宇宙をまたにかける忍者集団。数多くの惑星を腐らせる（滅亡させる）ことで生まれる"アレ"を求めて地球に食指を伸ばした。
組織名の由来は「邪」＋「間者」から。（間者とは「スパイ」「忍者」のこと。）
毎回のED前には、『宇宙忍者ファイル』というミニコーナーがあり、その回に登場した中忍が紹介される。中忍がいない場合は幹部が紹介される。
※以下、『』内の文章は『宇宙忍者ファイル』での説明。#は話数

首領タウ・ザント

声：梁田清之
『宇宙忍者ファイル、首領タウ･ザント。「百足」と書いて「ムカデ」と読む。勉強になるねぇ～』(#49)

ジャカンジャの首領。「アレ」が地球にあるということを突き止めて、自ら宇宙最強の生命体にならんと企む。詳しくは当該記事を参照。

暗黒七本槍

ジャカンジャの最高幹部で「上忍」。それぞれが一定以上の戦闘力を持つ強敵揃い。七本槍が全員揃うのは最終回のみ。メンバーの名前はそれぞれ「曜日」の英語読みから。

詳しくは当該記事を参照。

構成員

中忍

「今週の怪人枠」。詳細は当該記事を参照。

下忍マゲラッパ

『下忍マゲラッパ。君は知っていたか？マゲラッパの中には虫がいっぱい入ってたんだよ！』(#51)
今作の戦闘員。ヒゲダンスのようなステップを取る。
ムカデのマークが入った仮面とツギハギだらけの全身タイツが特徴。
頭頂部のマゲが本体であり、上記の説明通りタイツの中に無数に詰まったムカデをコントロールして動いている。

ジャカンジャの戦力

寄生要塞センティピード

ジャカンジャの本拠地で、外観にはバリアが幾重にも張り巡らせている。外に絡み付いてる触手のようなものは、タウ・ザントの体である。
序盤では敵として登場していたゴウライジャーも中に入っていたが、彼らは場所を知っていたわけではなく、巻之十九でチュウズーボに移動手段を奪われてからは出入りができなくなっていた。
巻之五十にて、ハリケンジャーとゴウライジャーの侵入を許し、タウ・ザントの究極体の転生で崩壊した。

巨大化アイテム

軍団ごとによって、巨大化させるアイテムが違っている。主にウェンディーヌが巨大化を担当する。
※太字はウェンディーヌの解説

再生巨大化の術の巻物

「私、ウェンディーヌのバズーカで呪文を込めて打ち出せば、一度倒れた者の全てを形作り巨大化。最大のパワーを発揮することができるのよ。」
チュウズーボが指揮する宇宙忍者軍団を巨大化させる。ウェンディーヌが巻物をバズーカに入れて発射。瀕死の中忍に到達すると、巻物に書かれた呪文が発動し、再生及び巨大化。最大のパワーを与える。
時にはチュウズーボ自らが巻物を投げる場合もある。

- 宇宙忍法・闇魔人魂召喚の術の巻物

度重なる失敗で後がなくなったチュウズーボが、決戦を挑むために使用した巻物。対象物を巨大化させた上に強大な闇の力を得ることができるが、その代償として寿命を削る、いわば禁断の術である。
サーガインはチュウズーボがこれを探し出したのを見てしまい、（劇中には描かれなかったが）彼の悲壮たる覚悟を聞かされ、この巻物を託されていた。

コピージャイアント

「私の可愛いコピージャイアントは破壊されたクグツ忍者の能力を全て写し取り、更にパワーアップして再生する事が出来るのよ。」
サーガイン率いるクグツ忍者軍団を巨大化させるアイテム。
携帯型端末によってロケットとして発射され、現地に到達すると、ロボット形態に変形する。破壊されたクグツ忍者のデータを全てスキャンして、自らの素体を依り代とすることで、巨大化を果たす。
この形態での戦闘描写がないため、戦闘能力は不明。
「倒された怪人をコピーして巨大化させる」という点では、『地球戦隊ファイブマン』の敵組織銀帝軍ゾーンのゴルリンに近い。

デッ仮面

「私が投げたデッ仮面は、やられた中忍の細胞を集めて、仮面に合った大きさに巨大化させちゃうらしいのよ。あ～～、肩凝った…」
サタラクラ配下の仮面忍者軍団を巨大化させる。その名の通り巨大な仮面で、ウェンディーヌがブーメラン(もしくはハンマー投げ)の要領で投げつける。
説明が曖昧なのは、ウェンディーヌとサタラクラは、今まで面識がなかったためである。本人から大まかな使い方を聞いたのだろう。
復活忍者バンパ・イヤーンは、元が小さいサイズであるため、2回デッ仮面が使われた。(蚊のサイズから1回目で等身大、2回目で巨大化。)

宇宙忍法・巨大身の術

サンダールが自力で巨大する忍術。他にも、息子であるサンダールJr.や宇宙忍猿ザール兄弟も体得している。

カラクリ巨人

サーガインが開発した巨大クグツ。サーガインが巻ノ四十三で倒された後も残存機体があったという形で登場した。

カラクリ巨人メガタガメ

『宇宙忍者ファイル、カラクリ巨人メガタガメ。上から読んでもメガタガメ！下から読んでもメガタガメ！』(#15)
サーガインが最初に開発したカラクリ巨人。その名の通りタガメを模している。カラーリングは緑。

