エンジンは自然吸気エンジンとターボエンジンの2種類が用意される。初代・2代目はK6A型を搭載しており、NA車は40kw(54PS)で吸気側にVVT（可変バルブタイミング機構）を搭載、ターボ車は44kw(60PS)となる。3代目では高い燃焼効率を実現し、軽量・コンパクト化されたR06A型に置換。NA車は軽自動車初の吸排気VVT機構を搭載し、44kw(54PS)となる。ターボ車は47kw(64PS)に向上すると共に、吸気側にVVTを搭載したことで動力性能と環境性能を両立した。

トランスミッションは初代と2代目が全車4ATで、3代目は副変速機つきCVT。シフトレバーは初代がコラムシフト、2代目と3代目がインパネシフトである。

パーキングブレーキは足踏み式を採用することで運転席周りを広くとっているが、サイドウォークスルーも実現。当初、運転席と助手席の間には収納が設けられていたが、2004年の一部改良でセパレート型のシートからベンチシートとなり、2代目と3代目もそれを継承している。

助手席座面にはスライドさせると下に収納スペース（助手席シートアンダーボックス）がある。初代はバケツのように取っ手があり、着脱可能。一方、2代目は着脱こそ出来ないが、大容量のトレーがあり（シートアンダートレーつき）、イオンの「マイバスケット」がピッタリと収まるようになっている。3代目はシートアンダートレイが省かれたものの、取っ手が復活し、初代のように着脱可能となった。

歴史

コンセプトカー（1999年）

1999年の第33回東京モーターショーにMRワゴンと名づけられたコンセプトカーが出品された。後車軸直前にエンジンを搭載したミッドシップレイアウトであり、MRの名はその略称によるものである。

初代 MF21S型（2001年-2006年）

2001年12月4日

初代発売。全長、全幅は殆どの軽自動車と同様に軽規格いっぱいを使うが、パッケージングだけではなくスタイリングも重視しており、トヨタ・エスティマのようなモノフォルムデザインとなった。当初はDOHC VVTエンジンを搭載する「E」・「X」・「Xナビパッケージ」とDOHC Mターボエンジン(60ps)を搭載する「ターボT」の4グレードで展開。「E」以外は全車同色ドアノブ、電動格納式ドアミラー、各種オーディオが標準装備されるなどセルボモード以来の充実ぶりであった。

後部座席はリクライニング機能の他105mmの左右独立前後スライド機能を備え、またレバー一つでシートを倒せるなどシートアレンジが豊富になっている。前後スライド機能は、ベースとなった2代目ワゴンRのプラットフォームからショックアブソーバーの取り付け位置を変更するなどリアサスペンションの改良を施すことで実現、後にワゴンR/マツダ・AZ-ワゴンにもマイナーチェンジにより同様の改良がされた。そのためMRワゴンは一見コンパクトな車体に見えて広い室内を実現していた。またスズキ車としては初めて全車にブースターを利用するヘリカル型ルーフアンテナをルーフ中央に取り付けられたため従来のスズキ純正カセットチューナーやAMラジオではアンテナコントロールが無いためそういった純正オーディオは配線を増やす必要があるため一切標準装備されることは無く以降発売される新型車種も乗用モデルにはCD チューナーが装備されるようになった。

コンセプトカーでは名称の由来となったミッドシップエンジンレイアウトは採用されず、コンベンショナルな前輪駆動（及びFFベースの4WD）となり、「MR」は「マジカル・リラックス」の略称とされた。

2002年4月10日

日産自動車へ「モコ (MOCO)」の名称でOEM供給開始。

2002年4月25日

装備を充実しながら、求めやすい価格とした新グレード「N-1」を発売。

2002年6月11日

アパレルブランド「ミキハウス」とタイアップした「ミキハウスバージョン」と「N-1」をベースに、スポーティな外装を施した新グレード「N-1 エアロ」、また、当時のワゴンR RRなどに搭載されるDOHC ターボエンジン(64ps)を搭載し、スポーティな外装とした新グレード「スポーツ」の計3種を発売。「スポーツ」にはこれまで装備されることのなかったタコメーターやローダウンサスペンション＆スポーツ専用14インチアルミホイールもあったが、「スポーツ」のターボエンジンはOEM供給されるモコには非搭載であるためモコに「スポーツ」に相当するグレードは存在しない。この仕様のみATにはロックアップが採用され低燃費にも貢献している。タコメーターは以降、後述の「ジアラバージョン」や「A-LIMITED」など自然吸気の上級グレードや特別仕様車にも搭載された。

