概説
禁書目録では妹達(シスターズ)編より、超電磁砲では欠陥電気(レディオノイズ)編より登場。
御坂美琴と瓜二つの外見をしているが、実妹ではなく、美琴のDNAマップを元に製造されたクローン。単価18万円。
すべて同じDNAから製造されているため、特殊能力が弱体化していること以外は生物学的にはオリジナルと全く変わらない。ただし、演出として打ち止めと番外個体を除くミサカは目のハイライトが省略されて視聴者にミサカであるとわかるようにされていたり、声優もオリジナルの佐藤利奈とは分けられ、プロトタイプが小原好美、量産個体がささきのぞみ、打ち止めが日高里菜、番外個体に加隈亜衣が起用されているなどの違いがある。なお、同じ声優の量産個体でもそれぞれ声色が少々異なっている。
製造開始から14日ほどで美琴と同じ程度の肉体年齢を得られるよう急速な成長を促されているほか、生命・社会活動に必要な知識は布束砥信が開発した「学習装置」と呼ばれる機械によって、人格の基本的な部分は天井亜雄が作成した人格データによって獲得している。しかしオリジナルである美琴の性格がクローンにも強く影響したようで、量産個体は無表情ながらガサツで短気な発言をする一方、可愛いもの（小動物など）が好きで正義感もあるという美琴そっくりな性格をしている。
複数の個体が存在し、｢ミサカネットワーク｣という脳波リンクを形成している。この群体としての性質によって知識や記憶を共有しているが（ちなみにこのネットワーク自体にも独立した意識が存在する）、共有しないことも可能なうえ個体ごとの経験の差異などの存在により、個体によっては個性が出てきている者もいる（そのほうが各個体を通して各方面の多様な情報を得られやすい、というのも理由の一つなのだとか）。一応オリジナルの美琴も利用できるようだが本人自身はよほどのことがない限り全く使わない。
美琴のように電子線を肉眼で見ることが出来ないため、専用のゴーグルをつけており、個体によっては突撃銃や狙撃銃を所持している者もいる（『超電磁砲』によれば個体ごとにチューニングが施されているらしい）。
上述の形で人格が形成された故か、共通してかなりマイペースな一面があり、出会った当初の美琴は振り回されっぱなしで頭を抱えていた。現在も時々振り回されている。
必ず語尾に｢と、ミサカは～(細かい説明)に…(動詞)します｣と付ける（時々なかなか辛辣な発言が飛び出るが、うち何割かはその語尾で内心思うことを吐露した結果だったりする）。
基本的には美琴と同じく常盤台中学の制服を着用するが、美琴と違いスカートの下に短パンは穿いておらず、ちょっとした動作でパンチラする。ちなみに縞パン。(九九八二号はとある科学の超電磁砲では猫を助けるために自分からスカートをめくりあげていたが、一〇〇三二号は縞パン以外を履いている描写がある)
羞恥心は無く、パンツや全裸を見られても気にしないし脱げと言われれば平然と脱衣する。
なぜ美琴のDNAマップが研究者に渡っているのかというと、美琴が幼少期に「筋ジストロフィーという病気の治療に役立てたい」という研究者の嘘に騙されてDNAマップを提供してしまったため。その頃レベル1だった美琴のDNAを何故研究者が欲しがったかというと、素養格付というとあるデータの存在のためである。
実際はレベル5を軍用モデルとして量産するために生み出されたのだが、製造された個体はいずれも欠陥電気(レディオノイズ)と呼ばれるレベル2～3止まりであり、美琴と同じレベル5の個体が生み出される事はなかった。これにより研究は失敗、凍結となった。
超電磁砲で登場した0号と妹は、おそらくこの実験でクローンが大量生産される前実験的に生み出された個体。姉の方は死亡したが、その妹がその記憶を引き継いでいるという事は、そこでミサカネットワークに似たシステムが有ったという事だろう。
だが、この後彼女達は｢絶対能力進化(レベル6シフト)計画｣のモルモットとして流用される事になり、一方通行(アクセラレータ)が2万人の妹達を殺害するという残虐な計画が始まる。
実験が半分ほど進んだところで、この実験の存在を知った美琴は一方通行と交戦するが惨敗。その次に大規模な研究所破壊工作を行ったが結果的にはこれも効果はなかった。
その後、妹達と美琴を経由して偶然この実験のことを知った上条当麻が一方通行を打ち破ったことで実験は中止され、残り一万人の妹達は生存することになった。
これによって上条は多くの妹達と美琴から感謝の念と、恋愛感情を抱かれるきっかけを作ったとされる。
