概要
前作と同様にヘリック共和国とゼネバス帝国との戦いを描いた旧ゾイドシリーズを題材としたゲームだが、前作『ゾイド 中央大陸の戦い』との関連性は無い。
本作のBGMは引き続き久石譲が担当し、イメージイラストはSF3D等で有名な横山宏が手掛けている。
RPGと左右スクロール方式擬似3Dシューティングを混合したゲームシステムは前作と同様だが、パイロットを乗せずにゾイド自身が動いたり言葉を話しているようにも見えた前作とは違い、街中ではパイロットがゾイドを降りて行動し、フィールド上や敵の勢力圏内ではゾイドに搭乗して戦闘を行うようになった。
エンカウント方式はランダムエンカウントに変更されたが、敵基地内の最奥部に居るボスキャラクターに限りシンボルエンカウントとなっている。
それに伴い、フィールド移動時のポーズ機能は削除された。
また、本作では武器・アイテム・ゾイドの売買が可能なショップや傷ついたゾイドを回復させる補給所等が世界各地の街に存在しているが、これらのサービスを受ける為に必要なお金は敵ゾイド撃破時に振り込まれる給料を銀行から引き出さなければならない（銀行では預金も可能）。
武器はAボタンで発射可能なキャノン砲・ミサイル系の武装とBボタンで発射可能な機関砲系の武装をそれぞれ装備可能で、ゾイドの防御力を向上させる追加装甲や移動スピードを上げるブースター等を装備する事も可能となった。
戦闘時のルールは基本的に前作と同じだが、エンカウントした敵はステータス画面に表示された敵ゾイド2機構成（ボス戦と空中戦時は1機のみ）となっており、異なる敵が複数登場するような事は無くなった。
本作では従来の地上戦や海上戦のほか、偵察飛行時にシュトルヒやレドラー等の飛行ゾイドと遭遇する場合があり、戦闘に負けると偵察飛行が行えなくなる。
また、海上戦はバリゲーターやウルトラザウルス等の海上を航行可能なゾイドでしか行えず、戦闘に負けると即ゲームオーバーとなってしまう。
前作では階級が所謂プレイヤーの部隊のレベルのような指標だったが、本作ではレベルと階級が二分化され、前者は一定の戦闘をこなすと上がり（戦闘時の移動スピード上昇）、後者は特定のクエストを達成する事で昇進する（階級が低いと進行しないイベントがある）。
ストーリー
ヘリック共和国とゼネバス帝国との長きにわたる戦争は共和国軍の勝利に終わり、中央大陸は一応の平和を取り戻したかに見えた。
しかし、そんな折に大陸北部に位置するバレシア基地からの連絡が原因不明の妨害電波により途絶。
事態を重く見た共和国軍はダリオスに駐留する1人の兵士に原因究明の為の単独調査を命じた。