2002年7月16日

「ジアラ (GIALLA) 」製の外装部品などでドレスアップしたカスタマイズカー「ジアラバージョン」を発売。

2002年12月10日

「N-1」と「N-1 エアロ」を一部改良。フロントグリル、シート表皮、ドアトリム表皮を専用の仕様に変更する。

2003年8月4日

お買い得な価格設定とした特別仕様車「N-1スペシャル」を発売。ターボTなどに搭載されていたCD/MD/カセットオーディオは廃止されアゼスト製CD/MDオーディオに変更される。

2004年2月10日

一部改良。前席をベンチシートとし、リアシートのスライド量を拡大（105mm→135mm）。DOHC VVTエンジン搭載車の燃費性能を向上、フロントバンパーのデザイン変更、盤面発光式メーターを廃止。また、価格の値下げをおこなう。(DOHC VVTエンジン搭載車のグレードは「G」・「GL」・「GS」に再編された。)

2004年8月

MRワゴンカーシェアリング専用車を受注生産で発売。個人識別用のICカード読取機などを搭載する。

2004年12月1日

燃料電池自動車「MRワゴンFCV」国土交通大臣認定。2005年度より公道走行試験開始。

2004年12月7日

「G」をベースに、アイボリーを基調とした内装とアルミホイールを装着した外装、快適装備を充実した特別仕様車「M-EDITION」を発売。

2005年4月6日

「G」をベースに、スポーティな内外装と上級仕様のオーディオを装備した特別仕様車「A-LIMITED」を発売。

海外では国内仕様にはない1,100ccエンジン(2009年よりK10型1,000ccエンジンへの変更およびフェイスリフト）と5速MTを搭載したモデルがインドのマルチ・スズキ・インディアより「ゼン・エスティロ」(ZEN ESTILO) の名で現地生産し、さらにインドネシアのインドモービル・スズキ・インターナショナルへ「カリマン・エスティロ」(KARIMUN ESTILO)の名で輸出販売されている。

MRワゴンFCV

2003年にゼネラルモーターズと共同開発した燃料電池自動車「ワゴンR FCV」に引き続き、2005年にはMRワゴンFCVが試作された。水素の充填圧力をワゴンR FCVの35メガパスカルから国内の燃料電池自動車では初めて2倍の70メガパスカルに強化して、航続距離の延長が図られている。（プレスリリース）

2代目 MF22S型（2006年 - 2011年）

2005年

第39回東京モーターショーでマムズ・パーソナルワゴン　MRワゴンコンセプトの名で展示（但し、市販モデルとはドアノブの位置やドアミラー形状等が異なっていた）。

2006年1月20日

2代目発売。目標月間販売台数は6,000台と発表されている。「ママワゴン」というコンセプトの下、随所に女性や子供に対する配慮が見られる設計とされ、従来型以上に利便性を追求した（スズキからOEMされている日産・モコも2月1日にモデルチェンジした）。

内外装のデザインのとりまとめを行なったチーフデザイナーは同社の結城康和。この2代目よりキーレススタートシステム（先代モデルにもキーフリーシステムなるただ近づくだけでドアの施錠を行える機能がメーカーオプションにあった）やフルオートエアコンといった上級装備が採用され、内外装ともども使い勝手や上質さを充分考慮した仕上げとなっている。特に先代モデルではインパネに付く小物入れがヒューズボックスの前にあるケースとグローブボックス以外皆無だったが2代目からは豊富になっている。また、従来型ではコラムシフトを採用していたが、今回の変更でより操作性に優れたインパネシフト（全車4AT、スズキ車として初採用）に刷新された。同時にグレード体系も整理され、DOHC VVTエンジンを搭載する「G」・「X」、DOHC Mターボエンジンを搭載する「T」の3グレードとなった（「T」はのちの小改良で廃止。それによりターボ車は「Wit TS」のみとなるが、2010年の小改良でそれも廃止）。車体構造部には成形性に優れたハイテン材を多用し、従来鋼を用いた場合よりも軽量に仕上げている。

