名前	和名	科目
赤ピクミン	アカネピクミン	ピクミン科
青ピクミン	ミズアオイピクミン	ピクミン科
黄ピクミン	ミミヅキピクミン	ピクミン科
紫ピクミン	ヨコヅナピクミン	ピクミン科
白ピクミン	シロブシピクミン	ピクミン科
岩ピクミン	イワヤドリピクミン	ピクミン科
羽ピクミン	モモイロトビピクミン	ピクミン科
氷ピクミン	コオリヤドリピクミン	ピクミン科
ヒカリピクミン	トコヨノヒカリピクミン	?科
ハチャッピー	ヤドリピクミンとその宿主	ピクミン科
オニヨン	ピキノシガンバナ	ポンガシグサ科
ガーリップ	ギョウジャシガン	ポンガシグサ科
ヒカリヅカ	トコヨノヒカリヅカ	?科

チャッピー系統

詳細についてはイヌムシ科を参照。

名前	和名	科目
チャッピー	ベニデメマダラ	イヌムシ科
ジャンボチャッピー	ベニデメマダラ(倍数体)	イヌムシ科
クマチャッピー	クマデメマダラ	イヌムシ科
チビクマ	クマデメマダラ(三齢幼生)	イヌムシ科
ケチャッピー	シラガデメマダラ	イヌムシ科
テンテンチャッピー	ダイダイデメマダラ	イヌムシ科
ヤキチャッピー	ヒノデメマダラ	イヌムシ科
ペロチャッピー	シタナガデメマダラ	イヌムシ科
コンコチャッピー	シモツキデメマダラ(三齢幼生)	イヌムシ科
キンキンチャッピー	シモツキデメマダラ	イヌムシ科
ベビーチャッピー	デメマダラ(一齢幼生)	イヌムシ科
コチャッピーモドキ	デメマダラ(二齢幼生)	イヌムシ科
クイーンチャッピー	デメマダラ(卵嚢肥大個体)	イヌムシ科
ダイオウデメマダラ	ダイオウデメマダラ	イヌムシ科
コウテイデメマダラ	ダイオウデメマダラ(長寿個体)	イヌムシ科
ダンゴナマズ	アミダンゴナマズ	イヌムシ科
ナガダンゴナマズ	マダラダンゴオオナマズ	イヌムシ科
ミズゾコデメウツボウ	ミズデメマダラ	イヌムシ科

パンモドキ系統

詳細についてはパンモドキ科を参照。コチャッピー系統についてはコチャッピーを参照。

名前	和名	科目
コチャッピー	ベニデメマダラモドキ	パンモドキ科
ユキチャッピー	シラガデメマダラモドキ	パンモドキ科
テンコチャッピー	ダイダイデメマダラモドキ	パンモドキ科
ヤキコチャッピー	ヒノデメオボコマダラ	パンモドキ科
トビヒノマダラ	トビヒノマダラ	パンモドキ科
パンモドキ	マキパンモドキ	パンモドキ科
オオパンモドキ	ショクパンモドキ	パンモドキ科
ヒトクチパンモドキ	マキコパンモドキ	パンモドキ科

イモガエル系統

名前	和名	科目
イモガエル	ダルマイモガエル	イモガエル科
コイモガエル	ダルマイモガエル	イモガエル科
ヌシガエル	ダルマイモガエル(長寿個体)	イモガエル科
オタマ	ダルマイモガエル(幼生)	イモガエル科
マロガエル	マロイモガエル	イモガエル科
ヤキコイモガエル	ダルマヤキイモガエル	イモガエル科
ヒヤシイモ	ボタユキイモガエル	イモガエル科

