概要
学園都市は非常に高い科学技術と生活水準を有する一方で、その裏では生命倫理や人権倫理を無視した非人道的な研究および戦闘兵器の開発が進められていたりと不透明な部分も少なくない。
さらに非合法な闇取引を行う業者や犯罪組織なども密かに暗躍しており「風紀委員」「警備員」とは別に、暗殺あるいは破壊工作と言った決して表沙汰にできないような任務を請け負う暗部組織が多数存在している（グループのような正当任務を請け負う暗部組織もいる）
暗部組織の中でもランクというものが存在するらしく、屍喰部隊はAランクから降格→復帰をしている。
また、グループやスクールなどを憧れのチームネームと称しているため、カタカナ4文字のチームと○○部隊と言った集団では権限に格差がある模様。
上からの命令で動くチームとは別に、現場への移送や事後処理、雑務を担う下部組織もおり、基本暗部に堕ちてきた人間であるため使い捨ての雑兵でしかない。
元々、四人一組の暗部組織はアイテムが最初であり、それをモデルケースに少数精鋭の部隊を上層部がそれぞれ運用したという経緯を持つ。
指示は「電話の声」が仲介しており、クライアントへの秘匿性を保っている。
だが暗部全体にとって不利益を被ったり、見せしめも兼ねて依頼主を襲撃させる場合もあるなど真っ当な存在ではないのが窺える。所詮彼らも「上」の意向で動いている雇われである。
グループの連絡係：cv.野島健児
アイテムの連絡係：cv.村川梨衣
屍喰部隊の連絡係：cv.八巻アンナ
一覧
猟犬部隊(ハウンドドッグ)
アレイスター直属の武装集団。リーダーは木原数多。元より素行や人格に問題のあるいわゆる“人間のクズ”ばかりを集めて構成されている。メンバーはいくらでも補充が出来るらしく、ミスったら死、疑問を抱いたら死、と非常に恐ろしいグループである。
グループ
統括理事会直下の少人数能力者組織。リーダー格は土御門元春（厳密な意味でのリーダーは定めていない）。基本的に表世界で片付けられない問題を秘密裏に処理する。構成員は皆、学園都市に何らかの弱みを握られている。
暗部組織間抗争に関わった部隊では、唯一構成員全員が生き残り、一方通行によって暗部組織全てが解体されたことで、構成員もそれぞれ暗部から解放された。
学園都市の組織としては珍しい、能力者と魔術師の混成チーム（一方通行と結標、土御門とエツァリ）となっている。
スクール
統括理事会直下の実行部隊。リーダーは垣根帝督。具体的な活動目的は不明。
暗部組織間抗争の原因。アレイスターとの直接交渉権を得るために行動を起こし、親船最中の暗殺未遂、「滞空回線」を解析するための「ピンセット」の強奪などを引き起こしたが、垣根が一方通行に敗れたことで壊滅した。
アイテム
統括理事会直下の実行部隊。リーダーは麦野沈利。統括理事会も含めた暗部組織等の監視・制御を目的とし、暴走した場合に対応措置を取る。
年齢の近い少女の集まりであるため、温度差こそあったもののメンバーの仲は比較的良好であった。暗部組織間抗争において「スクール」の反乱鎮圧のため行動していたが、逆に壊滅させられかけ、さらに麦野と浜面の仲間割れで瓦解する。その後、ロシアで麦野と浜面が和解したことで再結成し、新約1巻では新生「アイテム」と表記されている。しかし、この時点では暗部とは手を切っており、具体的な活動内容も未定となっている。現在、メンバー全員が同じ部屋でルームシェアをして暮らしている。
メンバー
アレイスター直属の実行部隊。リーダーは博士。具体的な活動目的は不明。
暗部組織間抗争において「スクール」「ブロック」の反乱鎮圧のため行動するが、全員が敗北して壊滅した。ショチトルと博士以外は生死不明。
ブロック
統括理事会直下の実行部隊。リーダーは佐久辰彦。学園都市とその外部協力機関との連携を監視することを目的とする。
暗部組織間抗争の原因。都市の暗部から脱するため、アレイスターの殺害を狙って様々な手を打つが、最終的に「グループ」によって行動不能にさせられ壊滅する。
迎電部隊(スパークシグナル)
「猟犬部隊」と同等の部隊。学園都市の情報流出防止と、それを行った者の（殺害も含む）徹底排除を目的とする。
19巻において、学園都市の最重要機密である「ドラゴン」の情報開示を求め粒子加速実験施設をジャックするテロを起こす。しかし、「グループ」や「ドラゴン」を知られたくない潮岸によって壊滅させられた。
屍喰部隊
学園都市統括理事会直属の暗部組織。リーダーは飯棲リタ。
清ヶを除いた3人は教師及び優等生に強い敵意を持っている。
Aランクの組織だったが一方通行に敗北し降格。ドッペルゲンガーの件で再びAランクに戻ったようである。
DA
警備員(アンチスキル)をなんらかの理由で追い出されたもの達による運営される秘密結社。「『完全なる正義を実現する』という歪んだ信念の元に動いている。統括理事会の亡本裏蔵管轄。
新入生
第三次世界大戦終結時に一方通行と学園都市上層部による交渉で解体されるも、来るべき脅威に備えて暗部組織の構成員達が再結集した武装集団。その脅威とは学園都市とは違う法則を用いて不思議な現象を起こす集団、すなわち魔術である事が後に判明する。「科学技術は常に進歩し続けていて、昨日の最新が今日も最新とは限らない」というコンセプトの元に、学園都市内のパワーパランスを崩しかねない技術を大量に投入しているのが特徴。
構成員の一部が第三次世界大戦終戦後、都市上層部への抑止力となった一方通行と浜面を抹殺するため、両者と接点があるフレメアの暗殺計画を企て、都市上層部に彼らの危険性を示すことで、彼らを抹殺する大義名分を得ようと画策したが、失敗に終わる。
因みに、元々失敗する為に作られたという事が後日、判明している。
デッドロック
能力開発が頭打ちになった学生たちの集団。食蜂のAIM拡散力場の影響で自分たちが理不尽な目に合わされていると信じ込まされ、「簒奪の槍」を蠢動から貸与されて彼女を襲撃した。たまたま食蜂と一緒にいた上条の奮戦で計画は失敗に終わるが、この時の負傷が原因で上条は脳にある機能障害を負うこととなる。
