宇宙をまたにかける忍者集団。数多くの惑星を腐らせる（滅亡させる）ことで生まれる"アレ"を求めて地球に食指を伸ばした。
組織名の由来は「邪」＋「間者」から。（間者とは「スパイ」「忍者」のこと。）
毎回のED前には、『宇宙忍者ファイル』というミニコーナーがあり、その回に登場した中忍が紹介される。中忍がいない場合は幹部が紹介される。

構成員

首領

首領タウ・ザント（声：梁田清之）

ジャカンジャの首領。地球にある「アレ」を狙い、宇宙最強の生命体になろうと目論む。終盤でサンダールの下克上で殉職。

暗黒七本槍

ジャカンジャの幹部で「上忍」。

一の槍フラビージョ（演：山本梓）

ジャカンジャの上忍で、暗黒七本槍の「一の槍」。中忍の採点をするのが任務。終盤で、ウェンディーヌ共々殉職。

二の槍チュウズーボ（声：郷里大輔）

ジャカンジャの上忍で、暗黒七本槍の「二の槍」。宇宙忍者軍団（中忍）を率いる頭領。第19話で殉職。

三の槍マンマルバ（声：今村卓博）

ジャカンジャの上忍で、暗黒七本槍の「三の槍」。予言者としてタウ・ザントに進言する。第37話で殉職。

四の槍ウェンディーヌ（演：福澄美緒）

ジャカンジャの上忍で、暗黒七本槍の「四の槍」。錬金術師で、倒された中忍の巨大化復活を担う。終盤で、フラビージョ共々殉職。

五の槍サーガイン（声：岡本美登）

ジャカンジャの上忍で、暗黒七本槍の「五の槍」。クグツ忍者軍団（中忍）の製作者にして指揮官。第43話でサンダールに暗殺される。

六の槍サタラクラ（声：島田敏）

ジャカンジャの上忍で、暗黒七本槍の「六の槍」。仮面忍者軍団（中忍）を束ねる。殉職したチュウズーボの後任として登場する。第49話で殉職。

七の槍サンダール（声：池田秀一）

ジャカンジャの上忍で、暗黒七本槍の「七の槍」。強力な扇忍獣（中忍）を飼っている。マンマルバ殉職後、姿を現した実力者。終盤で下克上した後殉職。

外伝で登場した暗黒七本槍

二の槍候補チュウボウズ（声：岸祐二）
Vシネマ『忍風戦隊ハリケンジャーVSガオレンジャー』に登場。チュウズーボの弟。空席になった二の槍に加入しようと目論む。オルグのヤバイバやツエツエと手を組む。

