ワールドマップが反転、またダンジョンの位置が微妙に変わっている。
一部「壊死の迷宮」「トライピラー」「天の回廊」のダンジョンは無くなっている。
一部の地名が「散歩する庭園」「結界のほこら」「闘技場」から「幻燈荘園」「バリアシェルター」「魔王の練兵場」に変更。他にも名称が微妙に変更さている。
一部のダンジョン「フォレストプリズン」「デ・レ・メタリカ」などで、モンスターとのエンカウントはしなくなっている。
キャラクターのグッズの変更。今までに出たWA1からWA3に似たものが出ている。
登場キャラの戦闘時のみボイス化、及び全キャラデザイン、マップ変更。
WA2からのサーチシステムやジェム、ルートコンダクター、パーソナルスキル、エンカウントキャンセル（マイグラント）といったアイテム、仕様が追加。
WA3のパズルボックスやExファイルキーなどミニゲーム、オマケ要素も追加。
マリエルのガーデニング。ベリー系やフォースキャロット、ネクタールはここでしか手に入らない。
マジックキャロットの消失。これによりMP回復はガーディアン「ラフティーナ」（セシリアのみ）しか出来ない。
隠しボス「スケベ本」「スクラップフィギュア」「メルコム・リッチ」など原作よりも多数出現。
- ただし特定の条件を踏まないと現れない。
隠しダンジョン「Abyss」「殺生石窟」「デ・レ・メタリカ（写本版）」など追加。
フォースアビリティが1キャラ1つだけになっているため、「ブーストアタック」「ディフェンサー」や「デュアルキャスト」などは消滅。
サブキャラ「ジェーン」「マクダレン」「エマ」「マリエル」「ゼット」をパーティメンバー化。
「ミスティック」（アイテムの全体化）がジェーンのフォースアビリティになってしまったため序盤からの全体回復などは出来なくなっている。
一部のダンジョン・地域に強い（苦戦）ザコモンスターを配置。
- 例：マウンテンパスにLV50の「トロール」やパンデモニウム周辺にハイドラ（毎ターン回復）などが出る為注意。
山のガーディアン「ディノギアス」死のガーディアン「ギィ・ラムトス」など消失してしまったガーディアンがある。
セシリアの一部の下位魔法と上位魔法の廃止「ハイ・ヒール」など。
ザックの「ひでんのしょ」の消失。代わりに早撃ちは使えば使うほど熟練が上がる仕様になっている。
ザックの早撃ちの消滅、または変更。「メテオドライブ」「インフィニティノヴァ」などが無くなっている。
一部のボスモンスターの性質を追加。特定の手順を踏むと攻撃が無効になったり、カウンターや取り巻きを呼んだり復活させたりするなど原作よりも倒しにくくなっている。
WA2から同じみの1ギミルコインでコンティニューやダンジョンでセーブが出来る。
- ただしコンティニューを選ぶと経験値は入らない。
ダンジョンでのトラップは、ほとんど無くなっている。
- 代わりにギミックや謎解き要素は増えている。
お金でARM改造が出来るのはロディとジェーンのみで、カートリッジを強化するには「アルターパーツ」というアイテムが必要。
アーデルハイドの復興資金が目を疑いたくなるほどの超高額な金額になっている。
ラスボス「ジークツヴァイ」が5ターン以内に特定のダメージ量を与えないとゲームオーバーになる。
サーフ村での新シナリオが追加され、村人からロディへの偏見が改善されている。
ベルセルクがマルドゥークで復活。
全てのBGMは、原作曲アレンジや新たに作曲されている。
八機すべてのゴーレムの二つ名が変更されている。
古代博物展覧会でのミニゲーム要素は無くなっている。
アーデルハイド国王の葬列の際の曲がヴォーカル入りしている。
エンディング曲が変更。「青空に誓って（渡辺真知子)」が無くなっている。