2006年9月4日

「X」をベースに、エアロパーツなどのスタイリッシュな装備を施した特別仕様車「XSリミテッド」を発売。

2006年12月13日

スポーティな造形のフロントグリルなどのエアロパーツ、切削タイプの14インチアルミホイール、ブラックインテリアなどを採用した派生モデル「MRワゴンWit（ウィット）」を発売。グレードはGS、XS、TSの三種。なお「Wit」はかつて製造されていたフロンテでもグレード名として使われていた。

2008年5月15日

WitのXSをベースにプロジェクタータイプのディスチャージヘッドランプやHG21S型セルボと同一デザインの5本スポークアルミホイール、本皮革ステアリング、専用シート地などを装備した特別仕様車「Wit リミテッド」を発売。尚、このモデルに限り通常のWitには未設定のノクターンブルーパールが用意され、ボディーカラーによっては通常は設定がないベージュインテリアも選択可能となっている。

2009年6月12日

一部改良。全車で給油口のキャップの閉め忘れを防止するひも付きフユーエルキャップ、細かいボーダー柄のシート表皮、運転席シートリフターとチルトステアリングを装備。さらに、「X」・「Wit XS」・「Wit TS」ではヘッドランプにオートライト機能を加え、運転席・助手席に照明付きバニティミラーを追加。インテリアはボディカラーによりベージュとブラックの2種類を設定した。MRワゴンはフロントまわりを一新し、ボディカラーは「エアブルーメタリック」と「ブルームピンクメタリック」の2色を追加（ただし、従来設定されていたノクターンブルーパールはWit専用色に変更）。Witも新デザインのフロントバンパーと14インチアルミホイール（メッシュ）を採用。さらに「Wit XS」「Wit TS」はインサイドドアハンドルとATシフトノブボタンに鍍金を施し、エアコンルーバーリングを鍍金調に変更。Witにはプロジェクター式ディスチャージヘッドランプ+LEDサイドターンランプ付きドアミラー+オーディオレスのセットオプションが選択できるようになった。また、自然吸気エンジンの燃費を向上し、「G」・「X」・「Wit GS」・「Wit XS」の2WD車は「平成22年度燃費基準+15%」を達成。「環境対応車普及促進税制」に適合した。

2010年5月1日

仕様変更。「G」の2WD車は従来メーカーオプションだったEBD付4輪ABSとブレーキアシストを標準装備化。また、「Wit TS」が廃止され、ターボエンジン搭載車が無くなる（モコは継続採用）。また、ボディカラーも見直され「Wit」専用カラーの「ノクターンブルーパール」を廃止。

3代目 MF33S型（2011年 - ）

2011年1月20日　フルモデルチェンジ。

ターゲットを主婦層から若年層に切り替え、「低燃費・広い室内空間・個性派デザインを採用した新感覚軽ワゴン」として開発された。

その理由は「トールワゴンのパレットがファミリー層と（2代目でターゲットとしていた）若い主婦層をカバーできていると判断したため」、そして「これまでのスズキのラインナップでは若者を取り込めていないことがわかったため」である。個性的なスタイリングと広々としたキャビンを実現するため、ホイールベースを先代に比べ65mm拡大。結果、ワゴンRやパレットよりも25mm長く、スズキの軽乗用車の中で最も長い2,425mmとなった。

フロントフェイスはラウンドされた面編成に半円モチーフのヘッドランプを採用。Aピラーも前席の開放感を確保するために先代よりも角度を起こした。リアのコンビネーションランプにも半円モチーフを採用し、幅広感を強調させるため、リアウィンドー、ルーフエンドガーニッシュと共に一体に見せる黒基調とした。

