巨人との日本シリーズは、2位広島に22ゲーム差をつけていたために「巨人が有利」という声が大きかったが、その予想を覆す4タテ、それも先発三本柱だった桑田・斎藤雅樹・槙原寛己（+宮本和知）に打ち勝っただけでなく、4戦すべて4点差以上、4試合の総得点は28-8と圧倒的な力の差を見せつけるシリーズとなった。

1991年は中盤近鉄に一時首位を奪われたが、9月に近鉄をかわして2年連続のリーグ優勝。

日本シリーズは5年ぶりに広島と対戦。

5戦を終えて2勝3敗と追い込まれるが、ホームに戻って連勝を決め逆転日本一を飾る。

1992年も危なげなくリーグ優勝を決める。

日本シリーズはヤクルトスワローズと対戦。

第1戦は同点で迎えた延長12回裏、代打として登場した杉浦亨がサヨナラ満塁ホームランを放ちヤクルトが勝利。

第2戦から西武が3連勝し王手をかけるが、ここからヤクルトが驚異的な粘りを見せる。

第5戦は6-6の延長10回に池山隆寛が決勝ホームラン、神宮に戻った第6戦は7-7の延長10回に秦真司がサヨナラホームランで3勝3敗のタイになる。

最終第7戦は1-1のまま3戦連続4度目の延長戦となる。延長10回表1死三塁で秋山が犠牲フライを放ち、これが決勝点となった。

この第7戦までもつれ、さらに1・5・6・7戦が延長戦になる文字通りの死闘となった日本シリーズは現在でも語り草となっている。

シリーズMVPは第7戦で先発し10回155球を投げ1失点に抑えた石井丈裕が文句なしで受賞。

この3年連続日本一はその後福岡ソフトバンクホークスが4連覇するまでパ・リーグチームの最多タイ記録であり、平成および20世紀では最後となった。

1993年のペナントレースは日本ハムとの争いになるが、長年の勝負勘で4年連続リーグ優勝を決めた。

日本シリーズは前年同様ヤクルトとの対戦になった。

前年とは逆に第4戦までで1勝3敗と追い込まれたが、第5戦・第6戦を連勝してまたしても最終戦に縺れた。

最終戦では1回表にヤクルト広沢克己が3ランを打てば、その裏に清原が2ランを放つ。しかし、この1点差が最後まで重くのしかかり、8回に1点を追加され、最後は高津臣吾に抑えられ万事休す。

4年連続の日本一はならず、森監督は巨人の現役時代から続けていた日本シリーズ20連勝が途切れた。

オフには、ダイエーとのトレードを行い、秋山幸二ら3人を放出し、佐々木誠ら3人を獲得。また、平野謙もロッテに移籍した。

1994年は西武苦戦の予想もあったが、4月から首位を譲らずパ・リーグ記録のリーグ5連覇を達成。

日本シリーズは4年ぶりに巨人と対戦するが、2勝4敗で2年連続の日本シリーズ敗退。

森監督はこの年を以て退任。黄金時代の終焉となった。

シーズンオフには工藤がダイエーに移籍した。石毛は森監督の後任として推されていたが現役続行の意思もあり固辞してこちらもFAでダイエーに移籍。後任は東尾が就任した。

東尾監督時代

1995年は、2年目の松井稼頭央が躍動するも、イチロー擁する仰木オリックスに目前胴上げを許し、さらにボビー・バレンタイン監督率いるロッテにも後塵を押しての3位で、リーグ連覇が途切れた。

オフには辻がヤクルトに移籍した。

1996年も2年連続でオリックスの優勝を許した。そして、オフに主力としてチームを牽引してきた清原がFAで巨人に移籍した。

ついに清原までもが抜けた1997年は苦戦が予想されたが、投手では西口文也・石井貴、野手では松井・高木大成・垣内哲也ら若手が力を付け、清原が抜けた穴を新外国人のドミンゴ・マルティネスが埋め、3年ぶりにリーグ優勝を飾る。

日本シリーズは4年ぶりにヤクルトと対戦するが、1勝4敗で敗れた。

オフには渡辺久信が退団、郭泰源が引退し、日本ハムとのトレードで石井丈裕・奈良原浩を放出し、西崎幸広を獲得。

森政権期の主力選手で残ったのは、伊東勤と潮崎哲也だけになった。

この年のオフから西武球場に屋根を取り付ける工事が始まる。

続く1998年は日本ハムに最大10ゲーム差を付けられるも、日本ハムが大失速した後半戦で混戦を抜け出すと2年連続のリーグ優勝を決めた。

日本シリーズはマシンガン打線で38年ぶりにリーグ優勝した横浜ベイスターズと対戦。

第4戦までで2連敗から2連勝したが、第5戦で新谷博がマシンガン打線の滅多打ちに遭い10失点するなど、20被安打17失点の大敗を喫し、その勢いのまま第6戦も敗れ2年連続で日本シリーズ敗退。93年・94年と合わせて日本シリーズ4連敗となった。

