東京都小笠原村に所属し、硫黄島の東の海上、本州から1800km離れた場所に存在する日本最東端の島である。最西端の島与那国島とは実に3000km以上離れている。
日本の島としては唯一日本海溝の東側にあり、日本で唯一太平洋プレート上にある。さらには、日本の実効支配の及ぶ島では唯一、他の島と排他的経済水域を接していない島でもある。マーカス島とも呼ばれる。三角形の特徴的な形状をしており、面積は1.51平方km、海岸線は周囲約7.5km。地形はほぼ平坦で、最高点でも標高9mほど。海岸周辺の海域は浅いサンゴ礁であるが、それを越えるとすぐ深度1000m以上の深い海となる。
島には自衛隊の飛行場「南鳥島航空基地」があり、自衛官および気象庁職員、関東地方整備局の職員合計20数名が交代で住み込んでいる。携帯電話は通じずTVも見られず、インターネット接続も不可能ではないがかなり高額になる。民間の旅客機や船舶は一切就航しておらず、特別な場合を除き一般人の入島は不可能である。また、本土から軍用の大型輸送機でも4時間はかかる。
年平均気温は25度と高いが年間降水量は1,035mmとやや少なく、過酷な環境である。ケッペン気候区分ではサバンナ気候に相当する。
くどいようだが日本最東端である。日本でもかなり南の方にある島だが、決して最南端ではない。最南端の島は沖ノ鳥島である。しかも日本最南端の有人島波照間島と比べても北寄りである。だがいじわるな社会科教師はひっかけ問題として日本最南端の島を答えさせることがある。その時、選択肢にこれがあれば間違える子供も存在する。恐ろしい話である。
ちなみにポケットモンスターファイアレッド・リーフグリーンにあるアイテムを入手することで行くことが出来るたんじょうのしまのモデルはこの南鳥島とされる。
