新体制で臨んだ1989年は優勝の近鉄から11ゲーム差の4位に終わったが、上位3チームの激しい優勝争いの中、「閉店間際のダイエー野球」でかき回し、大いに盛り上げた。特に10月5日の西武戦では、序盤0-8とリードされながら9回表に一挙8点を奪い、13-12で大逆転勝利する。当時、西武の監督だった森祇晶は自著の中でこの年の最も痛い一敗となったことを触れた。この年で杉浦は監督を辞任。後任には田淵幸一が就任した。

90年はダイエーになって初の最下位に沈む。この年オフに門田がホークスに復帰する。

91年は4位、そして92年は5位に終わり、田淵は無念の解任。門田も現役を引退した。

福岡ドーム完成、世界の王福岡入り

1993年、新たに福岡ドームが完成し、本拠地を移転。監督は根本陸夫に交代。

93年は広くなった本拠地に対応しきれず最下位。

この年のオフに根本はかつて監督をしていた西武ライオンズとの大型トレードに着手した。主力打者だった佐々木誠ら3人を放出し、西武から秋山幸二ら3人を獲得した。

94年は5位に終わり根本は辞任するが、この年入団した小久保裕紀に加え、オフには西武から石毛宏典と工藤公康が入団し、ドラフトでは城島健司・本間満・藤井将雄らを獲得するなど、近い時代の優勝を感じさせた。

そして95年より王貞治が監督に就任。

優勝への期待が高まったが、95年は5位、続く96年は最下位に終わる。

96年には熱狂的ファンが王に生卵を投げつける事件が発生した(通称「生卵事件」)。

この年のオフにはドラフトで、井口忠仁・松中信彦・柴原洋ら7人を指名。

97年オフにはプロ野球脱税事件で小久保らが翌年シーズン序盤に出場停止。98年には吉永幸一郎、大道典良、柳田聖人に対してスパイ疑惑が起こるものの、オリックスと同率で3位になり、20年間続いたBクラス連続記録に終止符を打つ。

優勝と常勝軍団への礎

そして1999年、ずば抜けた成績ではなかったもののここ一番で勝負強さを発揮する打線と先発陣4人が2桁勝利（工藤が11勝、他3人が10勝）、篠原貴行が中継ぎながら優勝が決まったあとに土をつけられるまで14連勝するなど投手陣の力が噛み合い、序盤から首位をほとんど譲らず、南海時代の1973年以来実に26年ぶり、福岡を本拠地とする球団では1963年の西鉄以来36年ぶりとなる優勝。

日本シリーズでも下馬評では有利とされていた中日ドラゴンズを4勝1敗で破り、1964年以来実に35年ぶりとなる日本一を成し遂げる。

MVPに輝いたのは秋山幸二で、西武時代の1991年以来2度目となった。

続く2000年もリーグ優勝する。

日本シリーズでは長嶋茂雄率いる巨人と対戦し、「世紀末のON対決」と呼ばれた戦いは先に2連勝するも第3戦から4連敗し、日本シリーズ2連覇を逃した。なお、このときの敗退が2020年時点で福岡移転以降唯一の日本シリーズ敗退である。

2001年は近鉄に阻まれリーグ3連覇を逃す。同年のドラフトでは4球団競合の末、寺原隼人を獲得する。

2002年は近鉄と同率2位。この年で秋山幸二が引退する。

2003年はオープン戦で小久保が靭帯の負傷で今季絶望となるも、斉藤和巳がシーズン20勝を挙げる活躍を見せ、また井口、松中、城島、ペドロ・バルデスによる100打点カルテットと呼ばれる超強力打線が噛み合い、3年ぶりにリーグ優勝。

日本シリーズではこちらも暗黒を脱出し18年ぶりにセ・リーグを制覇した阪神タイガースと1964年以来39年ぶりに対戦。

4勝3敗で勝利し4年ぶりの日本一を達成したが、両軍7試合すべてホームゲームで勝ったため、「内弁慶シリーズ」とも呼ばれた。

しかし、この年のオフには小久保が無償トレードで巨人に移籍する。

いくらシーズンを棒に振ったとはいえ、バリバリの主力選手を無償トレードで放出するというフロントの行動に、日本一の喜びが霧散してしまうこととなった。またリードオフマンを担った村松有人もFAでオリックスに移籍。

続く2004年は、松中信彦が三冠王を獲得する大活躍でレギュラーシーズンを1位で決めた。

しかし、この年から始まったプレーオフ(2007年から「クライマックスシリーズ」)で2位の西武に敗れ、日本シリーズ進出を逃す。このプレーオフ制度はその後も長きに渡りホークスを苦しめることとなる。

そしてこの年のオフ、経営難に陥っていた親会社のダイエーの財政状態が限界になり、ソフトバンクへ球団を売却する。なお、この年に起きたプロ野球再編問題で大阪近鉄バファローズとオリックスブルーウェーブの合併とともに、ホークスも千葉ロッテマリーンズとの合併が水面下で進んでいたことが判明。その後計画は頓挫し、ソフトバンクへの身売りとなった。

それに伴い、球団名が福岡ソフトバンクホークスに変わり、16年間続いたダイエー時代は終わりを告げた。

順位の推移

年	順位	監督
1989年	4位	杉浦忠
1990年	6位	田淵幸一
1991年	5位	田淵幸一
1992年	4位	田淵幸一
1993年	6位	根本陸夫
1994年	4位	根本陸夫
1995年	5位	王貞治
1996年	6位	王貞治
1997年	4位※1	王貞治
1998年	3位※2	王貞治
1999年	1位	王貞治
2000年	1位	王貞治
2001年	2位	王貞治
2002年	2位※3	王貞治
2003年	1位	王貞治
2004年	1位※4	王貞治