名前	和名	科
アカチャッピー	デメマダラ→ベニデメマダラ	イヌムシ科
ケチャッピー	シラガデメマダラ	イヌムシ科
テンテンチャッピー	ダイダイデメマダラ	イヌムシ科
ペロチャッピー	シタナガデメマダラ	イヌムシ科
クマチャッピー	クマデメマダラ	イヌムシ科
チビクマ	クマデメマダラ	イヌムシ科
ベビーチャッピー	デメマダラ	イヌムシ科
ヤキチャッピー	ヒノデメマダラ	イヌムシ科
ハチャッピー	ヤドリピクミンとその宿主(デメマダラ)	ピクミン科
ダンゴナマズ	アミダンゴナマズ	イヌムシ科
ナガダンゴナマズ	マダラダンゴオオナマズ	イヌムシ科
クイーンチャッピー	デメマダラ(卵嚢肥大個体)	イヌムシ科
ダイオウデメマダラ	ダイオウデメマダラ	イヌムシ科
ミズゾコデメウツボウ	ミズデメマダラ	イヌムシ科

パンモドキ系統

詳細についてはパンモドキ科を参照。

名前	和名	科
アカコチャッピー	デメマダラモドキ→ベニデメマダラモドキ	パンモドキ科
ユキチャッピー	シラガデメマダラモドキ	パンモドキ科
テンコチャッピー	ダイダイデメマダラモドキ	パンモドキ科
ヤキコチャッピー	ヒノデメオボコマダラ	パンモドキ科
トビヒノマダラ	トビヒノマダラ	パンモドキ科
ヒトクチパンモドキ	マキコパンモドキ	パンモドキ科
パンモドキ	マキパンモドキ	パンモドキ科
オオパンモドキ	ショクパンモドキ	パンモドキ科

トックリ系統

名前	和名	科
ブタドックリ	ヒフキブタドックリ	ブタドックリ科
コブタドックリ	ヒフキコブタドックリ	ブタドックリ科
ミズブタ	ヒフキブタドックリ(水吐変種)	ブタドックリ科
フーセンドックリ	ワモントゲフウセンドックリ	ブタドックリ科
アオケダタラ	ミカゼアオケダタラ	ブタドックリ科
フタクチドックリ(成虫)	クロガネオオイシツツミ	イシツツミ科
フタクチドックリ(幼虫)	ヤマトイシツツミ	イシツツミ科
ミヤビフタクチ	ミヤビイシツツミ	イシツツミ科
ユキフタクチ	ユキツツミ	イシツツミ科
ヒフキドックリ	ヒフキイシツツミ	イシツツミ科

クモ系統

ダマグモ科についてはダマグモ科を参照。

名前	和名	科
ダマグモ	アシナガモクメツユハライ	ダマグモ科
ダマグモキャノン	アシボソエンマツユハライ	ダマグモ科
ゾウノアシ	スソビロツユハライ	ダマグモ科
ケダマグモ	オグシツユハライ	ダマグモ科
ハゲダマグモ	ハダカオグシツユハライ	ダマグモ科
マリグモ	ヨコスジタマモドキ	コダマグモ科
ショイグモ	セオイカナエグモ	ショイグモ科
ヘラクレスオオヨロヒグモ	ヤタシオオヨロヒグモ	ショイグモ科

水中の生物

名前	和名	科
イモガエル	ダルマイモガエル	イモガエル科
コイモガエル	ダルマイモガエル	イモガエル科
オタマ	ダルマイモガエル	イモガエル科
マロガエル	マロイモガエル	イモガエル科
ヤキコイモガエル	ダルマヤキイモガエル	イモガエル科
ヤマシンジュ	ハエトリヤマシンジュ	未設定
ウオノコ	クチボソバナナウオ	バナナウオ科
アワダコ	フクラダコ	フクラダコ科
カワスミ	ハナイカモドキ	イカモドキ科
ミズンボウ	タテジマミズンボウ	ヒケシムシ科
シャコモドキ	アメリケシャコガニ	アナジャコ科
デメジャコ	タイリクシャコガニ	アナジャコ科
カニタマ	ネギボウズガニ	ネギガニ科
ツブラメケメクジ	ハンジュクケメクジ	ケメクジ科
ケメクジ	ヒトハナケメクジ	ケメクジ科
オオゴロンガゼ	オオトゲゴロンガゼ	ゴロンガゼ科
タコヒトデ	テヅルタコヒトデ	タコヒトデ科

