概要
地下鉄の場合は多くは駅舎も地下に作られるが、普通鉄道の地下駅では駅舎は地上に存在する場合も多い。微妙な例として、JR東日本武蔵野線新八柱駅（千葉県松戸市）はホームの大半が地下にあるものの末端が掘割に露出しているため、地下駅とされることも地上駅とされることもある。
地下鉄の新規路線は地下にある既存の構造物を避けるために地下深くに掘られる事が多く、東京地下鉄の銀座線など古い路線は浅いところにあるが、新しい路線ほど深い位置にホームが設けられる傾向となる。
深い地下駅
日本で最も深い駅はJR北海道海峡線(津軽海峡線)吉岡海底駅(北海道福島町)だった。青函トンネルの中にあったこの駅は海面下149.5mに位置し世界一深い駅でもあった。ただしこの駅の役割は青函トンネルで異常が発生した場合の緊急避難路であり、営業中は特定の列車しか停車せず駅の外へ出る事もできなかった。その為北海道新幹線開業工事の際に廃止された。なお避難路としては新幹線開業後も現役であり、「吉岡定点」と名を変えて存続している。
現役の地下駅で最も深いのはJR東日本東京駅京葉線ホーム(東京都千代田区)で海抜はマイナス29.19m。地上からの深さでは後述の六本木駅や日本一のモグラ駅として知られるJR東日本上越線土合駅(群馬県みなかみ町)の方が深い。
地下鉄駅で最も深い位置にあるのは都営地下鉄大江戸線の六本木駅(東京都港区)で、地上からホームまで深さは42.3mもある。
高い地下駅
逆に日本一標高の高い地下駅は上述の土合駅で、標高583mある。地下鉄の地下駅では仙台市地下鉄東西線(宮城県仙台市)の八木山動物公園駅が最も高く標高136.4mある（地上駅も含めると神戸市営地下鉄北神線(兵庫県神戸市)の谷上駅が標高244mで地下鉄では日本一高い）。
