基本的に空島に生息しており、ときおり地上でも見かけることがある。地上では、天変地異によって生じた、空島からの落下片の周辺に登場することが多い。また、彼らは魔王の配下ではないため、祠の個体を除き赤い月では復活せず、独自の周期で復活するようになっている。それを示すようにボコブリンなどの魔物に対してもリンクと同様に攻撃する性質がある。地上には魔物対ゴーレムの集団戦を見られるスポットがいくつか存在している。（それぞれ木の板で仕切られており、それらを燃やすなどして破壊すると、戦いが始まる。因みに戦力的には拮抗しており、大抵互角の戦いを演じる。）

隊長ゴーレムは、兵隊ゴーレムの上位種であり、戦闘能力が兵隊ゴーレムに比べて高い。スクラビルドを使って様々な武器を生成する能力を持つ。ほとんどの隊長ゴーレムの出現する付近にはゾナウギアが置かれており、それらを器用に扱って戦ってくる。

魔物に青・黒・白銀の上位種が存在するのと同様に、兵隊ゴーレムと隊長ゴーレムにもそれぞれ中等・上等・特等の上位種が存在する。ストーリーを進めたり、たくさん強い魔物を倒していくと上のクラスのゴーレムが登場してくるようになる。特に特等クラスになると体力・攻撃力ともに非常に高くなるため油断せずに気をつけて戦おう。

倒すと角、ゾナウエネルギー（と所持していた武器）をドロップする。上位クラスの隊長ゴーレムは、貴重な大きなゾナウエネルギーを落とすことも。角は全個体が刃物状(下等兵隊ゴーレムはナイフ状、下等隊長ゴーレムはフランベルジュのような形状をしている)になっており、スクラビルドを行うことで武器として扱える。ゾナニウム系統の武器を入手したら、是非付けてみよう。

角はスクラビルド以外にも、空島で入手できるとある防具の強化に必要。

ラウル曰く、「遺跡を守るために作られたもので、彼らには悪気はない」とのことだが、ある執事ゴーレムからは、「彼らには敵だと認識されているので手心を加えないことを勧める」と言われる。

特務隊長ゴーレム

戦いの教え系の祠にのみ登場する特殊な隊長ゴーレム。通常のゴーレムと違い体が白い。その祠で伝授される内容(例えば投げの極意の祠ではアイテムを投げつける攻撃、弓の極意では頭に矢を当てるヘッドショットなど)でしか倒すことは不可能。倒した際はゴーレム特有の角は落とさず(そもそも角がない)、ゾナウエネルギーのみを落とす。なお、戦いの教え系の祠では1度クリアするとその祠の特務隊長は二度と再出現しないため、このゴーレムをウツシエで撮影する前に全ての戦いの教え系の祠をクリアしてしまうと、そのセーブデータでは二度と自身の手でこのゴーレムの撮影が出来なくなるので注意。（もちろん撮り直しもできない）

ブロックゴーレム

各空島を守っている中ボス級のゴーレム。地底にも迷宮の下層をはじめいくらか存在する。

コアとなるブロックを中心として、ボディが複数のブロックで構成されており、自由に組み換えることができる。ブロックゴーレムにも下等・中等・上等の等級が存在している。

最初は柱のような形になって周囲を警戒している個体もいるが、戦闘では巨人型・キューブ型・UFO型になってリンクを攻撃してくる。どれも質量を活かした強力な攻撃で、序盤の装備で当たれば致命傷は免れない。

倒し方は、弓などでのチクチク戦法もできるが、基本的にはまずボディのどこかにあるコアブロックを見つけ、次にウルトラハンドでこれを掴みレバガチャ(接着したオブジェクトを分解する動き)でブロックを引き離す。これによりバラバラになるため、その隙にコアブロックに一気に攻撃を叩き込むというのが基本的な戦い方となる。

上等個体はコアの位置を一定間隔で入れ替えるので注意。

またコアブロックを狙わずとも、一定以上ブロックを引き剥がすことでもバラバラになる。

コアが空島から落下した場合、即座にチャンスタイムが終了し次の形態に移る。