アダム「トラブルを引き起こしている犯人が判明した。そいつの正体は…」
「サムス、君に擬態したXだ。以後、この敵を"SA-X"と呼ぶ事にする。」
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（その恐ろしさは確実に伝わる。）
概要
サムス・アランに寄生した際に得たDNA（遺伝子）情報と切り取られたパワードスーツのバイオ素材から得た情報を基に、ベストコンディションのサムス・アランに擬態した最強のX。
寄生元の生物の存在を許さないXの生存本能と天敵のメトロイドの存在を感知したため、サムスを周到に付け狙い、最終的にはXの自己増殖能力によって最低でも10体に増殖してしまう。執拗過ぎる程にサムスを付け狙う一方で抹殺対象には優先順位があり、純度100%のメトロイドを感知した場合は、あくまでメトロイドの要素を持つのみのサムスを無視して純粋なメトロイドに苛烈な攻撃を仕掛けるという習性を持つ。
フュージョンの最終決戦時は一見SA-Xがサムスを助けた様にも見えるが、これはオメガメトロイドという完全にメトロイドそのものである存在を感知し本能に従っているのみであり、ついでにメタ視点で言うならスーパーメトロイドへのオマージュ。
能力を喪失する以前の完全なサムスに擬態しているため、基本的にプラズマビーム以外の攻撃を一切受け付けず（スクリューアタックも相討ちとなる）、アイスミサイルで足止めもほとんど意味を成さない上にパワーボムですら僅かなダメージも与えられない。Xに対する耐性とメトロイドの低温に弱い体質を受け継いでしまったサムスにとって、アイスビームは致命傷となってしまう。故に対抗する術を持たない内は追跡を振り切るまで逃げ続ける以外に方法は存在しない。
当初は銀河連邦本部も、Xの危険性を危惧して唯一Xに対抗できるサムスに協力を惜しまなかったが、鳥人族の懸念通り連邦政府の上層部はX、特にSA-Xの可能性に惹かれ、Xを研究材料にしようと捕獲を断行する。
サムスはSA-Xを「”心”を持たないもう一人の自分」とし、これを阻止するため自らの命と引き換えにB.S.L.を爆破しようとするが、アダムの意外な指令によって最終ミッションに進んで行く。
名称はアダム曰く「『S』amus 『A』ran 『X』（サムス・アランのX）」の頭文字から。
能力
スーパーメトロイド時点のサムスをほぼ完全にコピーした存在であり、理不尽としか言い様の無い圧倒的力を容赦無く振るう。通常攻撃のスーパーミサイルさえ容易く地形を変え、その爆発の余波のみでステーションのエレベーターを停止させてしまえる上、特別保管庫の惨状から如何なる生物も即座に蒸発させるパワーボムの威力も一切の劣化無く発揮されている。
また一部の漫画媒体等でサムス自身が見せた様にスクリューアタックによる突進攻撃も繰り出し、単純な接触ダメージも規格外に大きい。
何より脅威となるのは主砲として連射されるアイスビーム。命中箇所のエントロピーを停止させる時間停止(厳密には今ある時間から切り離す局地的な時空凍結)によって様々はものを凍らせるアイスビームは、本作では冷凍兵器としての側面が強調されメトロイドの体質を受け継いだサムスには一発のみでも致命傷になってしまう。
更に知識も模倣するXの性質上、あらゆるエネルギーを吸収する特性と防御力のためにほとんどの攻撃が通用しないメトロイドへの唯一の対抗策 凍らせてからミサイル 戦術も把握しており、サムスに対しては一貫してアイスビーム→スーパーミサイルのコンボで猛攻する。
防御面に関してもフルチャージされたプラズマビームかスクリューアタックを除く全ての攻撃にミリのダメージも受けない。幸い、気持ち次第でどうにでもしてしまえるサムスの心(精神面)は全くコピーしていないためステーションや惑星規模の爆発なら倒せる筈だが、あくまで戦法の一つであり大人しく爆破させてくれるような知性ではない。
サムスとの最初で最後の一騎討ちも、正にステーションの進路をSR388へ設定する為の道中である。
遠近共に隙が無く、超常的戦闘力を誇る一方でシークレットラボでの一幕や頑なにチャージせずにビームを連射するごり押しな戦闘スタイル、追跡の荒さはゲームの仕様上仕方ないものの、サムスへの妨害手段が物理的な施設の破壊のみという脳筋ぶりからちょっと可愛いと溢すプレイヤーもいるとかいないとか。
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アメボウズ…同じ任天堂作品における追跡者という意味でのトラウマキャラ。SA-Xはプラズマビームが対抗策だが、あちらはあるキャラが対抗策となっている。
