2014年10月の番組改編で誕生。それまで毎日放送は月曜日、木曜日、土曜日にアニメ枠を設けており、本枠は月曜のアニメ枠がほぼそのまま火曜日にスライドする形で誕生した。
なおこの枠移動についてMBSの丸山博雄プロデューサーは
関西MBS、月曜日のアニメ枠３段が、１０月より火曜日にまるごと引っ越し、新たに『アニメ特区』として、スタートします。 ytvさんのMANPAとアニメ裏かぶりの申し訳ない状況だったので、それを解消するためです。
と自身のTwitterアカウントで述べている。外部リンク
情報解禁は2014年9月20日・21日開催の「京都国際マンガ・アニメフェア（京まふ）2014」で行われ、この時にロゴマークも合わせて発表されている。
しかし10月の放送開始時にロゴが記されたジングルが流れたわけでもなく曜日と放送作品が変わったこと以外前クールと変わりなく放送された。
MBSの公式サイトでも「アニメ特区」の名前はなく「火曜アニメ」と紹介されるなど見切り発車感が否めない印象だったが、2015年3月以降はアニメ特区の名称が公式HPでも使用されるようになった。
放送作品はTBS製作深夜アニメとUHFアニメが大半で、自社製作アニメはあまり放送されていない。 2016年4月からは、KBS京都とサンテレビから移籍する形で、KADOKAWAやバンダイナムコアーツが製作に参加している作品を中心に放送している。また、結城友奈は勇者であるや幼女戦記など、劇場版公開に伴う再放送も実施している。
