概要
正式名称はStimulus-Triggered Acquisition of Pluripotency cells（日本語訳：刺激惹起性多能性獲得細胞〈しげきじゃっきせいたのうせいかくとくさいぼう〉）。
研究は理化学研究所の小保方晴子、ハーバード大学のチャールズ・バガンティ、山梨大学の若山照彦らによって行われ、2014年1月30日発売のイギリスの科学雑誌「Nature」に論文が掲載された。
国内での研究は小保方が「STAP現象」の作成、若山が小保方の作製した細胞からキメラマウスを作成しての「STAP幹細胞」の検証、笹井芳樹が総監督的な立場で論文の体裁を整える、といった役割分担であった。
研究の内容を要約すると、マウスの細胞を弱酸性の溶液につけて外部から刺激(ストレス)を加えることで、様々な組織や臓器の細胞へと分化する機能を持つ万能細胞ができた…とのこと。これまでは既に分化した細胞が何らかの刺激で別の細胞へと分化する機能を持つことは常識的にありえないとされていたため、この発見は大きな驚きをもって迎えられた(実際、あまりにもぶっ飛んだ話だったため、当初は誰も信用しなかったらしい)。
この「様々な組織や臓器」には、iPS細胞では作成不可能な胎盤なども含まれており、さらに非常に簡単な手段で作成できることから、世紀の大発見として世界的な注目を集めた。
STAP幹細胞の研究に対する疑義
論文発表からしばらくして、追試を行った世界中の研究者から「論文の手順通りに行ったがSTAP幹細胞が作成できない」という疑問が寄せられるようになった。その後、筆頭研究者であった小保方の所属する理化学研究所により作成手順が公開されたが、今度は「論文の記述と理化学研究所の発表した作成手順が異なる」という疑問が寄せられ、世界中で研究の正当性に対する疑念が生じ始めた。
さらに、その後小保方氏の執筆した論文中に掲載されている画像が、他の文献や過去に自身の手がけた別の研究論文に掲載された画像と酷似している、実験手法について書かれた文章が他の論文に書かれている文章とほぼ一致する、さらには転載元である小保方の博士論文にも同様の問題があるといった指摘が出され、論文そのものの体裁に重大な問題があることが明るみに出てきた。その結果、研究者の1人であった若山照彦が「論文を信用できなくなった」として共著者に論文の取り下げを呼びかけ、さらに小保方の所属する理化学研究所や論文の掲載されたNatureも本格的な調査に乗り出すなど、波紋が広がった。
また、この論文は過去に何度か別の学術誌に投稿されてリジェクト（掲載拒否）されていたが、その際にも一部写真が切り貼りである疑いやES細胞の混入の可能性を指摘する査読コメントがついていた。
騒動を受け、2014年3月14日には理化学研究所側は理事長である野依良治らによる「論文の体裁がなっていなかった」と謝罪会見を行い、論文の取り下げや今後の調査方針などを発表。同年5月には論文の執筆に際して研究不正があったことを認める調査報告をまとめた。
小保方氏は、当初「研究に不正はなかった」として理研の調査報告に反発し、論文の取り下げには消極的だった。2014年4月9日の会見では「200回以上作成に成功した」としており、この会見中も「STAP細胞は、あります！」と語気を強めて発言した。
さらに5月には代理人が小保方の実験ノートを公開したものの、あまりにも点数が少ない上に「陽性かくにん！よかった」等といったとてもプロの研究者レベルには見えない表現が頻発する記述が火に油を注ぐ結果となった。
しかし小保方は2014年6月に論文の取り下げに同意。これによりSTAP細胞の研究は完全に白紙に戻ることとなった。
さらに、8月には共著者の1人であった理化学研究所発生・再生科学総合研究センターの笹井芳樹副センター長が自殺するという問題も発生。STAP細胞の検証実験のみならず、日本の再生医療研究全体に大きな影を落とすことになるのではという懸念が広まっている。
