バイルは賛同者を率い、マザーエルフを改造して全てのレプリロイドを操る力を持つ「ダークエルフ」へと変貌させ、更にゼロのボディから人格データを抜き取り、代わりに自分の開発した破壊衝動の塊でありながら最低限の命令を理解できるだけの知性を持った人格データ「メシア」を組み込んだ。抜き取られたオリジナルゼロの人格データは、あらかじめ制作していたコピーボディに移し替えた(意図は不明)。これがロックマンゼロシリーズにおけるゼロである。

バイルの傀儡と化したゼロのオリジナルボディ「オメガ」の圧倒的な戦闘能力に加え、ダークエルフのレプリロイドの操作により、イレギュラー同士を潰し合わせることで長年かかると思われた戦争は4年程度で終結した。

ただし戦争終結と引き換えに、その代償は凄まじいものであり、その被害は全人類の6割と、レプリロイドのほぼ9割が死滅するという超大惨事な結果となった。レプリロイドはまだしも、暴走したオメガによって人類にも甚大すぎる被害が及んだことは、バイルや彼の賛同者たちにとっても想定外のことだった。

その後はエックスとオリジナルボディから移されたコピーボディで目覚めたゼロによりオメガは倒され宇宙空間に追放された。

ゼロはその後、オメガの大量破壊を目の当たりにした当時の人間の政府にコピーボディのゼロも危険なのではないかと判断され、ゼロとゼロに関するデータはΣウイルス研究所に封印された。

ネオ・アルカディア

エックスは戦後復興のために人間とレプリロイドの理想郷「ネオ・アルカディア」を建国。

ネオ・アルカディア政府はオメガ、ダークエルフを開発し甚大な被害を及ぼしたドクターバイルを半レプリロイド化させる「不死の刑」を課しネオ・アルカディアから追放した。バイルの賛同者達も全員バイルを裏切り、全ての責任を彼に押し付けていたことも一因しており、これがバイルが人間とレプリロイドの両方を憎悪する切っ掛けとなる。

ダークエルフは逃走し、Σウイルスを撒き散らしながら100年間逃げ続けた。エックスは100年もの間ダークエルフにより生み出された莫大な数のイレギュラーと戦い続けた。

ようやく捕まえたダークエルフは二つに分けられ、半身はネオ・アルカディア最奥部のユグドラシルに封印された。封印にはあらゆるウイルスに完全抗体を持つオリジナルエックスのボディがキーとなった。

妖精戦争とバイル、ダークエルフのデータ自体は閲覧禁止のデータとして取り扱われており海洋都市の調査に当たっていた型式番号TK31が閲覧したことで海洋都市調査隊に参加したレプリロイドのほとんどがイレギュラー認定処分となっている。

TK31もレジスタンスに助け出され、ネオ・アルカディアの裏切りを受けて型式番号を捨てエルピスと名乗るに至った。

またドクターバイルが、後にラグナロク作戦の本命として使用した衛星兵器ラグナロクは、この妖精戦争時代に建造されたもので同クラスの衛星がまだ200基以上も衛星軌道に残されているという。

偽りの平和

オリジナルエックス不在を隠蔽すべく、ネオ・アルカディア幹部は当時まだ幼かったドクターシエルに「コピーエックス」を作らせた。

コピーエックスの指揮の下で人々は平和を取り戻していたかにみえた。しかしそれは無実のレプリロイドまでも大量に処分して得た偽りの平和だった。

イレギュラーの汚名を着せられたレプリロイド達はネオ・アルカディアを脱走し、レジスタンスとなって立ち向かった。

そして追い詰められたレジスタンスは、ゼロの封印を解く事になる。

予想の時系列

上記をまとめると、時系列としては

Xシリーズ

→X6ゼロエンド

→妖精戦争＋バイル＆オメガ追放

→ゼロの再封印＆X5エックスエンド

→ネオ・アルカディア建国

→エックスの失踪＋コピーエックスの誕生、レプリロイド達への弾圧

→ゼロ1冒頭

…といった具合に繋がると考えるべきかもしれない。

Xシリーズの何処までと繋がっているのかは不明。少なくともX6までは話が繋がっているとみるべきかもしれないが、X7の8ボスの一体『スナイプ・アリクイック』はこの未来のヴィジョンを垣間見ているようなそぶりをゼロに対して見せている。エックスと戦った場合において発言した、未来への失望感を含めた台詞も、ゼロシリーズで起こることを知ったからなのかもしれない。

そのためゼロシリーズ直前までのXシリーズの展開はX7,X8までも含むのかはファンの解釈で分かれている。