ドックリ系統

ブタドックリ系統についてはブタドックリ科を参照。

名前	和名	科目
ブタドックリ	ヒフキブタドックリ	ブタドックリ科
コブタドックリ	ヒフキコブタドックリ	ブタドックリ科
ゾウブタドックリ	ヒフキブタドックリ(肥大個体)	ブタドックリ科
ミズブタ	ヒフキブタドックリ(水吐変種)	ブタドックリ科
フブキブタ	フブキブタドックリ	ブタドックリ科
ブリザードックリ	フブキブタドックリ(肥大個体)	ブタドックリ科
フーセンドックリ	ワモントゲフウセンドックリ	ブタドックリ科
コオリフーセン	モンナシトゲフウセツドックリ	ブタドックリ科
アオケダタラ	ミカゼアオケダタラ	ブタドックリ科
フタクチカブト	クロガネオオイシツツミ(成虫)	イシツツミ科
フタクチドックリ	ヤマトイシツツミ(幼虫)	イシツツミ科
ミヤビフタクチ	ミヤビイシツツミ	イシツツミ科
ユキフタクチ	ユキツツミ(幼虫)	イシツツミ科
オオユキカブト	ユキツツミ(成虫)	イシツツミ科
ヒフキドックリ	ヒフキイシツツミ	イシツツミ科
シシドックリ	ハイイロシシドックリ	シシドックリ科

ウジンコ系統

名前	和名	科目
ウジンコ	ヒラバヒメアギト	ヒメアギト科
マザーウジンコ	ヒラバヒメアギト(幼形成熟個体)	ヒメアギト科
トビンコ	トビヒメアギト	ヒメアギト科
クイーントビンコ	グンタイトビヒメアギト	ヒメアギト科
ブリコ	ムレヒメアギト	ヒメアギト科
マルデムシ	マルヒメアギト	ヒメアギト科
トゲデムシ	トゲヒメアギト	ヒメアギト科
オッコ	オトシヒメアギト	ヒメアギト科
ノミンコ	ベニトビサシ	トビサシ科

クモ系統

ダマグモ系統についてはダマグモ科を参照。

名前	和名	科目
ダマグモ	アシナガモクメツユハライ	ダマグモ科
ダマグモキャノン	アシボソエンマツユハライ	ダマグモ科
ゾウノアシ	スソビロツユハライ	ダマグモ科
ケダマグモ	オグシツユハライ	ダマグモ科
ハゲダマグモ	ハダカオグシツユハライ	ダマグモ科
ダマグモインフェルノ	スソビロボンオドリツユハライ	ダマグモ科
ショイグモ	セオイカナエグモ	ショイグモ科
ヘラクレスオオヨロヒグモ	ヤタシオオヨロヒグモ	ショイグモ科

水中の生物

名前	和名	科目
ヤマシンジュ	ハエトリヤマシンジュ	オトリガイ科
シャコモドキ	アメリケシャコガニ	アナジャコ科
デメジャコ	タイリクシャコガニ	アナジャコ科
ツブラメケメクジ	ハンジュクケメクジ	ケメクジ科
ハナガサケメクジ	デメハナガサケメクジ	ケメクジ科
ケメクジ	ヒトハナケメクジ	ケメクジ科
カニタマ	ネギボウズガニ	ネギガニ科
カニンコ	ネギボウズガニ(稚ガニ)	ネギガニ科
ウオノコ	クチボソバナナウオ	バナナウオ科
トゲハゼ	ゴマダラトゲハゼ	トゲハゼ科
カワスミ	ハナイカモドキ	イカモドキ科
アワダコ	フクラダコ	フクラダコ科
オオゴロンガゼ	オオトゲゴロンガゼ	ゴロンガゼ科
タコヒトデ	テヅルタコヒトデ	タコヒトデ科
ヌマススリ	アゴナシムツメウナゴ	ムツメウナゴ科

