概要
今作品における「今週の怪人枠」。上忍の指示に従い、マゲラッパを数体引き連れて行動する。それぞれが宇宙忍法を体得している。巨大化については、親記事の「ジャカンジャの戦力 巨大化アイテム」の項を参照。複数話に跨って登場する中忍は、名前の横に話数を記す。
宇宙忍者軍団
チュウズーボ配下の宇宙忍者。それぞれ動植物に和風モチーフで統一されている。
- 結界忍者ケッカイ坊（巻之一）
声：田中完
- コピー忍者クリソッツ坊（巻之三）
声：山岸功
- 毒花忍者ハナサッカ導師（巻之五）
声：坪井智浩
- 次元忍者フタブタ坊（巻之七）
声：桜井敏治
- 繁殖忍者クッツク法師（巻之九）
声：多田野曜平
- 悪夢忍者ユメバクー師（巻之十一）
声：田中亮一
- ダンシング忍者ヒゲナマ頭巾（巻之十三）
声：堀本等
- バックトゥ忍者オクト入道（巻之十四）
声：園部啓一
- 霧吐き忍者キリキリマイ師（巻之十六）
声：柴本浩行
- 島忍者ギリギリガイ師（巻之十七 十八）
声：河合義雄
クグツ忍者軍団
サーガイン配下の宇宙忍者。クグツの名の通りボディがメカで出来ているのが特徴。地球上の動物がモチーフ。
- 磁石忍者ジシャックモ（巻之二）
声：細井治
- 穴掘り忍者モグドラゴ（巻之四）
声：伊藤健太郎
- 縁切り忍者シラーンス（巻之六）
声：川津泰彦
- 水喰い忍者ガマジャクシ（巻之八）
声：青空球児
※演者は「ゲロゲ～ロ」のギャグを持つ漫才コンビ「青空球児・好児」の一人。
- メタル忍者テッコツメーバ（巻之十二）
声：今村直樹
- 災厄忍者カンガルーレット（巻之二十）
声：坂東尚樹
- 雷忍者ウナダイコ（巻之二十四）
声：遠近孝一
- 恋煩い忍者チューピッド（巻之二十六）
声：緒方文興
- 美少女忍者フラビジェンヌ（巻之三十）
声：篠原恵美
- 洗脳忍者ジュクキノコ（巻之三十）
声：志賀克也
- 滑空忍者ムササビスタル（巻之三十五）
声：岡本美登
- 腐食忍者フショクルーガ（巻之三十九）
声：鈴木正和
- 花火忍者タマーヤドーン(超忍法CD)
声:一条和矢
仮面忍者軍団
サタラクラ配下の宇宙忍者。主人の性格を反映してか、ふざけた態度をとるが作戦自体はえげつないものが多い。人体のパーツがモチーフ。名前には中点(・)が入る。
- 蜃気楼忍者ジン・ギローン（巻之二十一 二十二）
声：鈴木清信
- 香水忍者キラ・コローネ（巻之二十三）
声：西川宏美
- 復活忍者バンパ・イヤーン（巻之二十五）
声：真殿光昭
- 重力忍者オモ・カル（巻之二十七）
声：宇垣秀成
- 残暑忍者ベロ・タン（巻之二十九）
声：平野正人
- 風船忍者ゴムビ・ローン（巻之三十八）
声：長嶝高士
- 漫才忍者ツッコ・ミーナ（巻之四十一）
声：村岡弘之
忍狼獣ファングール
人々の影を喰らう3匹の宇宙オオカミ。凶暴なためサタラクラが特殊な笛でコントロールする。
- 序（巻之三十五）
声：穴井勇輝
- 破（巻之三十五）
声：大村亨
- 急（巻之三十五）
声：塩野勝美
巨獣ファンゲロス
声：穴井勇輝 大村亨 塩野勝美
3匹のファングールが合体、巨大化した姿。
扇忍獣
サンダールが従える忍獣。3体と少ないが、いずれも強敵揃いで地球忍者たちを苦戦させた。
『凶扇獣バドーギ。"扇獣"とは、サンダールが鉄扇の中に飼っている忍獣です。他にもまだいるよ～！！』(#40)
- 災扇獣デザーギ（巻之四十四、四十七）
『宇宙忍者ファイル、災扇獣デザーギ。ジャカンジャを勝利に導く、宇宙の大カラス！』(#44)
- 呪扇獣マドーギ（巻之四十五、四十八）
『宇宙忍者ファイル、呪扇獣マドーギ。猫のような女はお嫌いですか…？』(#45)
声：疋田由香里
