ストーリー
シグマの策略による「コロニー落下事件」から3週間後、コロニーの地球衝突はゼロの命と引き換えによって免れたものの、地球に及ぼした影響は大きく、地球は荒れ果てた姿となった。
その後、地上のウイルス汚染が静まってきた頃、レプリロイドは地上で生活できず地下に移り住んだ人類に代わり、地上再建に励んでいた。エックスもまた、生き残ったわずかなイレギュラーハンター隊員と共に、復旧作業に努めていた。
そんなある日、エックスの元へ、エイリアからの緊急連絡が届く。内容は、シグマと共に消滅したと思われていたイレギュラーが再び発生した、というものだった。真相を突き止めるべく、エックスはゼロの形見であるゼットセイバーを手に、一人戦場へ向かった。
概要
ロックマンXシリーズ第6作。本作は前作との関連が強く、ストーリー面ではロックマンX5で生死不明となったゼロの行方が注目された。それに連なり、エックスがゼロの武器ゼットセイバーを使えるようになっている。従って、前作の「コロニー落下を阻止し、エックスでシグマを倒した」場合のエンディングの続きとなるストーリーだが、時間的な矛盾が存在する（そのエンディングは、シグマを倒した三年後にエックスがゼットセイバーを手に任務に赴くと言う内容だが、本作は前作の三週間後である。ただ、X5のエックスのトゥルーエンドが本作のゼロエンド後に起こったこととすれば、ロックマンゼロに繋がるといった感じで解釈するならば、本作は3年間の間に起こった事件の一旦とも解釈できる。とはいえ、これはあくまで1ファンの解釈であり事実ではない）。それ以外に該当するエンディングは「コロニー落下を阻止し、ゼロでシグマを倒した」場合になる。（但し、一部では「このエンディングはゼロが完全に死ぬ」という意見もある。）
システム面では前作のものをベースとしており、プレイ中のナイトメアソウルを集めることによってハンターランクが算出され、ランクが上がるとパワーアップパーツが装備可能となるシステムを採用している。
パーツは各ステージで傷ついたレプリロイドを救出することにより入手できる。ストーリー展開にも影響するアナザーボスの存在など、前作に引き続き非常に凝ったゲームシステムが特徴となっている。
前作で初めて搭載されたオペレーターによるステージのオペレートは特定の所で任意表示出来るシステムに変更された。本作はあるステージを出ると、他のステージに影響が出て難易度が変化する。
ボスキャラクターについて
他のシリーズと異なり、X6の8大ボスには「異名」が設定されていない。ハイマックスの部下のナイトメア調査員で、額に菱形の水晶体があることが共通している（シグマを除いた体力ゲージのマークにもなっている）。しかし、今回のボス達も一部を除いて評判の悪かったゲイトが造ったという理由によって、一度は悲惨な末路を辿り、復活させてくれたゲイトのためにエックスとゼロに戦いを挑む悲劇のレプリロイド達である。
本作のボスは条件を満たさないとダメージを与えられないものも多い。
各ステージで倒した時に、一定時間以内に倒した場合は200ポイントの緑色のナイトメアソウルを、一定時間を過ぎてから倒すと100ポイントの赤いナイトメアソウルを落とす。
ナイトメア現象
括弧内は発生するステージ
ナイトメア・インセクト（アマゾンエリア）
蟷螂型のメカニロイドが出現する。移動はせず、出現場所も決まっているが、ヤンマーオプション以外では再生する。
ナイトメア・アイス（北極ステージ）
ステージ前半で、エックスの何倍も大きく、それも大量の氷塊が出現する。
ナイトメア・マグマ（マグマエリア）
ナイトメアスネークが出現し、即死効果のあるマグマが迫ってくる。
ナイトメア・プレス（リサイクル研究所）
機能停止しているはずのプレス機やベルトコンベアが作動する。
ナイトメア・ランダム（セントラルミュージアム）
エックスをランダムに別のマップへ転送する。一部、地形もランダムに変形し、使用キャラではクリア不可、アイテム入手不可という場合がある。（エアダッシュ等の技が使えない時等）
また、無数の岩石が突如現出する。
ナイトメア・レイン（イナミテンプル）
少量だが、体力を奪う酸性雨が降り注ぐ。「ウェザーアナライザー」と呼ばれる敵を撃破すると止むが、その敵自体が行く手を遮っているので、周囲にあるコア破壊し、ウェザーアナライザーを倒して止ませる事がクリア必須。
ナイトメア・レーザー（レーザー研究所）
動かないはずのレーザー装置が侵入者を攻撃する。破壊不可能だが、鏡で反射して利用できる。
レーザーは2タイプ存在し、一つは普通に発射し、もう一つはプレイヤーに向けて発射する。
ナイトメア・イルミナ（兵器研究所）
開発が中止されたビッグ・ジ・イルミナが攻撃してくる。
ナイトメアS（サラウンド）
あるステージを脱出（クリア、エスケープ、ゲームオーバーのいずれか）すると、他のステージで発生するナイトメア。発生している側は、他のステージからのナイトメアSが発生しない限り永久的に継続する（例えばナイトメア・フリーズとなったリサイクル研究所はセントラルミュージアムをプレイしない限り、永久にナイトメア・フリーズとなる）。事実上、一回のプレイでナイトメアＳがないステージ全てを攻略するのは不可能である。殆どがステージの難易度を変えてしまう物だが、攻略に利用できるものもある。