そしてこの年のドラフトでは甲子園を騒がせた「平成の怪物」松坂大輔を4球団競合の末に引き当てた。

西武球場に完全な屋根がつき文字通りの西武ドームとなって臨んだ1999年は所沢移転から20周年という節目にあたり、3年連続のリーグ優勝を目指した。

松坂が16勝を挙げいきなり最多勝・新人王に輝くが、マルティネスの抜けた穴が大きく、極端な貧打に悩まされダイエーに優勝を奪われて2位となった。

この頃の極貧打線はネット上では「白にゃんこ打線」と呼ばれている。

2000年もやはり貧打で、ダイエーに優勝を奪われ2年連続で2位。

2001年は前半は出遅れるも、中盤からはアレックス・カブレラとスコット・マクレーンのツインバズーカが爆発。しかし、出遅れが響いて最後は近鉄・ダイエーに離されて3位。

この年を以って東尾監督が辞任し、OBであり黄金期をコーチとして支えた伊原春樹が監督に就任した。

ドラフトでは翌年から兼任コーチとなる伊東の後釜を埋めるべく、自由枠で細川亨を指名。また、2位で中村剛也・4位で栗山巧を指名し、結果的には大成功ドラフトとなった。

伊原監督時代

2002年はカブレラがシーズン55本塁打を放ち、松井稼頭央がトリプルスリーを達成する活躍を見せ、4年ぶりのリーグ優勝。

日本シリーズは8年ぶりに巨人と対戦。新人監督同士の対決となったこのシリーズはまさかの4連敗で敗退。

また、4試合の総得点も9-29と20点差を付けられ、その意味でも1990年のリベンジを果たされることとなった。

またこの年、開幕戦を札幌ドームで行っている。これは親会社がドームの建設に関わったことから将来的に準本拠地化する構想を掲げていたため。ところが開幕直前に日本ハムファイターズが札幌ドームに移転（完全本拠地化）することが地元紙にスクープされ、さらにファイターズ側も肯定。開幕戦は予定通り行ったものの、結果的にファイターズの移転の方が承認され、ライオンズは埼玉に留まることになった。

2003年は2位に終わり伊原監督は辞任。伊原は翌年オリックスの監督となった。

後任はこの年で現役を引退した伊東勤が監督に就任した。

また、松井稼頭央は翌年からメジャーリーグに移籍した。

伊東監督時代

2004年。これまで、現役引退の翌年に監督になった人物は5位か6位に終わっていたが、伊東はそのジンクスを跳ね返し2位。

この年から導入されたプレーオフ(現クライマックスシリーズ)では第1ステージで日本ハムを破り、ファイナルステージでもダイエーを破り、2年ぶりに日本シリーズへ進出。

日本シリーズではセリーグを優勝した中日と対戦。第7戦まで縺れ込んだが見事に勝利。

1992年以来12年ぶり、日本シリーズでの連敗を5で止めると共に、史上初のリーグ2位チームによる日本一を達成した。

2005年は3位。プレーオフ第1ステージでは2位のロッテに敗れた。

2006年は2位。プレーオフ第1ステージでは3位のソフトバンクに敗れた。

オフには大黒柱の松坂がボストン・レッドソックスに移籍した。

2007年は交流戦を機に失速し、最終的に5位に終わる。1981年以来26年ぶりのBクラスとなり、その責任を取る形で伊東監督は辞任。さらにこの年は裏金問題も発覚したため、ドラフトは高校生上位3名の指名権を剥奪された。

2008年より渡辺久信が監督に就任。そして地域密着をはかってチーム名を埼玉西武ライオンズに改めた。

順位の推移

年	順位《前期》【後期】	監督
1979年	6位《6位》【5位】	根本陸夫
1980年	4位《6位》【4位】	根本陸夫
1981年	4位《2位》【5位】	根本陸夫
1982年	1位《1位》【3位】	広岡達朗
1983年	1位	広岡達朗
1984年	3位	広岡達朗
1985年	1位	広岡達朗
1986年	1位	森祇晶
1987年	1位	森祇晶
1988年	1位	森祇晶
1989年	3位	森祇晶
1990年	1位	森祇晶
1991年	1位	森祇晶
1992年	1位	森祇晶
1993年	1位	森祇晶
1994年	1位	森祇晶
1995年	3位	東尾修
1996年	3位	東尾修
1997年	1位	東尾修
1998年	1位	東尾修
1999年	2位	東尾修
2000年	2位	東尾修
2001年	3位	東尾修
2002年	1位	伊原春樹
2003年	2位	伊原春樹
2004年	2位※	伊東勤
2005年	3位	伊東勤
2006年	2位	伊東勤
2007年	5位	伊東勤