用できるようになる。
だが、ゲージを上げ過ぎるとパイロットがコスモから「イデ」になり、操作不能なNPCになってしまう。この状態で数ターン継続するかイデオンが撃墜される、またはイデゲージがMAXになるイデが人類を見限った事態を示す会話が発生。
ジョリバ「どうも、イデの奴に見放されたらしいぞ、我々…」
ハタリ「バカな…俺はまだ何もやっちゃいないんだぞ…！」
ベス「コスモ…俺たちは…やることがすべて遅かったのかも知れん…」
原作（THEIDEON発動篇）でも発せられた台詞が流れた後、イデが発動してマップから全てのユニットが消滅。エンディングテーマ「コスモスに君と」のBGMと共に「GAME OVER」のテロップが表示されてゲームオーバーを迎える。
第三次αでのイデエンド
第三次αでは隠し要素としてイデエンドが用意されている。
第57話「終わりなき総力戦」クリア後、本来であれば全軍撤退した後に第57話以降のルート分岐の選択肢が登場するのだが、2周目以降のセーブデータで同話をクリアした後、ベスの台詞の中に「戦いを選ぶ」「他の道を探す」の選択肢が現れる。この内「他の道を探す」を選択すると一周目と同じルートに進むが、「戦いを選ぶ」を選択するとバッフ・クランとの全面戦争臨む事態となり、バッドエンド『銀河に君と』に進む。
シナリオ的には「カルネアデス計画」が失敗し、バッフ星が巨大隕石の衝突によって崩壊し自軍部隊とバッフ・クランの両軍共に帰る場所がなくなり、更には大量の宇宙怪獣まで現れた事態に陥り、遂にいつまでも戦いを終えられない人類をイデが見限り、（ケイサル・エフェスも少しだけ登場する）全人類を因果地平の彼方へ吹き飛ばす。その後、何もなかった空間にベスとカララの子供であるメシアが映りゲームはエンディングを迎える。
メシアはこのルートを通らないとキャラクター図鑑に登録されないので、コンプリートを目指すなら通る必要がある。