敵として出現する物と現象として現れるものの2タイプあり、前者は脱出したステージのボスの特殊武器が弱点となっている（例えばナイトメア・アイアンはメタルアンカーで破壊可能）。
括弧内は、（脱出するステージ → 発生するステージ）
ナイトメア・バグ（アマゾンエリア → マグマエリア、レーザー研究所）
ある場所で複数の小さな虫が纏わり憑く。一定距離を保って攻撃をして来ないが、攻撃を弾き、登場時に接触ダメージを受ける危険がある。
何度か攻撃をすると逃げる。ちなみにヤンマーオプションで破壊可能。
ナイトメア・フリーズ（北極エリア → リサイクル研究所）
特定の床が凍結し、スリップしやすくなる。どちらかと言えば現象に該当するが、アイスバーストor氷狼牙で破壊可能。
ナイトメア・ファイア（マグマエリア → 北極エリア、兵器開発所）
ある場所で、火山弾が降り注ぐ。一部地形が変化する。どちらかと言えば現象に該当するが、マグマブレードor翔炎山で破壊可能。
ナイトメア・アイアン（リサイクル研究所 → マグマエリア、兵器開発所、セントラルミュージアム）
決められた場所に、浮上、落下を繰り返す鋼鉄のキューブが設置される。行く手を遮り、潰されると大ダメージを受ける。
メタルアンカーor落鋼刃で破壊可能。
ナイトメア・キューブ（セントラル・ミュージアム → レーザー研究所、リサイクル研究所）
形は統一されているが、色が違う様々なブロックが出現する。グランドダッシュor旋墜斬で破壊可能。弱点武器による効果も色により違っており、赤の場合は破片に当たるとダメージを受け、青の場合は破壊されないが動かしたときは滑りやすく、黒の場合は滑りにくい。
ナイトメア・ウィンド（イナミテンプル → アマゾンエリア、セントラルミュージアム）
局地的に強風が吹いて、ジャンプに影響が出る。
ナイトメア・ミラー（レーザー研究所 → イナミテンプル、北極エリア）
エックスならゼロ、ゼロならエックスの残像が、突然空中に現れ、キャラの位置まで直線突進してくる。トラップをやり過ごすなど、動いてはいけない時に出てくると厄介である。
ガードシェルで残像を掻き消す事ができる。
ナイトメア・ダーク（兵器研究所 → アマゾンエリア、イナミテンプル）
一部の地帯が暗闇になり、サーチライトを頼りに進む事になる。
登場キャラクター
操作キャラクター
サポートキャラクター
そのほかのキャラクター
8ボス
コマンダー・ヤンマーク (CV:高木渉)
ブリザード・ヴォルファング (CV:石川英郎)
ブレイズ・ヒートニックス (CV:三木眞一郎)
メタルシャーク・プレイヤー (CV:麦人)
グランド・スカラビッチ (CV:青野武)
レイニー・タートロイド (CV:石川英郎)
シールドナー・シェルダン (CV:鈴置洋孝)
インフィニティー・ミジニオン (CV:高木渉)
シリーズ最高難易度と称されるわけ
X6はXシリーズ最高難易度と言われている。その理由は後にも先にもない足場の少なさと敵の多さ、特別なアーマーを装備していなければ越えられないエリアの存在、複雑な地形と大量のトラップ(特にセントラルミュージアム)､そしてナイトメアマザーとゲイトの存在である。
ボスの中でもクセの強いナイトメアマザーとゲイト。前者は巨大なため体当たり攻撃でダメージを負いやすく、しかも攻撃も一定の条件下でなければ効かない。ゲイトに至っては彼の放った攻撃を弾いてでしかダメージを与えられないという面倒な仕様。またハイマックスの強さもかなりのもので、通常攻撃のみではダメージを通すことができず、特殊な手順を踏まなければならない。終盤のデスボール連発もかなりの脅威であり、戦闘能力だけならゲイトを遥かに上回っている。ボス自体も強ければステージも難しい。その難易度故、X6プレイヤーは、クリアした人でも一度は挫折しかけた事があるだろう。
それをオワタ式でクリアした猛者がいるというのだから世の中は解らないものである。
「ロックマンXアニバーサリーコレクション2」にもX6は収録されており、なおかつプレイ補助のモードとして「穴・トゲに落ちてもミスにはならない(ダメージ扱いになる)」「基本的に受けるダメージが通常よりかなり抑えられる(場合にもよるがほぼノーダメージ)」といった「駆け出しハンターモード」なるものが存在する(収録作品全てに適用される)ので、本当に挫折まで陥ってしまったらこれ(とアルティメットアーマー出現コマンド)を使うのも手。ただし、ゲイトステージはこれらを発動してもキツい道中が存在する。それだけこのX6は激辛なのである。
余談
ボスが陣取るステージの所在地はステージ名や背景から大まかな国が特定できるものとなっているが、中にはマップの座標と噛み合わないステージもある。これは座標を表示するための地図が小さすぎる為である…のだが、それにしては場所がおかしすぎないか?と思わせる部分もある。
テレビCM
30秒バージョン
15秒バージョン
