前作「1」で宇宙船「ドルフィン号」のパーツを全て集めたオリマーは、ホコタテ星に帰省する。しかし、オリマーがピクミンの惑星にいる間に新入社員のルーイが大失敗を起こし、ホコタテ運送は莫大な借金によって倒産寸前となってしまう。オリマーの愛機であるドルフィン号も借金返済のために売られてしまった。
しかし、オリマーがピクミンの惑星から持ち帰った息子へのお土産が、高額で売れた。ピクミンの惑星には高価なお宝が沢山あるらしい。それを知った社長は原因を作ったルーイはおろか、帰ってきたばかりのオリマーにもピクミンの惑星に行くように指示。オリマーは再びピクミンの惑星に行くことになるのであった。

目的

10000ポコ返済
201個のお宝を集める

概要

ピクミンシリーズの2作目。2004年にゲームキューブソフトとして発売され、2009年にはWii版も発売された。ゲームキューブ版はカードe+に対応している。モードはストーリーとチャレンジモード、2Pバトルの3つ。ストーリーは1人用、2Pバトルは2人用。チャレンジモードは1人、2人どちらでも遊べる。(チャレンジモードのスコアは1人プレイと2人プレイで別々に記録される)

前作のタイムリミットは30日だったが、今作では日数制限はない(ゲーム内での設定では生命維持装置のバッテリーを大量に持ち込んでいるとお宝のひとつである「メニドクダケ」のメモで確認できる。恐らく前作での経験と反省、及び長期の探検を予想をしての為と思われる)。また、全てのお宝を回収し、エンディング後もそのままゲームを続行できる（前作、次作はエンディング後のデータで遊ぶことはできない）。

数々の新要素によって前作の何倍にも拡張されたボリュームや絶妙な難易度調整、二人での対戦や協力プレイの導入などによって、シリーズ最高傑作との呼び声も高い。

新要素

新種のピクミン

前作の赤、青、黄に加え、紫、白が追加。紫と白にはオニヨンが無く、ポンガシグサでしか増やせない。
また、派生生物としてコッパチャッピーが登場し、地下洞窟限定で仲間に加えられる。

操作キャラクターが二人に増加

前作から続投のオリマーに加え、ルーイが操作キャラクターとして登場。Yボタンで操作を切り替えられる。
Bボタンの笛で隊列に加えて同行、Xボタンで解散して別行動する。
複数箇所を並行して攻略したり、二人がかりで一つの仕掛けを効率よく動かすなどができる。

地下洞窟

各マップに3～4カ所存在する地下洞窟。中は時空がゆがんでおり、時間が流れない反面、入るたびにマップが変化する。
お宝の大部分は地下に存在するため稼ぎどころであるが、ピクミンを補充・出し入れする手段が限られているため、難易度が高い。下手な編成で挑むと苦戦したり、途中で撤退するしかなくなる場合もある。
地下では回収可能な物体はすべてドルフィン初号機の探査ポッドに一時回収され、ゴールとなる間欠泉で地上に戻った時に回収が確定し換金される。間欠泉以外（途中での撤退、ピクミン全滅、リーダー両方のダウン）で地上に戻った場合、一時回収したものはすべて放棄される。これらは次回探索すれば再度回収可能。

ゲキカラスプレー

ピキノツユクサという草の赤い実等から精製されるアイテム。
十字ボタン↓で隊列のピクミンにふりかけ、ピクミンの素早さと攻撃力が一定時間上昇する。
精製に必要な実は一瓶10個。またはゲキカラ成分がウルトラ濃縮されたエキス一滴で一瓶精製できる。
このエキスは、タマゴから低確率で、赤色のサンショクシジミを倒した時に、ゲキニガスプレーで石化中の敵を倒した時に確率で手に入る(とある裏技で一度に2回分手に入る)。

ゲキニガスプレー

ピキノツユクサという草の紫の実等から精製されるアイテム。
十字ボタン↑で敵にふりかけ、範囲内の敵は一定時間石化される。
その状態の敵を倒すとエキスを残して砕け、消滅する。
精製に必要な実は一瓶10個。またはゲキニガ成分がウルトラ濃縮されたエキス一滴で一瓶精製できる。
このエキスは、タマゴから低確率で、紫色のサンショクシジミを倒した時に、ゲキニガスプレーで石化中の敵を倒した時に確率で手に入る(とある裏技で一度に2回分手に入る)。

探検キット

一部のお宝を回収した際に、宇宙船や宇宙服の機能が拡張されるシステム。地下洞窟の最深部でボス級生物が所有していることが多い。
新しいマップが解放されたり、お宝に接近すると針が振れる「おたからセンサー」が装備されるなどの効果を持つ。
地下洞窟の探索は探検キットの有無によって難易度が大きく変わる。強力なものを集めて攻略を楽にしたり、逆に敢えて未回収のまま難しい地下洞窟に挑むなど、プレイヤー自身の手で難易度を変えて遊ぶ楽しみ方もできる。