概要
映画冒頭、牧悟郎博士が姿を消したプレジャーボート「グローリー丸」の中に残されていた遺書と思われる一文。
すぐそばには呉爾羅という単語、折り紙の鶴、宮沢賢治の詩集「春と修羅」と謎の解析図が入った書類封筒が残されていた。
真相
矢口蘭堂「彼は何を好きにしたんだ……？」
アメリカのエネルギー省「DOE」で放射能汚染海域に生息していた新種の海洋生物、ゴジラの研究を行ってきた牧教授であるが、突如彼はゴジラのデータの一部を暗号化してそれを一枚の用紙にまとめ上げ、直後にDOEから逃げるように日本に帰国し、そのまま行方をくらましてしまう。
原種時代のゴジラは本来はもっと小型の生物だったとされるが、日本に出現した際には既に50m級のサイズ（変異前はどれほどのサイズだったのかは不明）に巨大化していたうえ、海棲生物でありながらあっという間に陸上進出を果たし、あまつさえ体内には生体原子炉器官を有するという人類の常識からは考えられない存在と化していた。
いくら高濃度の放射能環境下に適応するためとはいえ、通常の生物が短期間でここまで極端な進化を遂げるとは考え難いとし、さらにゴジラが出現した地点が牧博士が失踪直前に乗っていたプレジャーボートのすぐ近くだった事からゴジラのこの急激な進化と日本への襲来には牧博士による何らかの思惑があったという可能性が濃厚、あるいは確実視されている。
事実、ゴジラの対策に当たった「巨大不明生物特設災害対策本部（巨災対）」の矢口蘭堂もそれについて言及している。
それが牧博士が「好きにした」ことであった。
現時点で語られている主な仮説として、牧博士が「生体原子炉と核変換細胞発現の兆しを見せていたゴジラを生息域から自分と妻を見捨てた日本に復讐するため誘導した」あるいはその前に「遺伝子操作、突然変異を促す特殊物質の投与などの手を加えてゴジラを巨大な怪物へと変貌させた」という可能性が考えられている。
また、牧博士自身も逃げ場のない船の上で姿を消した事からゴジラ出現前に身を投げた、大胆なものだと自身をゴジラに食わせることでゴジラに人間の遺伝子を与える事でさらなる変異を促し、さらにその牧博士の意思がゴジラが日本に向かう行動原理にも大きな影響を及ぼしたという説もあったりする。
映画のラストシーンで、ゴジラの尻尾の先端部から複数の人間とゴジラのキメラのような生物、ゴジラ第五形態が分離、誕生しようとしていたと思しき事実からゴジラの体内には既に人間の情報が含まれている可能性が示唆されている。
続く「君らも好きにしろ」という言葉であるが、ゴジラは人間に対して破滅をもたらす脅威であると同時に、生物学的にもエネルギー物理学的にも無限の可能性を指し示す福音となりうる存在だと間邦夫准教授は推測しており、そのゴジラを核兵器で日本ごと破壊するのか、それともゴジラの弱点が書かれた自分の暗号を解読しゴジラを止めるのか、これらの上でゴジラから得られた情報をどう扱うのかを試すという人類全体への多角的な問いかけであるとし、牧の世界、主に日本と人類に対する不信感と期待感の両方の意味が込められたメッセージではないかと矢口は推測している。
