シリーズお馴染みの土管から生えてくるパックンフラワーが多く登場するコース。これまでと同様に一定時間ドカンから姿を現すものもいるが、中には一度姿を現したら土管を出てこちらへ歩いてくるもの(ランランパックン)もいる。お馴染みのアイテムファイアフラワーがここで初登場する。一部のドカンは背景、もしくは手前にある道へと繋がっており、その先に収集要素が隠されていることもある。

歴代シリーズのW1−2の例に漏れず、このコースには隠しゴールが存在しているのだが、ぜひ辿り着いてみよう。

ワンダー

本作では初となるミュージカルコース。陽気なbgm(『パックンマーチ』)に合わせて土管が伸び縮みしたり、パックンフラワーが現れて歌ったりする。ちなみに隠しゴールに辿り着くにはこのワンダーを発動させるか、後に手に入るあるバッジを使う必要がある。

ズラカルたちの駆ける丘

コース名にある通り、我々プレイヤー側から逃げ、木の実を吐き出して攻撃してくる敵・ズラカルが多く登場するコース。彼らは我々がダッシュすると、同じくらいの速さで逃げるようになるので踏みつけるのが意外と難しい。コース内を一部逆走するなどして、彼らを上手く追い込もう。ちなみにノコノコが本作初登場となるコースでもある。

ワンダー

空から大量のスーパースターが降ってきてほぼ常時無敵状態になることができる。

猪突猛進　ぼくトッシン

コース名にある通り、我々プレイヤーを確認次第、その方向へ突進してくる敵・トッシンが多く登場するコース。彼らは垂直な段差に突撃すると一定時間怯むが、なだらかな丘があるとそこから放物線を描くかのように駆け上がっていく。後者の特徴をうまく利用して彼らにしか壊せないブロックを壊してもらう箇所がある。他にもマイマイやモクモクモ、エリンといった新キャラが多数初登場する。またヒップドロップによって高さが上下する木の足場もある。

ワンダー

画面左から無数のワンダートッシンが現れ、常に右方向へ猪突猛進走り続ける。その道中で通常ゴールを破壊していってしまうので、強制的に隠しゴールへ行くことになる。(ちなみに通常ゴール下の通路になぜか生えてしまったおしゃべりフラワーもいる)

転がれ　コロンポリン

コース名にある通り、触れると大きく弾かれ、踏むなどで転がり出す敵・コロンポリンが多く登場するコース。彼らはサイズの合った穴に落とすとハマってしまい、上に乗るとトランポリンのように飛び跳ねることができる。この特徴を利用した仕掛けもある。Pスイッチが初登場する。

ワンダー

画面上に何体ものコロンポリンとワンダーシードを乗せたワンダーコロンポリンが転がってくる。

飛び出し注意！ローラースケートノコノコ

マップ上に落ちている岩を壊すと解放されるコース。敵はローラースケートノコノコのみで、ノコノコの甲羅を利用したギミックが登場する。また、ひっぱりやプロペラフラワーのギミックが初登場する。

ワンダー

見えない足場が出現し、その足場を進みながらワンダーピースを5枚集める。

土管もりもり　森の沼

コース名の通り、土管が大量に生えた毒沼のコース。押し出しのギミックが初登場し、土管などをこちらに押してくる敵・オシダシーも多く登場する。

ワンダー

尺取り虫土管が大量に出現する。

ガボンのアジト　沈む土管の谷

コース名にある通り、沈む土管のギミックが多く登場する地下のコース。ガボンのシューリンガンを利用した仕掛けも存在する。

ワンダー

ミュージカルコース(『サンバ・デ・ガボン』)。サンバのリズムに乗ってガボンがシューリンガンを投げてくるが、リズムに乗ってジャンプすれば避けられる。おしゃべりフラワーの合いの手をよく聞こう。

乗ってトッシン　獅子奮迅

本作で最初の高難易度コース(星4)。また、本作で最初のワンダー必須コースでもある。ワンダーの終点には隠しゴールへの分岐が存在する。隠しゴールへ行くにはゾウ状態もしくはドリル状態を維持しておくかコース中に居るマイマイの殻をここまで持ってくる必要があるが、ゾウフルーツもドリルキノコもコース中に存在せず、マイマイの殻も後述するワンダーの内容上取りに行くのが難しい。更に難易度も高い為途中で変身が解けたり殻を落としたりしやすく、本作の中でも到達が難しめな隠しゴールとなっている。

ワンダー

「猪突猛進　ぼくトッシン」と同様にワンダートッシンが現れるが、周りには毒沼が広がっている。途中で一旦トッシンから降りなければならないこともあり、後れを取ると強制的に毒沼にダイブさせられてしまう。最後は迫り上がってくる毒沼から逃げながらトッシンの待ち構える崖をジャンプで登る。頭の処理が追いつかない程展開がコロコロ変わり、初見で攻略することは非常に困難。

ビヨンたちのトワイライトフォレスト

コース名にある通り、クリボーに擬態して近づくと身体がバネのように伸びる敵・ビヨンが多く登場するコース。『ドンキーコングリターンズ』の「サンセット海岸」のように、コース全体が夕日に照らされてシルエットになっているのが特徴。

ワンダー

なんとプレイヤーの体が伸びてしまう(通称「ビヨンマリオ」)。更にクリボーや木までもが伸び、プレイヤーがしゃがむと一斉に縮む。木が縮むとフラワーコインなどが一緒に降りてくることもある。

コロンポリン　宙をゆく

コロンポリンを利用して上に登っていくアスレチックコース。

ワンダー

コロンポリンで跳ぶと急激に上昇して宇宙まで飛ばされ、そのまま無重力空間を遊泳する。途中で「ワンダーコロンポリン座」がワンダーコロンポリンそのものになるという面白演出つき。

バッジチャレンジ

帽子パラシュート、カベ登りジャンプのバッジチャレンジが1つずつ存在する。

達人バッジチャレンジ

ジェットランの達人バッジチャレンジが1つ存在する。

丘越え山越え　ハナチャンレース

最初のハナチャンレース。ローラーブレードを履いたハナチャンとレースを行うコースで、勝利するか2回敗北するとハナチャンからワンダーシードを貰える。マリオカートDSのミッションランではない。ここでは勝利するとワンダーシードだけでなく自動スーパーキノコバッジも手に入る。

ドカンロック平原のパレス

本作最初のパレス。今までの作品とは異なる禍々しい色の毒沼が張られており、奥にはグランドシードが眠っている。

ワンダー

土管が次々と落下してくる。下敷きになると当然即死。

ボス

本作のパレスのボスはクッパJr.で固定。ダメージを与える毎に第二形態→第三形態→第四形態と進化していく。第一形態では普通に襲いかかってくるが、第二形態ではワンダークッパJr.に姿を変え、何故かプレイヤー側を巨大化させ自分は小さくなる。と思いきや第三形態では逆転し、クッパJr.が巨大化しプレイヤー側は小さくなってしまう。ここでは唯一第四形態が存在しない。