ムシ

名前	和名	科目
コガネモチ	タテスジルリコガネモチ	コガネモチ科
コガネモチ(ピクミン3)	マダラルリコガネモチ	コガネモチ科
オナラシ	ミドリヒメオナラシ	コガネモチ科
オオガネモチ	ショウヤコガネ	ショウヤムシ科
イワオシコガネ	テツコガネチカラモチ	コガネモチ科
ハオリムシ	アカメモンツキバオリ	ハオリムシ科
カブリムシ	サカサアカメバオリ	ハオリムシ科
トビカブリ	サカサアオメトビバオリ	ハオリムシ科
ハナゲイモ	ハナゲムシ	ハナゲ科
エレキムシ	キモンエレキムシ	エレキムシ科
オオグチエレキムシ	キモンオオグチエレキムシ	エレキムシ科
デジゲジ	ヨコシマエレキイモムシ	エレキムシ科
タマゴムシ	タママユダマシ	タマゴムシ科
サライムシ	テナガドウガネサライムシ	サライムシ科
トテツチホカシ	トテツチホカシムシ	サライムシ科
ヘソクリムシ	ミドリヒメモチサライムシ	サライムシ科
トビトゲムシ	ムラサキトビトゲコムシ	サライムシ科
キノミドラゴムシ	キノミドラゴムシ	サライムシ科
サクレウラメ	カギタマサクレウラメ	オトシムシ科
カマドフマ	フエフキカマドフマ	カマドフマ科
ハンボ	ミドリコノハムシ	コノハムシ科
カレハンボ	トゲカレハモドキ	コノハムシ科
サンショクシジミ	モンナシモリシジミ	モリシジミ科
シロシジミ	モンシロイエシジミ	イエシジミ科
キシジミ	モンキイエシジミ	イエシジミ科
アカシジミ	ヤマトベニイエシジミ	イエシジミ科
エレキシジミ	ウスバケエレキシジミ	イエシジミ科
シラユキアゲハ	シラユキアゲハモドキ	ユキミノガ科
ゴロムシ	オオダンゴロムシ	コロガリムシ科
オオダマヨロヒウロコ	ヨロヒカブリゴロムシ	コロガリムシ科
ハチスズメ	ワタリハチスズメ	ムシドリ科
タテゴトハチスズメ	ワタリハチスズメ	ムシドリ科
ムシスズメ	マダラコバチスズメ	ムシドリ科
ミズンボウ	タテジマミズンボウ	ヒケシムシ科
ドロンボウ	タテジマミズンボウ(泥吐型)	ヒケシムシ科
マリグモ	ヨコスジタマモドキ	コダマグモ科
エボシトバシ	ハラビロコハジキ	ハジキムシ科
ビックリトバシ	タイラハネトバシ	ハジキムシ科
ウスバミツモチ	ツルクチウスバミツモチ	ミツモチヤンマ科
ハナビムシ	イロナシキノミムシ	キノミムシ科
オオスズナリ	スズナリキノミムシ	キノミムシ科
ワタオトシバチ	ドクワタオトシバチ	ワタボウシ科
デンキワタボウシ	デンキワタボウシ	ワタボウシ科
ブッパナシグモ	アシナガアザミグモ	ワタグモ科
ウサムシ	アカメトビハネムシ	ハネムシ科
フグムシ	コフグゴムマリムシ	フグムシ科
フグスベリ	オオフグユキスベリムシ	フグムシ科
ムカデトンボ	サクラムカデトンボ	ムカデトンボ科
オオムカデトンボ	サクラムカデトンボ	ムカデトンボ科

その他生物

ホトクラゲ系統についてはホトクラゲ科を参照。

名前	和名	科目
コマンマン	オボコクラゲ	ホトクラゲ科
オオマンマン	ヨミノホトクラゲ	ホトクラゲ科
トビマンマン	ソラノホトクラゲ	ホトクラゲ科
トロロタラシ	シロワタトロロタラシ	オカクラゲ科
コツリタラシ	ハンショウシタタラシ	オカクラゲ科
ツリタラシ	ミズイロシタタラシ	オカクラゲ科
ヘビガラス	オジロヘビガラス	ヘビドリ科
ヒナガラス	オジロヘビガラス(ひな鳥)	ヘビドリ科
アカヘビガラス	ヒデリガミガラス	ヘビドリ科
ヨロヒイモムカデ	ダイオウイモグソク	イモグソク科
オオバケカガミ	オウモンコガグレ	オウモンガ科
コカガミ	オウモンコガグレ	オウモンガ科
コカガミの卵	オウモンコガグレ(卵嚢)	オウモンガ科
オオスナフラシ	ハラジロオオウナゴ	オオウナゴ科
カジオコシ	アオジタカジオコシ	カジオコシ科
ビリー	デンジクシビレネズミ	シビレネズミ科
ホシオトシ	アシボソタマモチ	タマモチ科
コンペイトウモドキ	オボコボシオトシ	タマモチ科
マッキー	キウイマルキドリ	キウイモドキ科
トサカマッキー	トサカマルアオドリ	キウイモドキ科
アシナガオトシ	アシナガキウイマルサクラドリ	キウイモドキ科
ニセシャコモドキ	オカデメゴウナ	デメヤドカリ科
アカゴデメシズク	スキダマアカゴデメシズク	シズク科
クサヤドリアメヒドラ	クサヤドリアメヒドラ	アメヒドラ科
ザコサンショウ	ニセガネオカアンコウ(幼体)	オカアンコウ科
タカラサンショウ	ニセガネオカアンコウ	オカアンコウ科
スイトリー	ハシブトヒサゴドリ	ヒサゴドリ科
ヤキオオバン	セキタンオオバンガイ	オオバンガイ科
シビレオオバン	シビレオオバンガイ	オオバンガイ科
ヒエオオバン	カマクラオオバンガイ	オオバンガイ科
ナゲクライ	タカアシガマグチガニ	ガマグチガニ科
ハリアラシ	ドドメイガグリヒコウ	クリヒコウ科
シリアゲヨロヒ	ケブカシリアゲヨロヒガタ	ヨロヒガタ科
コバナタタキ	クロスジマキバナウリ(幼体)	ハナタタキ科
オオハナタタキ	クロスジマキバナウリ	ハナタタキ科

