マクロスシリーズ生誕25周年記念作品として平成20年（2008年）4月-9月に毎日放送およびTBS系列のごく一部にて放映され、放送終了後には劇場版が製作された。この劇場版公開に合わせる形で地方のTBS系列局でも放送されたが、放送拒否を行った系列局が2局存在する。また生誕30周年記念として『マクロス7』との公式コラボ映画『マクロスFB7』が制作された。
シェリル・ノームとランカ・リーのダブルヒロインが歌う数々の楽曲は名曲揃いで、放送後に行われた武道館ライブも盛況で、チケットの抽選倍率は20倍を超えた。
男前なヒロイン達なため、一部では「彼女達は主人公で、ヒロインは早乙女アルト（♂）だ」と言われている。

ストーリー

西暦2009年。第一次星間大戦によって荒廃した地球。異星人との戦いに勝利するも、滅亡の危機を感じた人類は地球再生と共に大規模な宇宙移民を計画。西暦2012年の第一次超長距離移民船団の出港を契機に、新天地を目指し銀河の各方面への移民を開始した。その道中、いくつもの事件や紛争を経験するも、順調に活動領域を広げていった.....
そして、先の大戦から半世紀もの年月が過ぎた西暦2059年。銀河中心部を航行中のマクロス・フロンティア船団にてトップシンガーのシェリル・ノームのコンサートが開催される。美星学園宇宙科高校生の早乙女アルトがステージ演出のエアアクロバットに参加することになり、アルトは観客の一人であるランカ・リーと出会う。
しかし、謎の異星生命体・パジュラが移民船団を襲撃し、混乱の中でアルトはVF-25を操縦して異星生命体からランカを救った。それがきかっけでアルトは民間軍事会社S.M.Sに入り、ランカはアルトに励まされて歌手の道を歩み出し、コンサートでアルトと知り合ったシェリルは彼に関心を抱くようになった。