チューニングはオーバードライブの効果を強化・変更するための要素で、獲得したメカENをST-2に6～9枚あるチップ（UGEで増える）に割り振る・振り直すことで行う。チューニングできる回数は育成3ターン目のお試しと各UGE後の計6回。サポカの絆ゲージ具合や合宿前といったケースバイケースでチューニングを最適化するのが育成成功の鍵となる。

基礎能力上限アップの比較(1200基準)

シナリオ名	スピード	スタミナ	パワー	根性	賢さ
URAファイナルズ	+200	+200	+200	+200	+200
U.A.F._Ready_GO!	+500	+300	+300	+300	+100
大豊食祭	+550	-200	+500	+500	+150
メカウマ娘	+550	+500	+300	+100	+100

公開前から「次のシナリオは中長距離向け」と各所で予想されていた通り、スタミナの上限が今までのシナリオで最高となっている。反面、根性がマイナスにこそなっていないもののかなり低くなっている。この事から「スタミナサポカ二枚差しで根性はついでに鍛える」事が早くも主流となっている。

シナリオ因子

各ステータス名を持った「メカウマ娘シナリオ〇〇」因子があり、因子継承時に発動すると対応するステータスとスキルポイントが上昇する

シナリオリンク効果

他のシナリオ同様、編成したキャラに応じた金スキルを獲得できるのだが、上述の通り育成に有利となる特性も割り振られているため、これまで以上にシナリオリンク対象の存在が重要となってくる。

選択肢キャラ	特性	スキルヒント	スキルヒント（非編成時）
ビワハヤヒデ	メカEN+1、ギア増	熾烈の極み	熱狂的
ナリタタイシン	OD初期値増、ギア増	月影一閃	追込直線〇
エアシャカール	メカEN+1、育成時ギア増、編成時研究LVボーナス増	弧線のプロフェッサー	コーナー巧者〇
シンボリクリスエス	OD初期値増、育成時ギア増、編成時研究LVボーナス増	迅速果断	位置取り押し上げ
タニノギムレット	OD初期値増、育成時ギア増、編成時研究LV初期値増	閃光	光差す方へ

※シュガーライツを選ぶと『キラーチューン』。「メカEN+1」は重複可能でハヤヒデとシャカールを合わせると+2。ODはオーバードライブの略。

育成のコツ

・シナリオリンク効果のうち、メカEN+1がかなり強く、半ば必須（ENは3の倍数ごとに追加効果が得られるが、初期ENが5のため、そのままだと1足りない）。そのため、研究Lvボーナスも持つエアシャカールのサポカを組み込むことを強くお勧めする。

・友人のシナリオリンクは存在しないが、友人を組み込むと育成が安定する一方、友人を組み込まない場合はステータスの上振れを狙えるので、目的に応じて編成しよう。

・前作ほど友情トレーニングが強くない上、ギアゲージが非常に重要になるため、光っていなくても積極的にギアのある練習を踏んでいきたい。溜められるODゲージも6個分ですぐ満タンになるため、気軽に使っていこう。特に連戦で目標レースがあるウマ娘は使うタイミングに注意。

・研究Lvは思ったよりも上限が低く、偏ったバクシン育成ではすぐにMAXになってしまうので注意。レースに出るとすべての研究項目に+7されるので、練習で思ったよりも上げられないと思ったらレースに出る。

・1回目のチューニングは、脚部にENを3割り振って絆ゲージを上げやすくするのをおすすめする。また、頭部のヒントアップにも割り振って絆ゲージの足しにしたいところ。

・2回目のチューニングは、頭部に全振り。残ったENは絆ゲージと相談して胸部か脚部にまとめておく。

・3回目のチューニングで、頭部の得意率UPが解放される。頭部EN15でヒント取得が大幅UPするので頭部に全振り。余ったENは胸部へ。

・4回目のチューニングは、頭部全振りを維持しつつ残りを胸部に投入。

・5回目のチューニングにて胸部の友情UPと脚部のSpUPが解放される。胸部EN15で得られる人数2人追加がかなり強いため、胸部全振り推奨。残りは脚部全振り。ここまでSクラスを維持でき(て、初期にEN+1になってい)れば脚部もEN15になり、Sp追加と体力+15を得られる。これもかなり強力なので、できれば取得したい。

・6回目のチューニングは胸部、脚部に全振りして、余ったら頭部に振る。

・URAが始まると、常時ODと言う強力な状態になる。脚部EN15で常時回復状態となるため、体力を気にする必要がなくなる。そのため、シニア12月までギリギリに体力を減らすと言うテクが使える。