概要
地の底から現れた闇の帝国。
光を嫌い、世界全体を闇に染めるべく人間世界へ侵略を進めている。
拠点はキャッスルターミナルと呼ばれる城で、そこを基点としてクライナーという闇の烈車を使って自らの勢力圏となる闇の駅を増やし、最終的に真の支配者である闇の皇帝を降臨させる事を目的としている。
シャドーラインに支配され続け、完全に闇に取り込まれると「シャドータウン」と化してしまい、その町や町の住人たちは完全にその存在を忘れられ、地図や地上から姿を消して正に「消えたも同然」の状態になってしまう。
構成員は共通して「闇形式」と言う識別番号が付けられており、一文字のカタカナでどの幹部の所属なのかがわかり、二文字目は階級(例:現実の車両同様、幹部は一等車を示す「イ」、一般怪人は三等車、現在の普通車及びB寝台車を示す「ハ」、管理点検などの特殊な指令を受けた怪人は職用車を示す「ヤ」等)を表し、数字はハイフン前(現実の車両における形式番号)がモチーフなどに関する語呂合わせ、ハイフンの後(現実の車両における製造番号)は初登場の話数を示している（映画などの場合はアルファベット）。
当初は前作の敵組織と同じく着ぐるみ＋声優のみの構成だったが、11話から顔出し系の男性敵幹部（しかも本作では首領）が加わるパターンになっている（ちなみに本作のチーフプロデューサー・宇都宮孝明氏は以前にも自身がチーフプロデューサーを務めた『侍戦隊シンケンジャー』や『海賊戦隊ゴーカイジャー』でもそれぞれ中盤で顔出し系の男性敵幹部を登場させていた）。また、怪人・幹部共にまるでアンティークやゴシック調のデザインが特徴。
構成員
皇帝
幹部
| ネロ男爵（声：福山潤） |
|---|
 |
| シャドーラインの幹部。主に勢力拡大を図る。 |
| ノア夫人（声：久川綾） |
 |
| シャドーラインの幹部。娘のグリッタをゼットの妃にしようと目論む。 |
| グリッタ嬢（声：日高のり子） |
 |
| ノア夫人の娘で、母にゼットの妃候補にされている。 |
| シュバルツ将軍（声：壤晴彦） |
 |
| シャドーラインの幹部。烈車による地上制覇を望む軍人。 |
| モルク侯爵（声：鈴木れい子） |
 |
| シャドーラインの最高幹部で、ゼットの育ての親でもある古参。 |
| ナイル伯爵（声：ヒャダイン） |
 |
| 宇宙方面担当の幹部。夏の劇場版『ギャラクシーラインSOS』に登場。 |
| ヘイ大公（声：安元洋貴） |
| かつてシャドーライン皇帝の座を狙い、追放された男。Vシネマ『行って帰ってきた烈車戦隊トッキュウジャー』に登場。 |
| 闇博士マーブロ（声／演：山里亮太） |
| シャドーラインの残党で大の忍者マニア。冬の劇場版『手裏剣戦隊ニンニンジャーVSトッキュウジャー』に登場。 |
怪人
今作の今週の怪人。我々のよく知る器物の特徴を持つ、シャドーラインに仕える家臣。無機物がモチーフ。
戦闘員
ギャング風の姿をした戦闘員。
元構成員
かつてのシャドーライン最強の戦士。
現在はトッキュウ6号こと虹野明としてシャドーラインと敵対している。
メカニック
シャドーラインが使用する闇の烈車。
その他
幹部はグリッタ嬢を除き、いずれも「黒」を意味する名前を持つ。
幹部陣には上下関係が存在するが、裏では各々で思惑が異なっている。さながら中世の貴族のように権力争いを行っているようで、互いに厭味を言い合う等、険悪である。特に中盤以降それが顕著になり、組織そのものを滅ぼしかねない状況まで起こっている。
更に劇場版を除きメンバー全員が巨大化しておらず、ヒーローに倒されて終わりを迎えていないのも特徴（最後のゼットに関してもグリッタの手で帰る場所に戻されたと解釈も出来る）。これはメインライターの小林靖子の意向であり、敵側のドラマを重視する事とトッキュウジャーの正体が関係している。
関連イラスト
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ネタバレ
本拠地のキャッスルターミナルの正体はトッキュウジャー5人の町である昴ヶ浜があった場所であった。昴ヶ浜も普通にシャドータウンと化していたと思われ長らくその場所をトッキュウジャーに特定される事はなかったが、40話における明とシュバルツのキャッスルターミナルへの奇襲の影響と人々のイマジネーションが溢れるクリスマスに起こる闇減りと呼ばれる現象により遂に地上に出現し、その位置がトッキュウジャー側にも認識される事となった。しかも出現したその場所には海がある点からすべてと辻褄が合う。ゼットの帰還によって再び沈み、場所が分かって突入しようにも闇が強力でドリルレッシャーで近づくこともままならず、切り替えポイントは消失し仮に突入するなら次のポイントを探す必要がある様子。同時にシャドーラインにも自分達が拠点として取り込んだ町がトッキュウジャーの町である事を知られてしまう。その後はグリッタの協力によって再度突入され、キャッスルターミナルのコントロールを奪われて昴ヶ浜は解放された。しかし、キラキラが手に入らないと悟ったゼットにより、再浮上しキャッスルターミナルは闇の巨獣に変貌を遂げ、トッキュウジャーとの最終決戦が開始された！！
関連タグ
キャッスルターミナル：本拠地
有尾人一族ジャシンカ帝国、地底帝国チューブ、地底冥府インフェルシア、バグナラク/狭間の国バグナラク：同じく地底から襲い掛かる敵組織。ちなみにチューブにも地底列車が存在している。
武装頭脳軍ボルト、マトリンティス：同じく幹部全員がヒーローに倒された扱いでない結末を辿った組織。
次元戦団バイラム：同じく幹部同士が険悪な敵組織。
闇の帝国ヨドンヘイム：光を嫌い闇を尊ぶ敵組織繋がり。
