天忍穂耳尊(天照大神の子、神武天皇の高祖父)の子。九州の高千穂に降臨した瓊瓊杵尊とは別に天磐船に乗って空を飛んで直接畿内の河内、次いで大和に降臨してその地を治めたという。
一説には先住していた土蜘蛛たちに製鉄や稲作を教えた他、大和という地名もニギハヤヒが名付けたものだという。
その後神武天皇率いる軍勢が攻め込んでくると降伏して忠誠を誓い、大和の地を明け渡した。その後どうなったかははっきりしないが記紀によると物部氏の祖となったという(神武東征の時点で既に故人で息子の宇摩志麻遅命の代だったという説話もある)。
余談
「天磐船に乗って空を飛んだ」という伝承から大正時代に航空機の安全に関する神となり、京都八幡市に飛行神社も建てられた。航空機に携わる人々が安全祈願のために訪れると言う。