名称変更
- 大阪タイガース(→阪神タイガース)
- 広島カープ（→広島東洋カープ）
- ロッテオリオンズ（→千葉ロッテマリーンズ）
- 大洋ホエールズ（→横浜大洋ホエールズ）
- 横浜大洋ホエールズ（→横浜ベイスターズ）
- 日本ハムファイターズ（→北海道日本ハムファイターズ）:2003年
- オリックス・ブレーブス（→オリックス・ブルーウェーブ））
- オリックス・ブルーウェーブ（→オリックス・バファローズ）
- ヤクルトアトムズ(→ヤクルトスワローズ)
- ヤクルトスワローズ（→東京ヤクルトスワローズ）
- 太平洋クラブライオンズ(→クラウンライターライオンズ)
- 西武ライオンズ（→埼玉西武ライオンズ）
球団売却等による名称変更
- 国鉄スワローズ(→サンケイアトムズ)
- サンケイアトムズ(→ヤクルトアトムズ)
- 西鉄ライオンズ(→太平洋クラブライオンズ)
- 東映フライヤーズ(→日拓ホームフライヤーズ)
- 日拓ホームフライヤーズ(→日本ハムファイターズ)
- クラウンライターライオンズ(→西武ライオンズ)
- 阪急ブレーブス（→オリックス・ブレーブス）：1988年
- 南海ホークス（→福岡ダイエーホークス）：1988年
- 福岡ダイエーホークス（→福岡ソフトバンクホークス）:2004年
- 横浜ベイスターズ（→横浜DeNAベイスターズ）
合併による球団消滅
- 高橋ユニオンズ
- 松竹ロビンス(→大洋松竹ロビンス→大洋ホエールズ)
- 大阪近鉄バファローズ(→オリックスバファローズ)：2004年