零の槍バット・ゼ・ルンバ（声：宮田浩徳）

ジャカンジャにしてジャカンジャにあらず、暗黒七本槍の「零の槍」。シノビメダルを強奪し、「聖なる意志」を覚醒させようと目論む。

中忍（怪人）

宇宙忍者軍団

チュウズーボ配下の中忍で、チュウズーボに忠誠を誓う宇宙人忍者で構成されている。それぞれ動植物＋和風がモチーフ。巨大化アイテムは再生巨大化の術の巻物。

クグツ忍者軍団

サーガイン配下の中忍で、サーガインが製作した機械生命体で構成されている。地球上の動物がモチーフ。巨大化アイテムはコピージャイアント。

仮面忍者軍団

サタラクラ配下の中忍で、サタラクラと関係がある宇宙人忍者で構成されている。人体のパーツがモチーフ。巨大化アイテムはデッ仮面。

扇忍獣

サンダールが飼っている3体の怪人。いずれも強敵揃いで、地球忍者たちを苦戦させる。

戦闘員

下忍マゲラッパ

今作の戦闘員。頭頂部のマゲが本体で、タイツの中に無数に詰まったムカデをコントロールして動いている。

黒幕

邪悪なる意志（声：加藤精三）

「アレ」の中に潜んで、ジャカンジャを影で操っていた黒幕。実体はない。世界を滅ぼした後、新たな世界の支配者になろうと目論む。

関係者・協力者

宇宙忍猿ザール一族

映画『シュシュッとTHE MOVIE』に登場。地球の猿に似た姿を持つ忍者集団で、ヒザールとブリザールの兄弟で構成されている。

宇宙忍猿ヒザール（声：古田新太）

宇宙忍猿ザール一族の長。ジャカンジャに加わるため、タウ・ザントへの手土産としてライーナ姫を拉致するが、本当の目的は不老不死である。

宇宙忍猿ブリザール（声：村岡弘之）

宇宙忍猿ザール一族の1体で、ヒザールの右腕。

合体宇宙忍猿アシュラザール（声：古田新太）

ヒザールとブリザールが合体して巨大化した姿。

宇宙忍者関係

邪忍イーガ（声：梁田清之）

Vシネマ『爆竜戦隊アバレンジャーVSハリケンジャー』に登場。次元を超えてダイノアースにやってきた際、邪命体の力で進化した宇宙忍者。

同族

サタラクラJr.（声：島田敏）
『海賊戦隊ゴーカイジャー』に登場。宇宙帝国ザンギャックの行動隊長で、サタラクラの同族。

サンダールJr.（声：池田秀一）
『海賊戦隊ゴーカイジャー』に登場。宇宙帝国ザンギャックの行動隊長で、サンダールの同族。

ジャカンジャの戦力

ジャカンジャの本拠地で、外観にはバリアが幾重にも張り巡らせている。外に絡み付いてる触手のようなものは、タウ・ザントの体である。
序盤では敵として登場していたゴウライジャーも中に入っていたが、彼らは場所を知っていたわけではなく、巻之十九でチュウズーボに移動手段を奪われてからは出入りができなくなっていた。
巻之五十にて、ハリケンジャーとゴウライジャーの侵入を許し、タウ・ザントの究極体の転生で崩壊した。

巨大化アイテム

軍団ごとによって、巨大化させるアイテムが違っている。主にウェンディーヌが巨大化を担当する。
※太字はウェンディーヌの解説

再生巨大化の術の巻物

「私、ウェンディーヌのバズーカで呪文を込めて打ち出せば、一度倒れた者の全てを形作り巨大化。最大のパワーを発揮することができるのよ」
チュウズーボが指揮する宇宙忍者軍団を巨大化させる。ウェンディーヌが巻物をバズーカに入れて発射。瀕死の中忍に到達すると、巻物に書かれた呪文が発動し、再生及び巨大化。最大のパワーを与える。
時にはチュウズーボ自らが巻物を投げる場合もある。

- 宇宙忍法・闇魔人魂召喚の術の巻物

度重なる失敗で後がなくなったチュウズーボが、決戦を挑むために使用した巻物。対象物を巨大化させた上に強大な闇の力を得ることができるが、その代償として寿命を削る、いわば禁断の術である。
サーガインはチュウズーボがこれを探し出したのを見てしまい、（劇中には描かれなかったが）彼の悲壮たる覚悟を聞かされ、この巻物を託されていた。

コピージャイアント

「私の可愛いコピージャイアントは破壊されたクグツ忍者の能力を全て写し取り、更にパワーアップして再生する事が出来るのよ」
サーガイン率いるクグツ忍者軍団を巨大化させるアイテム。
携帯型端末によってロケットとして発射され、現地に到達すると、ロボット形態に変形する。破壊されたクグツ忍者のデータを全てスキャンして、自らの素体を依り代とすることで、巨大化を果たす。
この形態での戦闘描写がないため、戦闘能力は不明。
「倒された怪人をコピーして巨大化させる」という点では、『地球戦隊ファイブマン』の敵組織銀帝軍ゾーンのゴルリンに近い。

デッ仮面

「私が投げたデッ仮面は、やられた中忍の細胞を集めて、仮面に合った大きさに巨大化させちゃうらしいのよ。あ～～、肩凝った…」
サタラクラ配下の仮面忍者軍団を巨大化させる。その名の通り巨大な仮面で、ウェンディーヌがブーメラン(もしくはハンマー投げ)の要領で投げつける。
説明が曖昧なのは、ウェンディーヌとサタラクラは、今まで面識がなかったためである。本人から大まかな使い方を聞いたのだろう。
復活忍者バンパ・イヤーンは、元が小さいサイズであるため、2回デッ仮面が使われた(蚊のサイズから1回目で等身大、2回目で巨大化)。

宇宙忍法・巨大身の術

サンダールが自力で巨大する忍術。他にも、息子であるサンダールJr.や宇宙忍猿ザール兄弟も体得している。

カラクリ巨人

サーガインが開発した巨大クグツ。サーガインが巻ノ四十三で倒された後も残存機体があったという形で登場した。

カラクリ巨人メガタガメ

『宇宙忍者ファイル、カラクリ巨人メガタガメ。上から読んでもメガタガメ！下から読んでもメガタガメ！』(巻之十五)
サーガインが最初に開発したカラクリ巨人。その名の通りタガメを模している。カラーリングは緑。

カラクリ巨人メガタガメ・マークⅡ

『宇宙忍者ファイル、カラクリ巨人メガタガメ・マークⅡ。時間無制限ハリアーモード、特許出願中！』(巻之二十八)
メガタガメ二号機。旋風神同様ハリアーモードになれるが、こちらは時間無制限。カラーリングは赤身を帯びたものとなった

カラクリ巨人メガタガメ・マークⅢ

『宇宙忍者ファイル、カラクリ巨人メガタガメ・マークⅢ。防御9、攻撃1くらいのバランスで作られています』(巻之四十二)
メガタガメ三号機。究極奥義を三連続で喰らっても耐える程防御力が高く、天雷旋風神でようやく倒したが、実はサーガインが怒りの矢のメダルを解析した結果シノビメダルと同じことを突き止め、旋風神などのカラクリボールシステムのデータ収集のために作られたものでありここで収集されたデータがガインガイン開発に使われた。カラーリングは紫色。