2014年7月より小保方は第三者の立ち会いのもとで11月末までと規定されたSTAP細胞の作成再現実験を行っていたが、4ヶ月にわたってもなお再度細胞を作り出すことは出来ず、また彼女が関与しないチームも結成されて並行して検証実験を行っていたが、小保方の手法ではSTAP細胞を作り出す事はついに出来なかった。
なおこれに「STAP幹細胞」の実験であり、本来担当・実験を成功させていたはずの若山照彦氏は不参加であった。
さらに同年12月26日に外部有識者でつくる理研の調査委員会は「STAP細胞とされた細胞は、既存の万能細胞のES細胞が混入したもの」との調査結果を公表、混入が故意であるか否かは不明としたものの、この調査で小保方の出勤記録との照合から、一部の図表に関しては「図表の元になる実験そのものが行われていなかった」という疑惑すら浮上した。
調査では共同研究者である若山・笹井両名に関してはチェックの甘さを指弾されたものの彼らに関しては「研究不正と認定できる事実はなかった」としており、調査委員会は小保方の単独犯という見方を濃厚にしている。
既に理研を退職した小保方は期限までに上記の調査結果に対する不服申し立てをせず、事実上自身の不正を認めた形となった。
これに伴い、早稲田大学側は予付きで小保方の博士号を剥奪することを発表した。
さらに駄目押しともいえる形で、バガンディの所属先であるハーバード大学を含む日本国外の7チームでも合計133回にわたる追試が行われ、2015日9月23日に「STAP細胞を作る事はできなかった」と改めてネイチャーに発表され、相前後して理研もSTAP細胞とされていた細胞が「ＥＳ細胞（胚性幹細胞）由来だった」との調査結果を公表した。
さらなる疑義としてこの混入したとされるES細胞であるが、若山教授の研究室から紛失した、何者かによって盗み出されたものであるとする雑誌報道がなされたこともある。
補足
世にいうSTAP細胞の再現性についてだが、これは「STAP幹細胞」の方。本来なら実験を担当していない彼女ではなく共著者の若山照彦氏が実験を担当していたはずの所であり、彼は再現実験にも参加すらしていない。
つまり彼女は本人が証明できていない「幹細胞」の部分について証明させられたこととなる。
また、早稲田大学の対応について、博士号は本来大学が外部の人間も交えて半年以上かけていくつもの審査がされるものであり、博士号認定などに使われた彼女の過去の論文の書き方に問題があったのならば、それは大学側の不備や問題があったと言わざるを得ず、一部からは「トカゲの尻尾きり」と批判されている。
ただし、これはあくまで博士論文の書き方に問題がある、という誤解に基づくものであり、実態は盗用が問題視されたものである。
博士論文は国会図書館に寄贈されるものであるため、有志による調査結果により多くの盗用（中にはアメリカ企業の公開資料そのまま）がみられており、こうした指摘を受けたことから当初は博士号はく奪を行わない方針でいたが、批判を受けて方針転換を行った。
笹井芳樹氏の夫人は、夫の自殺後、「STAP現象そのものについては、夫は最後まで『ある』と思っていたと思う。主人はそれこそ山のようにES細胞を見てきており、その目から見て、『あの細胞はESとは明らかに形が異なる』という話を、家でもよくしていた」と語っている（「週刊新潮」2016年2月11日号）。
一方、上記の意見についても調査が進むにつれて疑問視していたことも伝えられている。
噂話程度にはiPS細胞で出来ず、STAP細胞でできることはなく、夢の若返りもiPS細胞で可能だという話も存在する。
一方、STAP細胞騒動後の調査により小保方晴子が主執筆者となっている論文については修士課程の論文以外すべてにねつ造が判明しており、STAP細胞に関連するハーバード大学にて記した論文もハーバード大自身により取り下げが行われている
なお、特許について触れられることはあるが、2022年5月現在もアメリカ・日本ともに特許取得には至っていない。時折ハーバード大学が特許を取得したような主張もあるが、現在はバカンディ教授によるベンチャー企業「V-CELL社」が申請権を所持している。
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