概要
地名の由来は2代将軍徳川秀忠がかつてこの地にあった金峰山高林寺から湧き出た水でお茶を飲んでいた事から。
駅周辺は明治大学や東京医科歯科大学などの有名大学が立ち並ぶ学生街であり、楽器店も多く立ち並ぶ。
秋葉原駅同様神田明神の最寄駅だが、秋葉原側からだと急な坂を登る必要があるためこちらから降りた方が行きやすい。
JR中央本線（中央線快速(JC03)/中央・総武緩行線(JB18)）の御茶ノ水駅
西部から並走してきた快速と緩行線の車両はこの駅で分岐する。
聖橋口から出ると聖橋という高架橋が伸びており、その下を通っている外堀通りを通りたい場合は御茶ノ水橋口から出る必要がある。
出口は御茶ノ水橋口と聖橋口の二ヶ所の他、早朝の通勤時間のみ解放される臨時改札口も存在する。
かなり狭い場所に駅舎とホームを設けたため、神田川沿いの急勾配のカーブしたかなり危ない場所にホームがある。さらに距離稼ぎのために快速線と緩行線のホームに段差が設けられている事からもかなり無理矢理な過程で作られた駅だとわかる。
さらに駿河台日大病院が近いにもかかわらずバリアフリー設備が一切ないという問題も抱えている。
そのため現在は安全性向上やバリアフリーも兼ねて駅の大改修がが行われている真っ最中である。
駅構造
東京メトロ丸ノ内線の御茶ノ水駅(M20)
JR駅（御茶ノ水橋口）からは結構離れている。
メトロの中でもかなり早い段階で作られた駅のため改札・ホーム共に地下一階にある。
また、ホームを行き来するための連絡通路がさらに地下深くに設けられている。
駅構造
東京メトロ千代田線の新御茶ノ水駅(C12)
JR御茶ノ水駅の聖橋口から東南には東京メトロ千代田線の新御茶ノ水駅も通っており、住所もJRと同じ神田駿河台にある。
険しい坂の真下に駅があるため、ホーム両端から出口までは長いエスカレーターを登りそれなりに歩く必要がある。
ホーム北側の聖橋方面改札から降りるか南側の小川町交差点方面改札から出るかで乗り換え案内が全く異なってしまうという都民ですら騙されるトラップがある駅。
聖橋方面改札
乗り換え：丸ノ内線御茶ノ水駅⇔JR御茶ノ水駅⇔千代田線新御茶ノ水駅
こちらから伸びた出口からの距離ならJR線は横断歩道を渡る必要はあるものの丸ノ内線の御茶ノ水駅よりもずっと近い。フードコートお茶の水サンクレールと直結している他、裏道を通ればロシアの教会であるニコライ堂(東京復活大聖堂)も近い。
小川町交差点方面改札
乗り換え：千代田線新御茶ノ水駅⇔都営新宿線小川町駅⇔丸ノ内線淡路町駅
都営新宿線の小川町駅、丸ノ内線の淡路町駅と地下通路で繋がっている。
元々淡路町駅とは別の駅だったが、1980年に小川町駅が開通し地下で繋がった事で晴れて3駅乗り換え指定駅となった。
この小川町駅を介した繋がりが出来る以前は、新御茶ノ水駅から丸ノ内線への乗り換えは淡路町ではなく御茶ノ水で指定されていた。現在はこの乗り換えは「新御茶ノ水駅を間違えて聖橋方面改札から降りてしまった」というごく限られたシチュエーションに対する措置でしかなく、都営新宿線に至ってはまったく保証がされていない(定期を持っているなら話は別)。
商業施設は聖橋方面改札側に偏ってるので乗り換えついでに降りようと引っかかってしまうのも無理もない話であるが…
