概要
天変地異が起きてから突如として各地に出現したとされる建造物。
大昔にラウルが光の力を籠めて邪を封じた場所であるらしい。
巨大な岩に周りを囲う神社の鳥居のような支えがあり、岩のてっぺんからは緑色の紋様が渦巻いている。
一見すると入口は見当たらないが、手前に投影された手の形の紋様を異形の手でかざすと、入口が現れる仕組みになっている。（この時にワープ地点として登録される）
内部は枯山水の意匠や部族を思わせる龍の意匠があり、大理石のような未知の石材などで構成されており、外見からは思えない広さがある。
ゲーム上の立ち位置は前作の試練の祠と同じだが、その雰囲気はまるで異なっている。
なお、破魔の祠のほとんどは試練の祠があった場所と異なる場所に存在している。
中に入ると試練が始まり、祠によって様々な試練が用意されるものが多く、最奥まで行くとラウルとその妃ソニアの姿に象られた像から祝福の光を授けられる。
この祝福の光は、前作の克服の証に相当する。各地の女神像にて4つと引き換えにハートの器やがんばりの器を入手し、瘴気で失われたリンクの力を取り戻していく。
祠の数は地上に120箇所、空に32箇所あり、合わせて152箇所存在する（この数はDLCを含めた前作の祠の総数よりも多い）。また、地上の祠は地表にあるものだけでなく、洞窟の奥深くにあるものも存在する。
祠内ではカプセルのゾナウギアを取り出すことはできないが、スクラビルドしたゾナウギアの持ち込みは可能。
種類
チュートリアル
始まりの空島に4つ設置されている祠。祠に入ると、異形の手の機能をラウルが1つずつ追加してくれる。（モドレコのみ、ゼルダと思しき人物から授けられる）
練習も兼ねた謎解きを行う内容となっている。
この4つとは別に、「戦いの教え」と呼ばれる戦闘訓練を行う祠や、ゾナウギアのチュートリアルを兼ねる祠も存在する。
戦いの教え
前作のカカリコ村の祠で受けた戦闘アクションのチュートリアル「タロ・ニヒの教え」の発展型。
ハイラル各地に7つ存在している（うち1つは「タロ・ニヒの教え」と同じ内容）。
この祠で相手する特務隊長ゴーレムは、「タロ・ニヒの教え」の小型ガーディアンと同様、一度祠をクリアすると再出現しないのだが、ガーディアンと異なり図鑑では通常の隊長ゴーレムと区別して扱われるため、うっかりウツシエで撮り忘れたまま全祠をクリアしてしまうと自力での登録が不可能になるので注意。
謎解き
異形の手の機能や武器、そこらに配置されている要素で謎を解いていく最も一般的な祠。内部に兵隊ゴーレムが配備されていることもある。
前作と同様、配置されている要素とアイテムなどを組み合わせてゴリ押しで攻略することも可能である。
本作では祝福の祠の数が増えたため相対的に少なく感じるが、数自体はDLCを除いた前作よりも多い。
一身の戦い
こちらは謎解きではなく、武器や装備などの持ち物を全て没収された状態でゴーレムたちを全て倒すという内容になっている。言わば前作での野生の試練と力の試練を合わせたようなもの。
祠によって地形やゴーレムの数・強さなどが異なり、攻略の仕方も純粋に戦闘の実力を試されるものもあれば、地形やギミックを活用してゴーレムを一網打尽にするものもある。
ゴーレムを全て倒すと所持していた装備は没収される（元々着けていた装備に戻る）。
一度クリアすると、以降は再進入しても道具の没収は無くなるため、ゴーレム狩りポイントになる。
ラウルの祝福
謎解きや戦闘は一切なく、一本道の真ん中に宝箱が一つ置かれている。
祠自体を探したり、登録するまでが面倒な祠（ほこらチャレンジや洞窟の祠など）がこの傾向にある。
本作では前作の2倍弱の数が存在する。
破魔の根
真っ暗闇の地底に存在する大樹の根のようなもの。地上の祠の真下に存在し、根の名前も対応する祠の名前をひっくり返した名前となっている。
破魔の根は異形の手でかざすことで開放され、周囲を照らすとともに、照らした範囲のマップを解放する。
また、解放済みの根の真下に行くと、瘴気で失ったハートを回復することができる。
地底探索は、基本的にこの破魔の根を伝っていきながら行うことになる。
○○の祠と水晶
囲いのみがある祠に緑色の水晶を運ぶという祠チャレンジ。囲い側・水晶側どちらかを調べると対応する囲いと水晶の間に光が伸びる。
囲いのみの状態でもワープポイントとしては登録可能。
祠の内容に関しては、水晶を運ぶこと自体が攻略となっているため、1箇所を除き全てラウルの祝福となっている。
設定
本作の「マスターワークス」によると、ハイラルには昔から「邪」というものが存在しており、魔物が湧き出る原因になっていたという。邪そのものの正体は不明とされ、思念や怨念のようなものなのか、あるいは人ならざる存在なのかなどと推測されている。
破魔の祠はハイラル各地の邪気が強い場所（鬼門や龍脈的な場所）に、ラウルの破魔の力を込めた石をソニアの力で限りなく時間の流れを遅くした状態にして設置することで、破魔の力をその場に滞留させ、半永久的に邪気を浄化し続けるようにした代物とのこと。
なので、この祠自体は実は魔王ガノンドロフには直接関係ない（マスターワークス以前のスタッフインタビューでも同様のことは語られている）。
祠の上から出ている螺旋状の光は封じている邪悪な力を浄化して放出したものであり、プロローグでガノンドロフを封じる手から出ていたのと同じものとされている。
クリアした祠は光が消えるが、これは浄化が止まったためである可能性があり、今後邪気が再び現れる危険性がゼロではないらしい。ラウルがこうなることを知っていたかは不明とされる。
余談
- 祠の名前は実在する京都の地名のアナグラムに名付けている。
- マスターワークスによるとデザインはしめ縄が巻かれた大岩から着想を得ているとのこと。
- 試練の祠は神獣クリア後でないと攻略できないものもあったが、本作では神殿をクリアしなくても全ての祠を攻略可能（というか迷いの森とオルディン地方の1箇所（ユン坊で入口を壊さないと入れない洞窟）を除けばストーリー自体全く進めなくても攻略可）であり、前作以上の自由度の高さを見せている。
- 試練の祠の外壁は内部同様登れなかったが、破魔の祠の外壁は登れる。だからどうということはないが、洞窟内の祠の場合、周囲の天井にトーレルーフできなくても祠の上からならできるようになる場所がそこそこある。
関連タグ
- 試練の祠…前作ブレスオブザワイルドに登場した祠。ゲーム上の役割は同じ。