カラクリ巨人メガタガメ・マークⅡ

『宇宙忍者ファイル、カラクリ巨人メガタガメ・マークⅡ。時間無制限ハリアーモード、特許出願中！』(#28)
メガタガメ二号機。旋風神同様ハリアーモードになれるが、こちらは時間無制限。カラーリングは赤身を帯びたものとなった

カラクリ巨人メガタガメ・マークⅢ

『宇宙忍者ファイル、カラクリ巨人メガタガメ・マークⅢ。防御9、攻撃1くらいのバランスで作られています。』(#42)
メガタガメ三号機。究極奥義を三連続で喰らっても耐える程防御力が高く、天雷旋風神でようやく倒したが、実はサーガインが怒りの矢のメダルを解析した結果シノビメダルと同じことを突き止め、旋風神などのカラクリボールシステムのデータ収集のために作られたものでありここで収集されたデータがガインガイン開発に使われた。カラーリングは紫色。

カラクリ巨人ガインガイン（巻之四十二、四十三）

『宇宙忍者ファイル、カラクリ巨人ガインガイン。さらば、偉大なる発明王・サーガイン…！』(#43)
サーガインが最後に搭乗した最強のカラクリ巨人。天雷旋風神と互角の戦闘力を持ち、カラクリボールシステムを搭載。怒りの矢を実体化させ、猛威を振るった。

カラクリ巨人メガタガメセクシー（マークⅣ）

『宇宙忍者ファイル、カラクリ巨人メガタガメ・セクシー。セクシーですが、タガメです…。』
メガタガメ四号機で、ハリアータイプ。ウェンディーヌが操縦した。

カラクリ巨人フラビジェンヌ・ロボ (#46)

フラビージョが操縦したカラクリ巨人。

カラクリ巨人ジャイアントムササビスタル (#46)

サタラクラが操縦したカラクリ巨人。本来はサーガインが操縦する予定だった。

その他

「アレ」

500年前からジャカンジャが追い求めるもので、究極の奥義とされる。謎の流星群からメッセージに従い、地球を腐らせようとする。怒りの矢を嘆きの弓で海に放つことで遂に出現する。
その正体は、星を飲み込みすべてを無に帰す、いわばブラックホールのような存在である。

怒りの矢

惑星アストラムでサンダールが発見した「アレ」を出現させる手がかりとなる矢。剣としても扱うことができる。
劇場版で登場したトライコンドルはこれを元にして生み出されたことが示唆されている。

嘆きの弓

1000年ほど前に地球に飛来した弓。その研究によって地球の忍術、ひいては忍者が誕生し、ハリケンジャーたちのシノビメダルの元にもなった。

邪悪なる意志

声：加藤精三
「アレ」の中に潜んで、ジャカンジャを影で操っていた黒幕で、実体がない。その目的は、一度世界を滅ぼした後でもう一度作り変え、自らが支配者に君臨することである。
巨大なタウ・ザント究極体の姿を模し、満身創痍の旋風神と戦うが敗れ、旋風神を巻き込んで自爆。今度は暗黒七本槍を全員復活させるが、すべて見切られていたために失敗。
さらには等身大でのタウ・ザント究極体に姿を変えて決戦を挑むが、最期は影の舞とビクトリーガジェットの前に完全に葬り去られた。

宇宙忍猿ザール一族

映画『シュシュッとTHE MOVIE』に登場。地球の猿に似た姿を持つ忍者集団。ヒザールとブリザールの兄弟がいる。

宇宙忍猿ヒザール

声：古田新太

宇宙忍猿ブリザール

声：村岡弘之

合体宇宙忍猿アシュラザール

声：古田新太
ヒザールとブリザールが合体して巨大化した姿。

邪忍イーガ

声：梁田清之
Vシネマ『爆竜戦隊アバレンジャーVSハリケンジャー』に登場した敵。
次元を超えてダイノアースにやってきた際に、邪命体の力で進化した宇宙忍者。
声は、タウ・ザントと同じく梁田清之が担当した。

サタラクラJr.

声：島田敏（『海賊戦隊ゴーカイジャー』第25話、第26話）
「テレビの前のチミ～！ソリはソリでも切れるソリな～んだ！？」(等身大戦での断末魔)
「さっきの答えは、カミソリだよぉ～！！」(巨大戦での断末魔)

『海賊戦隊ゴーカイジャー』に登場した宇宙帝国ザンギャックの行動隊長で、サタラクラの同族。
驚いた人間を栗にする「びっクリ」作戦を用いて爆弾を作る。（上記のように、蜃気楼忍者ジン・ギローンの作戦と似ている。）
さらに「ボキ空間」にマーベラス・ジョー・ルカの3人を閉じ込めていじわるクイズを仕掛けるが、ハリケンジャーの機転で失敗。
等身大戦では、6人のゴーカイジャーと3人のハリケンジャーの合体技「ゴーカイ超忍法・ハリケンスクランブル」を受け、敗退。
巨大戦では、ハリケンジャーの大いなる力である風雷丸を手に入れたハリケンゴーカイオーの必殺奥義「乱れ桜」の前に敗れた。