なお、残った妹達は人数が多すぎる事から学園都市だけでは管理しきれないため、「急速成長させた肉体の寿命の回復」を名目に世界中の学園都市協力機関に派遣される事となり、学園都市に残った妹達は10人もいない。
実を言うと、妹達の持つミサカネットワークは学園都市統括理事長アレイスター=クロウリーのプランのキーでもある。
誕生から絶対能力進化(レベル6シフト)計画への流用、実験中止、世界中への分散は全て計算されたものでもあった。
なお、その後の一方通行は、妹達の最終ロットである打ち止め(ラストオーダー)を救った際、天井亜雄に頭部を銃で撃たれ脳を損傷したため、演算能力の喪失・言語障害他が生じてしまった。
そこで冥土帰し(ヘブンキャンセラー・カエル医者)の案で現在は妹達の「ミサカネットワーク」を利用し、演算能力などを補助して貰っている。
自分が大量に殺してきた相手に現在救われているというのも何とも皮肉な話である。
なお公式設定では20000体+フルチューニング、ドリー姉妹、打ち止め、番外個体の20005体がいることになっているが、公式のネタ企画で「作りすぎちゃった（てへぺろ）」という設定の個体が登場したことがある。なお、あくまでネタなので本編には一切登場しないが、流石に50000体は作りすぎな気もする…
公式に登場したミサカ
| ID | 通称 | 登場 | 解説 |
|---|---|---|---|
| 〇〇〇〇〇号 | フルチューニング | SS2 | レベル5完全体を目指したものであり、他の妹達とは性質が異なるそうだ。現在はミサカネットワークからは寸断されており、行方不明になっている。 |
| 一号 | 超電磁砲37話 | 妹達の一人で、初めて一方通行が出会った個体。第一次実験にて死亡。 | |
| 九九八二号 | 超電磁砲 | 美琴と初めて遭遇した個体。美琴と1日を過ごすも第九九八二次実験にて美琴から貰ったゲコ太のバッジを手に死亡。 | |
| 一〇〇三一号 | 原作3 | 上条が初めて遭遇した個体。第一〇〇三一次実験にて、一方通行に血流を逆流させられ命を落とした。 | |
| 一〇〇三二号 | 御坂妹 | 原作3, 8, 12, SS2 | 原作妹達編で上条に助けられたミサカ。普段は冥土帰しのいる病院に在住。上条にもらったオープンハートのペンダントをいつも着用してるようだ。原作登場回数も多い。 |
| 一〇〇三九号 | 御坂丸 | 原作12, SS2 | 冥土帰しのいる病院在住の4人のミサカ達のうちの一人。 |
| 一〇〇四六号 | 一方通行 | 一方通行と共闘したミサカ。美琴に影響されたのかゲコ太グッズを大量に所有している。 | |
| 一〇七七七号 | 露ミサカ | 原作21,22 | 呼称は灰村氏によりいただいた。戦車やVTOL機の操縦ができる多才っぷりを見せる。 |
| 一三五七七号 | 御坂.jp | 原作12, SS2 | 冥土帰しのいる病院在住の4人のミサカ達のうちの一人。 |
| 一九〇九〇号 | 抜け駆け、小声 | 原作12, SS2 | 冥土帰しのいる病院在住で、他のミサカより親指2本分は細い、あのミサカ。布束により感情の元となるデータをインストールされたと言われていて、他のミサカより感情が豊かなのではないかと見られている。 |
| 二〇〇〇一号 | 打ち止め | 一方通行と同居するミサカ。詳しくは → 打ち止め | |
| 二〇〇〇二号 | 捨てミサカ | こんな「とある魔術の禁書目録」の第一話は嫌だ！！orこんな最終回は嫌だ！！ | 公式のネタ企画に登場したミサカ。作りすぎていらない子になってしまったので、段ボール箱の中で拾ってくれる人を待っている。猫耳猫尻尾を標準装備するほか名前入りスク水を所持し、性格は積極的でちょっと腹黒い。 |
| 五〇〇二〇号 | お手ミサカ | こんな「とある魔術の禁書目録」の第一話は嫌だ！！orこんな最終回は嫌だ！！ | 二〇〇〇二号と同じく、公式のネタ企画に登場したミサカ。同じく作りすぎでいらない子になっていたが、上条刀夜に拾われた。刀夜の趣味で犬セットを身に着けて骨をかじっている。 |
| xxx号 | 番外個体 | 一方通行抹殺のため学園都市よりロシアに派遣されたミサカ。詳しくは → 番外個体 | |
| ミサカたん | 超電磁砲DVD特典映像 | もっとまるっと超電磁砲IVに登場する手乗りサイズのミサカ。本編には一切出ない。一応、性格やキャラデザ、CVは御坂妹（等の含まれる20000体の量産型ミサカ）に準じている。 |
