※本記事は、このゲームのネタバレを含みます。というか存在そのものがネタバレです。
「ゲッ、ゲッ、ゲッ･･･
残念だな･･･。お前の進化の旅もここまで！
お前が向かうのはエデンではなく･･･
"地獄"だ！」
概要
生物に急激な進化をもたらす謎のアイテム・クリスタルをいくつも食らいつくしたことにより、異常を超えた歪な怪物へと変貌した（彼？が食らったクリスタルは、その危険性を危惧した恐竜人が壺に封印していた物）。その姿は、モデルとされている本来のボルボックスとは似ても似つかぬものとなっている。
「史上最強の生物」を自負し、ガイアのパートナーとなり未来を支配することを目論んでおり、最終章のラストにて、エデンへ向かおうとする主人公の前に立ちはだかる。すなわち、本作におけるラスボスである。
戦闘では、体内に宿した8つの卵と、長く伸びた触手を駆使して攻撃してくる。その卵には、作中のあらゆる時代で登場した生物が入っており、それぞれに対応した戦法で倒す必要がある（一部、生物でないものも含まれるが）。
最終的には倒され消滅するものの、結局ボルボックスは未来を支配したうえで何をするつもりだったのか、最後まで明かされることはなかった。だが、ガイアは「こんな怪物がエデンに行ったら、地球に未来はない」と断言しており、作中の彼？の物言いも相まってろくなことを考えていなかったのはほぼ確定と言えるだろう。
余談
ボルボックスを異常進化させたクリスタルは、元々は火星人によって地球にばら撒かれたものである。恐竜人が封印していた時より前の時代でも、クリスタルは生物に「不自然な進化」と「混乱」をもたらしていた。そんな代物を複数取り込んだボルボックスがいかに本来の枠から外れた存在かは、語るまでもない。
火星人当人は「地球生物の進化の手伝い」のつもりでやったことなのだが、結局それは只の杞憂であり裏目でしかなかった。というか、下手したら繁栄どころか地球生物が滅ぶ可能性もあり、現にボルボックスのような不自然の象徴たる存在まで生まれてしまっていたため、裏目とかそういうレベルではない。たとえどんな存在であっても、不用意によその生態系に干渉してはいけないということか。
関連タグ
ネタバレ注意：同じく強力なアイテムを複数取り込んだ結果、変貌してしまった存在。
哀しき悪役：元々作中のような考えを持っていたかは不明だが、外的要因に狂わされたという意味では該当する。というより、クリスタルの影響を受けた生物はほぼすべてこれ。