ムシ

名前	和名	科
コガネモチ	タテスジルリコガネモチ	コガネモチ科
コガネモチ（ピクミン３）	マダラルリコガネモチ	コガネモチ科
オナラシ	ミドリヒメオナラシ	コガネモチ科
イワオシコガネ	テツコガネチカラモチ	コガネモチ科
オオガネモチ	ショウヤコガネ	ショウヤムシ科
ウジンコ	ヒラバヒメアギト	ヒメアギト科
トビンコ	トビヒメアギト	ヒメアギト科
クイーントビンコ	グンタイトビヒメアギト	ヒメアギト科
ブリコ	ムレヒメアギト	ヒメアギト科
オッコ	オトシヒメアギト	ヒメアギト科
マルデムシ	マルヒメアギト	ヒメアギト科
トゲデムシ	トゲヒメアギト	ヒメアギト科
ハオリムシ	アカメモンツキバオリ	ハオリムシ科
カブリムシ	サカサアカメバオリ	ハオリムシ科
トビカブリ	サカサアオメトビバオリ	ハオリムシ科
ハナゲイモ	ハナゲムシ	ハナゲ科
エレキムシ	キモンエレキムシ	エレキムシ科
オオグチエレキムシ	キモンオオグチエレキムシ	エレキムシ科
デジゲジ	ヨコシマエレキイモムシ	エレキムシ科
タマゴムシ	タママユダマシ	タマゴムシ科
サライムシ	テナガドウガネサライムシ	サライムシ科
トテツチホカシ	トテツチホカシムシ	サライムシ科
ヘソクリムシ	ミドリヒメモチサライムシ	サライムシ科
トビトゲムシ	ムラサキトビトゲコムシ	サライムシ科
キノミドラゴムシ	キノミドラゴムシ	サライムシ科
サクレウラメ	カギタマサクレウラメ	オトシムシ科
カマドフマ	フエフキカマドフマ	カマドフマ科
ハンボ	ミドリコノハムシ	コノハムシ科
カレハンボ	トゲカレハモドキ	コノハムシ科
ウスバミツモチ	ツルクチウスバミツモチ	ミツモチヤンマ科
サンショクシジミ	モンナシモリシジミ	モリシジミ科
シロシジミ	モンシロイエシジミ	イエシジミ科
アカシジミ	ヤマトベニイエシジミ	イエシジミ科
キシジミ	モンキイエシジミ	イエシジミ科
エレキシジミ	ウスバケエレキシジミ	イエシジミ科
ゴロムシ	オオダンゴロムシ	コロガリムシ科
オオダマヨロヒウロコ	ヨロヒカブリゴロムシ	コロガリムシ科
ハチスズメ	ワタリハチスズメ	ムシドリ科
タテゴトハチスズメ	ワタリハチスズメ	ムシドリ科
ムシスズメ	マダラコバチスズメ	ムシドリ科
ブッパナシグモ	アシナガアザミグモ	ワタグモ科
エボシトバシ	ハラビロコハジキ	ハジキムシ科
ビックリトバシ	タイラハネトバシ	ハジキムシ科
ワタオトシバチ	ドクワタオトシバチ	ワタボウシ科
デンキワタボウシ	デンキワタボウシ	ワタボウシ科
ハナビムシ	イロナシキノミムシ	キノミムシ科
オオスズナリ	スズナリキノミムシ	キノミムシ科
ウサムシ	アカメトビハネムシ	ハネムシ科
フグムシ	コフグゴムマリムシ	フグムシ科
フグスベリ	オオフグユキスベリムシ	フグムシ科
ムカデトンボ	サクラムカデトンボ	ムカデトンボ科
オオムカデトンボ	サクラムカデトンボ	ムカデトンボ科

