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以下、球団ごとにその名称が最後に使われた年代順で表記する。
現存球団の前身（セントラル・リーグ）
読売ジャイアンツ系
東京ヤクルトスワローズ系
横浜DeNAベイスターズ系
中日ドラゴンズ系
阪神タイガース系
広島東洋カープ系
現存球団の前身（パシフィック・リーグ）
※東北楽天ゴールデンイーグルスは、参入以降名称を変更したことがない。
北海道日本ハムファイターズ系
千葉ロッテマリーンズ系
埼玉西武ライオンズ系
オリックス・バファローズ系
福岡ソフトバンクホークス系
非現存球団
最終名称の括弧では当該球団の消滅理由も記す。
東京セネタース系
名古屋金鯱軍
- 名古屋金鯱軍（→翼軍と合併、大洋軍へ）
大洋軍系
大和軍系
松竹ロビンス系
大洋ホエールズ
- 大洋ホエールズ（→松竹ロビンスと合併、大洋松竹ロビンスへ）
西日本パイレーツ
- 西日本パイレーツ（→西鉄クリッパースに吸収され、消滅）
高橋ユニオンズ系
大映スターズ系
毎日オリオンズ
- 毎日オリオンズ（→大映ユニオンズと合併、大毎オリオンズへ）
大阪近鉄バファローズ系
- 近鉄パールス
- 近鉄バファロー
- 近鉄バファローズ
- 大阪近鉄バファローズ（→オリックス・ブルーウェーブに吸収され、消滅）
二軍（ファーム）のみ
現在はいずれの球団も一軍と二軍の名称が同一であるが、かつては異なる名称を採用していたこともあった。また、山陽クラウンズは事実上一軍が存在しないチームであった。
以下、括弧内は当時の一軍のチーム名。
セ・リーグ
- 読売ジュニアジャイアンツ（読売ジャイアンツ）
- 国鉄フレッシュスワローズ（国鉄スワローズ）
- 洋松ジュニアロビンス（洋松ロビンス）
- 大洋ジュニアホエールズ（大洋ホエールズ）
- 湘南シーレックス（横浜ベイスターズ）
- 中日ダイアモンズ（中日ドラゴンズ）
- 阪神ジャガーズ（大阪タイガース→阪神タイガース）
- 広島グリーンズ（広島カープ）
- 広島カープグリナーズ（広島カープ）
パ・リーグ
- 急映チックフライヤーズ（急映フライヤーズ）
- 東急チックフライヤーズ（東急フライヤーズ）
- 東映チックフライヤーズ（東映フライヤーズ）
- 毎日グリッターオリオンズ（毎日オリオンズ）
- インボイス（西武ライオンズ）
- グッドウィル（西武ライオンズ）
- サーパス神戸（オリックス・ブルーウェーブ→オリックス・バファローズ）
- サーパス（オリックス・バファローズ）
- トンボBユニオンズ（高橋ユニオンズ→トンボユニオンズ→高橋ユニオンズ）
- 金星リトルスターズ（金星スターズ）
- 大映レッドエンゼルス（大映スターズ）
- 大映ジュニアスターズ（大映スターズ）
- 山陽クラウンズ（事実上一軍チームなし、他球団の二軍相当選手を受け入れ）
