次回予告
15秒Ver.(地上波オンエア版)
散っていく光、届かぬ指先
悪夢、宇宙に弾ける時、後に残る物は？
次回、機動戦士ガンダムSEED
『終わらない明日へ』
新たな世紀へ、飛べ！ガンダム！
30秒Ver.(DVD・HDリマスター版)
散っていく光、届かぬ指先
求めたものは？ただ願ったことは？
討つものに罪あるのなら、それを止め得ぬ者達も、また罪人（つみびと）か？
悪夢、宇宙に弾ける時、後に残る物は？
次回、機動戦士ガンダムSEED
『終わらない明日へ』
新たな世紀へ、飛べ！ガンダム！
あらすじ(ネタバレ注意)
M1アストレイ隊、ムウ・ラ・フラガを失いつつも、フォビドゥン、カラミティ、ドミニオンを撃破した三隻同盟。だが、多くの犠牲を出しても、戦いはまだ終わらない。
そんな中、ラウ・ル・クルーゼが乗るプロヴィデンスがアークエンジェルに接近。ディアッカ・エルスマンのバスターが迎撃を試みるが、ドラグーンシステムによるオールレンジ攻撃を受けて大破してしまう。そこへキラ・ヤマトのフリーダムが駆け付け、クルーゼのプロヴィデンスと激しい死闘を繰り広げる。
一方、イザーク・ジュールのデュエルが大破したバスターのもとへ向かうが、そこへ禁断症状となったクロト・ブエルのレイダーが現れて2機へ攻撃を仕掛けてくる。クロトの攻撃によってライフルを破壊されたイザークは、バスターの連結ライフルを剥奪し発射。同時にレイダーもツォーンを発射する。結果、連結ライフルのビームがレイダーを貫き、クロトはレイダーの爆発と共に戦死する。
その頃、ドミニオンを退艦したフレイ・アルスターは、キラへの絶ち難い思いに引き摺られるかのようにフリーダムとプロヴィデンスの死闘の場へと紛れこむ。そしてキラの眼前で、キラの精神を壊そうと目論むクルーゼの非情の一撃により、その命を絶たれてしまった。
守るべきものをまたも守れなかった悔恨に、キラは咽び泣く。そんなキラに対して、魂となったフレイは漸く、キラが素直に見えるようになっていた。
「…ずっと…あやまりたかった…」
「苦しかった…怖くて、ずっと…。知らなかったから…私…何もわかってなかったから…」
キラの前に現れたフレイは、今までの仕打ちを謝罪し、「あなたはもう泣かないで」「わたしの本当の想いがあなたを守るから」と願い消えて逝った。この時の彼女は生前のようなものとは違うとても素直な表情であった。しかし、望まぬ戦いと、守れなかったことへの自責の念からキラを解放しようとしたフレイの声が聞こえないキラは絶望と憎悪のまま、この戦争の元凶であるクルーゼに決戦を挑むことになる……。
一方、パトリック・ザラはジェネシスの標的を地球へと向ける。しかし、ラクス・クラインの停戦勧告を聞いていたことで、ザフトの中にも、パトリックの行為を制止しようとする者が現れる。そして、アスラン・ザラは父の凶行を阻止すべくカガリ・ユラ・アスハと共にヤキン・ドゥーエに突入。しかしそこで見たものは、ジェネシスによる虐殺を止めようとした恩師…レイ・ユウキに撃たれたパトリックの姿だった。死の間際にも、ナチュラルへの呪詛の言葉を呟き、パトリックは息絶えた。
だが、パトリックの死を以ても暴走は止められなかった。ヤキン・ドゥーエの自爆に連動して、ジェネシスが発動を開始してしまう。アスランは単身ジェネシスへ向かう。アスランはジャスティスの核エンジンを暴走させ、ジェネシス諸共破壊しようとしていた。父を止められなかった罪悪感に囚われていたアスランは自らの命を絶とうとしたが、カガリに「逃げるな！！ 生きる方が戦いだ！！」と諭され、ジャスティスをジェネシス内部に残して彼女と共に脱出した。
同じ頃、キラは身勝手な人の業から産まれたが故に世の全てを憎み、分かり合うことなどの一切を拒むクルーゼの言葉やプロヴィデンスの性能に翻弄されつつも、それでも世界を守りたいという思いから諦めず戦い、フリーダムを大破されられつつも、プロヴィデンスのコクピットにビームサーベルを突き込んで撃破することに成功した。同時にジャスティスが自爆し、ヤキン・ドゥーエとジェネシスは核の光に包まれ破壊された。
プラントではアイリーン・カナーバら旧クライン派により、停戦の呼びかけが行われ、漸く和平への道が開けるかに思われた。
無残な戦場跡に涙を流すアスランとカガリ。
その時、トリィが宇宙へと飛び出した。その先にあるのは残骸と化したフリーダムの機体と、キラの姿…希望は、まだ残されていた。
そして、フリーダムのコクピットから宇宙空間に流れ出ながら、キラはこれまでの戦いに思いを馳せて涙を流す。
そんなキラを救出しに現れたカガリとアスランが乗るストライクルージュに発見されたところで、『SEED』の物語は一旦の幕を下ろした。
AFTER-PHASE 星のはざまで
戦いが終わってから数ヶ月後、プラントと連合の間に終戦協定が結ばれる。
先の大戦で心に大きな傷を負ってしまったキラは、ラクスと共に地球のマルキオ邸に住むようになった。そこへカガリとアスランが来訪し、カガリはラクスと、アスランはキラと会話をする。
「僕は何でこうして生きているのか」とアスランに問うキラ。「みんな同じだ」「生きることが償いだ」とアスランは返答する。
プラント評議会の一員となったイザーク、ムウのことを思いながら一人コーヒーを飲むマリュー、部屋でPCを打ち込むサイ、オーブの面々と仕事をするバルトフェルド、一人悲しみに暮れるミリアリア、深く刻まれた戦場の傷跡。
そして夜空には、幾多の流れ星が…。
余談
実はこの「終わらない明日へ」には、シナリオの初期稿が存在している。それによると、
・パトリックがアスランと対峙。ナチュラルであるカガリと共に自分を説得しようとする息子を完全否定した上で彼を撃ち殺そうとしたところをカガリに撃たれる。
・その後、「ジェネシスの発射はもう止められない」と呪詛の言葉を吐いて、パトリックは死亡する。
・ジェネシスの第3射を止めようとキラがフリーダムと共に自爆して物語は終わる。
というものだった。
これは最終回の2ヶ月前に発売されたオリジナルサウンドトラック4に「フリーダム自爆」という曲目があることからもうかがえ、監督の福田己津央も講演会やDVDのコメンタリーなどで「キラを殺して終わるつもりだった」ことを認めている。
しかし、続編が正式に決定したことでバンダイの意向によりキラの生存が決定。それにより自爆する役がジャスティスになり、アスランとパトリックの対峙シーンもボツになった。
