1999年、地球に宇宙戦艦ＡＳＳ－１（後のＳＤＦ－１マクロス）が落下してきた。落下の衝撃で南アタリア島の半分が吹き飛んだ。宇宙戦艦を調査した結果、全長１０ｍはあろうという巨人の存在が示唆された。この宇宙戦艦からは様々なオーバーテクノロジーが発見され、来る宇宙人との戦闘に備えてアメリカをはじめとする多くの国が地球を統合する「統合政府」に加盟し、各国の軍事組織は「地球統合軍」に編入された。
ところが、統合政府によるオーバーテクノロジーの独占をよしとしない「反統合同盟」も設立され、のちに統合戦争と呼ばれる戦争が起こった。
統合政府はこのころより「グランドキャノン構想」「可変戦闘機開発」そして少し遅れて「デストロイドの開発」を行った。反統合同盟も開発はほぼ同時期に行われた。
統合戦争のさなか、統合軍も反統合同盟軍も使用する可変戦闘機だけでなく、非可変戦闘機もオーバーテクノロジーによるアップデートを行っていた、その矢先、反統合同盟は可変戦闘機SV-51を実戦投入した。先んじられた統合軍も対抗機としてVF-0フェニックスを実戦に投入。史上初の可変戦闘機同士の戦いが繰り広げられた。
可変戦闘機の開発に合わせ、熱核タービンの開発も開始。
同時期、ハスフォード博士が提唱した「人類プロトカルチャー干渉仮説」の立証（？）のため、統合軍が太平洋に浮かぶ島「マヤン島」の調査を行っていた。それは人類殲滅兵器「鳥の人」であった。
鳥の人事件終息直後、鳥の人はフォールドしてしまった。
2009年、マクロスが進宙。
2040年にはAVF計画により、ここでも新たなオーバーテクノロジーが採用された。「ハイ・マニューバ・ミサイル」「ピンポイントバリアの可変戦闘機への採用。」「熱核バーストタービン」「従来機を大幅に凌駕する機動性。（YF-19／VF-19）」「脳波コントロール（YF-21／VF-22）」がその例である。また、アクティブステルスもこの部類に入る。また、片道ではあるものの、単独フォールド性能も求められていた。
2050年代にはバジュラとの交戦も想定され、ISCやEXギアといったさらに高度なテクノロジーが採用された。（VF-25）このテクノロジーはパイロットへの負担を抑える役割で、非常に高度な技術である。また、ギャラクシー船団では、人体をサイボーグ化することでも機動性の限界を高めている。（VF-27）さらにフォールド断層を超えてのフォールドも可能になったほか、反応弾が効かなくなったバジュラに対して「フォールド爆弾」とよばれるフォールド技術を駆使した兵器も使用された。
