函館市に本社を置く、道南の地方紙。
歴史的には同名の新聞が何度か発行されているが、現行の新聞は十勝毎日新聞社と地元企業の合弁で1997年に創刊された。創刊当初は夕刊紙だったが、2000年に朝刊紙に移行している。
創刊の際、北海道新聞が時事通信や系列放送局に函館新聞との取引を禁止し、9つの題字商標を勝手に申請したことが、公正取引委員会により独占禁止法違反であると判断された。この時の余波で時事通信からの記事配信が受けられず、全国記事は読売新聞や日刊スポーツから提供してもらっていた。特に読売からの記事供給がメインであったが故に、よく読売系列と誤解されるが資本関係はなく、日刊スポーツの親会社は朝日新聞である。2018年に時事通信からの配信が実現し、現在はこちらからの記事供給がメインになっている。