謎の生物

名前	和名	科目
ピキマキ	ピキマキミツムシ	ミツムシ科
ミウリン	ミウリン	?科
ミズモチ	オオフグリミズモチ	設定なし
ミツモチ	オナガホシミツモチ	ミズモチ科
メダマモチ	キミノホヤモチ	ホヤモチ科
ドドロ	オオドロアメフラシ	?科
タマコキン	テッポウコキン	?科
ヤキダマコキン	ヨウガンコキン	?科
アメボウズ	ヤマトアメビト	?科
アメニュウドウ	セイヨウコガネアメビト	?科
モス	イチヨウイエイヌ	?科
ヤタノワスレイヌ	イヌガミノツカハシメ	?科

半動半植物

名前	和名	科目
ポンガシグサ	○○ポンガシグサ(共通)	ポンガシグサ科
ペレット草	アメノツユクサ	アメアオイ科
ボケナメコ	アカボケオオナメコ	ボケナメコ科
ドクナメコ	ボケナメコモドキ	ボケナメコ科
ボケエリンギ	アカボケキノコ	ボケナメコ科
カビコチャッピー	ボケナメコモドキとその宿主	ボケナメコ科
カビフラシ	ボケナメコモドキとその宿主	ボケナメコ科
びっくり菊	キクヅモリ	キクヅモリ科
おったまダケ	キノコヅモリ	キクヅモリ科
ヌマアラシ	ミツアシオオチャガマ	モリチャガマ科

植物・菌類

全て無害で獲物にも出来ない、所謂「オブジェクト」扱い。

名前	和名	科目
ヒカリキノコ	タマヒカリタケ	ヒカリタケ科
クローバー	シロツメクサ	マメ科
モモフグリ	オオイヌノフグリ	ゴマノハグサ科
タンポポ	カンサイタンポポ	キク科
ツクシ	スギナ	トクサ科
ネコジャラシ	エノコログサ	イネ科
ヒカリエノキ	フタエヒカリエノキ	?科
マーガレット	モクシュンギク	キク科
ゼンマイ	ゼンマイ	ゼンマイ科
若芽	-	?科
マダラタケ	不明	不明
コマダラタケ	不明	不明
ひっこぬけ草	不明	不明
ピョンピョンダケ	不明	不明
ヒカリワダケ	不明	不明

その他

以下は生物図鑑に登録されず、他媒体でのデータもない。

名前	和名	科目
ウジャダニ	不明	不明
ピキノツユクサ	ピキノツユクサ	アメアオイ科
カビダマ	不明	不明
大地のエキスが出る草	不明	不明
大地のエキスが出る石	不明	不明

番外

以下はWiiUで発売されたゲーム「ニンテンドーランド」内のアトラクションの1つピクミンアドベンチャーで登場した原生生物。

名前	和名	科目
トノサマチャッピー	-	イヌムシ科
ショーグンチャッピー	-	イヌムシ科
オオグチイモガエル	-	イモガエル科
オオグチカスミガエル	-	カスミガエル科
ポンプドックリ	-	ブタドックリ科
ザコワラジ	-	ワラジムシ科
サクレワラジ	-	ワラジムシ科
キザミワラジ	-	ワラジムシ科
アバレワラジ	-	ワラジムシ科
キングザコワラジ	-	ワラジムシ科
シロクロハサミムカデ	-	ハサミムカデ科
ダイオウハサミムカデ	-	ハサミムカデ科