SNKがMVS（NEOGEO）の後継機として開発し、1997年から発売したアーケードゲーム基板。
MVSの後継機として更に高品質な2Dグラフィックを表現する事を
目標として開発されていたものの、当時巷では3Dのゲームが大流行。
格ゲー業界でも『バーチャファイター』や『鉄拳』を筆頭に3D格ゲーが
大人気となっており、これを受けて本機も急遽3D表現に対応できるように舵を切った。
しかし、3D表現向けのCPU・チップセットを搭載しない状態で既に生産されてしまっており
3D描画機能を強引にソフトウェア上で実装、流通する事となる。
結果として、3D表現の品質は当時としても荒いと言わざるを得ないものとなり、
初っ端から他社製品に劣る水準になってしまう。
また、上述のように元々は高度な2D表現を目指して作られていたにもかかわらず、
「2D作品はまだまだ現役のNEOGEOに回す」という経営判断が取られたため、
得意なはずの2D描画は使われず、お粗末な方の3D作品だけで勝負する基板
…という、考えられる限り最悪の条件で世に出される事となってしまった。
2D基板→3D基板という方針変更で膨れ上がった開発費のしわ寄せは運用する
オペレーター（ゲームセンター）へと行っており、
ハイパーネオジオ64と専用筐体を抱き合わせ販売して開発費を回収するという手法が取られた。
タダ同然の価格でリースができる事によりゲーセン以外にも普及し、
幅広い年代から支持を獲得できたMVSとは真逆の方向性である。
この専用筐体は2モデルあり、対面の相手の様子が見えるサブモニターとカメラ付きの
アップライト筐体の「Super Neo29 typeⅡ」、50インチの大モニターと
独立したテーブル筐体2つがセットになった「Neo50Ⅲ」が販売されている。
しかし、この需要の怪しい機能が付いて価格は60万円～80万円となっており、
オペレーターから不評だったうえ、MVS普及を支えていた中小店舗や
街の玩具店、駄菓子屋などの店先にはスペースの問題で導入が不可能という問題があった。
発売されたゲームも非常に少なく、たったの7本に終わっている。
比較的有名なタイトルとしては斬新なシステムの武力ONE
(奇しくも「武力」がハイパーネオジオ64最後の作品である）、
知名度の高かったサムスピシリーズの2作（通称ポリサム）があるが、
後者は演出など評価点もあるものの、壊れている事が多かったサムスピシリーズの中でも更に
異次元クラスにゲームバランスがぶっ壊れていた1作目の印象があまりに強すぎたためか
バランスを調整した2作目もあまり人気が伸びずに終わってしまった。
結局、あらゆる面で失策を積み重ねてしまったハイパーネオジオ64は
ユーザー・オペレーターの双方にそっぽを向かれる結果となった。
多角経営の失敗、ゲームハード事業への参入失敗などと合わせて
旧SNKの倒産の一因となったと言われている。
