登場人物等の詳細は→「とある科学の超電磁砲」
概要
2013年4月から9月まで、TOKYO MX、MBS、CBC、BS11、AT-Xにて全24話が放送された。
「とある魔術の禁書目録」でも描かれた御坂美琴のクローン・妹達編を美琴視点側から描く。学園都市の少女たちの友情と活躍を描いたアニメ1期と違い、非合法な実験による殺戮や闇の組織といった学園都市の裏面が描かれる。このため、シリアス色が強い作風になっているため1期に比べ美琴以外のレギュラーキャラの出番は少なめになっている。
タイトルの「S」は「Sisters」「Second」のSが由来。
原作準拠は16話までで、17話からはアニメオリジナル展開となる。
その為、17話からの「S」は「Silent Party」の「S」が由来。
主題歌
オープニングテーマ
「sister's noise」（#2〜16）※#1のみエンディングテーマ
「eternal reality」（#17〜）
歌 - fripSide
エンディングテーマ
「Grow Slowly」（#2〜4、#6〜10、#12〜13、#15〜16）※#5はエンディングテーマ無し
「stand still」（#11、#14）
歌 - 井口裕香
「リンクス」（#17〜21）※#22はエンディングテーマ無し
「インフィニア」（#23）
歌 - 三澤紗千香
各話リスト
※17話、18話の間に禁書劇場版のダイジェスト特番を挟む。
| 話数 | サブタイトル | 話数 | サブタイトル |
|---|---|---|---|
| #1 | 超電磁砲（レールガン） | #2 | 寿命中断（クリティカル） |
| #3 | 超電磁砲量産（レディオノイズ）計画 | #4 | 妹達（シスターズ） |
| #5 | 絶対能力進化（レベル6シフト）計画 | #6 | あたし…みんなのこと見えてるから |
| #7 | お姉さまの力になりたいですの | #8 | Item（アイテム） |
| #9 | 能力追跡（AIMストーカー） | #10 | 原子崩し（メルトダウナー） |
| #11 | 自動販売機 | #12 | 樹形図の設計者（ツリーダイアグラム） |
| #13 | 一方通行（アクセラレータ） | #14 | 約束 |
| #15 | 最弱（かみじょうとうま） | #16 | 姉妹 |
| #17 | 勉強会 | #18 | お引越し |
| #19 | 学園都市研究発表会 | #20 | フェブリ |
| #21 | 闇 | #22 | STUDY |
| #23 | 革命未明 Silent Party | #24 | Eternal Party |
関連タグ
うまい棒：本作放送に合わせ、コラボレーション商品が作られた。
レーサーミニ四駆：こちらも本作放送に合わせ、御坂のねんぷち付きサンダーショットJr.(オープントップ版)が発売されている。
