概要
九州学院高校では一塁手のレギュラーとして高校通算52本塁打を記録した。チームは1年夏に甲子園大会に出場しているが、村上の出番はなかった。1年秋に捕手に転向した。
2017年のドラフト会議で、清宮幸太郎を外した東京ヤクルトスワローズから1位指名を受け、ヤクルトに入団した。背番号は55。
プロ入り後は内野手に転向し、三塁手を守る。二軍で6月の月間MVPを獲得するなど活躍した後、9月に一軍に昇格。9月16日の広島東洋カープ戦でプロ初ホームランを記録したが、2000年生まれの選手では史上初だった。
2019年に1953年の中西太氏に並ぶ高卒2年目での36本塁打、高卒2年目以内での歴代最多打点となる96打点を記録してセ・リーグ新人王獲得（なおこの陰で盗塁王を取りながら新人王になり損ねた選手が……）。
2021年9月19日、21歳7か月で最年少通算100号本塁打を記録。同年ヤクルトは優勝、日本一となり、セ・リーグ最年少MVPにもなった（なおパ・リーグ最年少は稲尾和久（20歳）、イチローも21歳で獲得。ちなみに1リーグ制時代には巨人の沢村栄治が19歳でMVPを獲得している）。
リアル野球BANでの活躍
2021年より、毎年1月2日にテレビ朝日系列で放送されている「夢対決とんねるずのスポーツ王は俺だ!!」内の「リアル野球BAN」に出演し続けている。
2021年は「侍オールスター」チームの一員として参加（他のチームメイトはソフトバンクの柳田・ツインズの前田、カープの鈴木、日ハムの中田、オリックスの吉田）。対戦相手である石橋貴明率いる「チーム帝京」の杉谷拳士に向かって（チームメイトである山田哲人に代わり）「ﾋﾀﾞﾘﾃﾞｳﾃﾔ」発言を浴びせた（ちなみに杉谷の方が10歳年上である）。
ただし、この時は杉谷も負けじとゴルゴ松本と共に「好きな飲み物は?」と村上に質問して「烏龍茶」と回答を捻り出させ、対する二人から「（それを言うなら）ヤクルトだろう!!」「乳酸菌パワー出せよ!!」と反撃され、とどめに実況を担当していたアナウンサーにも「そうなんです。彼（村上）はヤクルトの4番なんです!!」とオチを付けられてしまった。
2022年は杉谷が出演しなかったために前述のくだりは無かったものの、代わりに自らを｢最年少BIGBOSS｣と称して自チームの采配を振るったり、験担ぎである｢塩バット｣の際には自らも塩を飲むという奇行ぶりを見せた。