その他生物

クラゲ系統の詳細についてはホトクラゲ科を参照。

名前	和名	科
ヘビガラス	オジロヘビガラス	ヘビガラス科
アカヘビガラス	ヒデリガミガラス	ヘビガラス科
マッキー	キウイマルキドリ	キウイモドキ科
トサカマッキー	トサカマルアオドリ	キウイモドキ科
アシナガオトシ	アシナガキウイマルサクラドリ	キウイモドキ科
コマンマン	オボコクラゲ	ホトクラゲ科
オオマンマン	ヨミノホトクラゲ	ホトクラゲ科
トビマンマン	ソラノホトクラゲ	ホトクラゲ科
ヨロヒイモムカデ	ダイオウイモグソク	イモグソク科
ビリー	デンジクシビレネズミ	シビレネズミ科
コカガミ	オウモンコガグレ	オウモンガ科
オオバケカガミ	オウモンコガグレ	オウモンガ科
オオスナフラシ	ハラジロオオウナゴ	オオウナゴ科
カジオコシ	アオジタカジオコシ	カジオコシ科
ホシオトシ	アシボソタマモチ	タマモチ科
コンペイトウモドキ	オボコボシオトシ	タマモチ科
トロロタラシ	シロワタトロロタラシ	オカクラゲ科
コツリタラシ	ハンショウシタタラシ	オカクラゲ科
ツリタラシ	ミズイロシタタラシ	オカクラゲ科
ニセシャコモドキ	オカデメゴウナ	デメヤドカリ科
アカゴデメシズク	スキダマアカゴデメシズク	シズク科

謎の生物

名前	和名	科
ピキマキ	ピキマキミツムシ	ミツムシ科
ミウリン	ミウリン	?科
ミズモチ	オオフグリミズモチ	未設定
ドドロ	オオドロアメフラシ	未設定
ウジャダニ	未設定	未設定
タマコキン	テッポウコキン	?科
ヤキダマコキン	ヨウガンコキン	?科
アメボウズ	ヤマトアメビト	?科
アメニュウドウ	セイヨウコガネアメビト	?科
クサヤドリアメヒドラ	クサヤドリアメヒドラ	アメヒドラ科

半動半植物

ポンガシグサ科の詳細についてはポンガシグサを参照。

名前	和名	科
ルリポンガシグサ	ルリポンガシグサ	ポンガシグサ科
ベニポンガシグサ	ベニポンガシグサ	ポンガシグサ科
キイロポンガシグサ	キイロポンガシグサ	ポンガシグサ科
ムラサキポンガシグサ	ムラサキポンガシグサ	ポンガシグサ科
シロポンガシグサ	シロポンガシグサ	ポンガシグサ科
ピンク色のポンガシグサ(未設定)	未設定	ポンガシグサ科
灰色のポンガシグサ(未設定)	未設定	ポンガシグサ科
ポポガシグサ	ポポガシグサ	ポンガシグサ科
ペレット草	アメノツユクサ	アメアオイ科
ボケナメコ	アカボケオオナメコ	ボケナメコ科
ボケエリンギ	アカボケキノコ	ボケナメコ科
びっくり菊	キクヅモリ	キクヅモリ科
ヌマアラシ	ミツアシオオチャガマ	モリチャガマ科

植物・菌類

全て無害で獲物にも出来ない、所謂「オブジェクト」扱い。

名前	和名	科
ヒカリキノコ	タマヒカリキノコ	ヒカリキノコ科
クローバー	シロツメクサ	豆科
モモフグリ	オオイヌノフグリ	ゴマノハグサ科
タンポポ	カンサイタンポポ	菊科
ツクシ	スギナ	トクサ科
ネコジャラシ	エノコログサ	稲科
ヒカリエノキ	フタエヒカリエノキ	?科
マーガレット	モクシュンギク	菊科
ゼンマイ	ゼンマイ	ゼンマイ科
若芽	-	?科

番外

WiiUで発売されたゲーム「ニンテンドーランド」内のアトラクションの1つピクミンアドベンチャーで登場した原生生物。

名前	科
ザコワラジ	(ワラジムシ科?)
キングザコワラジ	(ワラジムシ科?)
サクレワラジ	(ワラジムシ科?)
ポンプドックリ	(ブタドックリ科?)
トノサマチャッピー	イヌムシ科
オオグチイモガエル	イモガエル科
ダイオウハサミムカデ	ハサミムカデ科
キザミワラジ	ワラジムシ科
ショーグンチャッピー	イヌムシ科
オオグチカスミガエル	カスミガエル科
アバレワラジ	ワラジムシ科
シロクロハサミムカデ	ハサミムカデ科