概要
オラクル船団の中心となる母船。小惑星ほどのサイズを持つ。劇中では旧マザーシップとシオンのバックアップであるシャオが引き継いだ二代目マザーシップが登場する。後者はシオンのコピーであり、性能は従来のものと変わらない（EP3設定資料集より）。
一般人や普通のアークスは入ることが許可されていない。
マザーシップの中枢機構であるシオンがマザーシップとオラクル船団の管理統制を担っており、アークスシップ航行や環境維持などの演算を行っている。ようするにシオン（マザーシップ）が失われることは、オラクルのすべての機能が停止することを意味する。そのため三英雄はマザーシップの警護を最優先とされている。また、旧マザーシップには虚空機関の秘密研究施設があった可能性が高いことが設定資料に書かれている。
なお、アニメ「エピソード・オラクル」ではマザーシップに超大型のフォトンキャノンが装備されている事が判明。ただし、マザーシップのフォトンを大量に消費してしまう為一発限りの切り札である。劇中では復活したダークファルス・エルダーを撃破する為にルーサーの提案でレギアスが発射命令を発動、射線上のアークスシップ127艦と引き換えに撃退している。
そしてフォトンの大量消費により、ルーサーのシオン解析が進んでしまう結果となった。
マザーシップ・シオン
最初に建造されたマザーシップ。
EPISODE2第５章「再誕の日」でシオンの最後の依頼を聞いた主人公とマトイが向かうが、ルーサーの策謀により、「絶対令」をかけられたアークス達と戦う羽目になってしまった。
六芒均衡の偶数番であるマリアやヒューイそして新たな四になったゼノの協力を得た主人公達はシオンの元へと急ぐが、シオンは全ての管制を掌握したルーサーに吸収されてしまう。
しかし、抵抗したシオンが自ら主人公に消されることでルーサーの計画は破綻。それに絶望したルーサーは真の姿であるダークファルス【敗者】に変貌し、アークス達に戦いを挑み、敗北したのだった。
マザーシップ・シャオ
シャオが中枢機構を担う新たなマザーシップ。
シオンが消滅したと同時に姿を現した。
EPISODE6第１章「終がもたらす絶望」では終の女神シバの襲撃を受け、シャオが大きなダメージを負って消滅。その後、総司令であるウルクの判断により放棄されることとなってしまった。
設定資料集によればマリアの協力の元、秘密裏に創られたマザーシップのコピーとのこと。
マザーシップ・シバ
シバ達に制圧されたマザーシップ・シャオが変貌した姿。
EPISODE6の決戦の舞台となった。
EPISODE4では
シオンコピーであるマザーが建造した月面施設の地下に存在する中枢部の構造がマザーシップの内部に酷似している。
余談
何気に偶数のエピソードの山場に舞台として登場している。