標準搭載のオーディオは静電容量式タッチパネル式を採用。指先で軽く触れたり、スライドするだけで簡単に操作できるほか、iPodやUSBメモリと接続できるUSBソケットやスムーズな駐車を可能にするバックモニターを搭載した。また、インパネトレーが配置されており、エアコン・シフトレバーの上にある中央のトレーはUSBで接続したデジタルオーディオプレーヤーや携帯電話などに、助手席側のトレーは箱型のティッシュペーパーがそのまま収納できるスペースを確保。運転席側のアンダートレーはETC車載器を設置できるようになっている。さらに、「G」・「T」には3代目ソリオにも採用されているワンアクションでフラットスペースな荷室展開が可能なダブルフォールディングリアシートを装備。左右独立のスライド式ラゲッジボードを採用することにより、リアシートのスライド位置に関係なくほぼフラットな荷室にすることができる。

エンジンは軽量・コンパクトに収め、低燃費・低回転域のトルク向上・静粛性を実現した新開発のR06A型を採用。「G」・「X」には軽自動車初の吸排気VVT機構を搭載した自然吸気エンジンを、フルモデルチェンジに合わせて復活した「T」は吸気側にVVT機構を備えるターボエンジンを採用した。また、副変速機構付CVTにはCVT作動オイルをエンジン冷却水で温めるビルトインオイルヒーターを組み込み、オイルの粘性による抵抗を軽減するとともに、車体も高張力鋼板を効率的に多用することで先代比30kg（「G」の2WD車の場合）の軽量化を達成。これらにより、「T」の4WD車を除く全グレードが「平成22年度燃費基準+25%」を達成した（現在は「平成27年度燃費基準」も達成）。安全装備としては、「T」の2WD車にメーカーセットオプションで、「ヒルホールドコントロール付きESP（車両走行安定補助システム）」＋「フロントシートSRSサイドエアバッグ及びSRSカーテンエアバッグ」が設定されている。

なお、2代目の派生グレードであったエアロ仕様の「Wit」は廃止。OEM車種のモコは同年2月15日にフルモデルチェンジされた。

2011年3月10日

「X」にアイドリングストップシステムを装備した「X アイドリングストップ」を追加。これにより「X」よりもさらに1.5km/L燃費が向上され、27.0km/L（10・15モード燃費）の低燃費を実現した。さらに、車両の安定走行をサポートするESP（ヒルホールドコントロール・ブレーキアシスト付）も標準装備された。

2011年7月1日

仕様変更。ボディカラーに「ブルーイッシュブラックパール3」を追加。

2011年11月21日

発売10周年を記念した特別仕様車「10thアニバーサリーリミテッド」を発売。「X」をベースに、フロントメッキグリル、ディスチャージヘッドランプ（ロービーム、オートレベリング機構付）、14インチアルミホイール、オートライトシステム、専用ファブリックシート表皮、専用ドアトリムクロス、6スピーカー、専用エンブレム（バックドア貼付）を装備して充実仕様とするとともに、車両同梱品として誕生10年記念ロゴ入りの専用携帯リモコンカバーを用意した。ボディカラーには5色を設定するが、「カシスピンクパールメタリック」のみブラック2トーンルーフ仕様も設定される。この仕様を設定した場合、アルミホイールがガンメタリック塗装に変更となる。

2012年2月14日

従来の「X アイドリングストップ」に替わるアイドリングストップシステム搭載の派生モデル「MRワゴンエコ」を追加。先に発売されたアルトエコで採用された技術が取り入れられており、R06A型エンジンや副変速機構付CVTに改良を加えフリクションの低減化を行うとともに、協調制御をより細かくしたことでパワートレイン全体での燃費性能を高めた。アイドリングストップシステムも改良され、ブレーキを踏んで時速が9km/L以下になった時点でエンジンを停止することでアイドリングストップ時間を延長。さらに、ハンドルや「アイドリングストップOFFスイッチ」の操作でエンジンを再始動できる機能を追加し、運転状況に応じたスムーズな発進を可能にした。また、あらゆる走行抵抗を低減するため、車軸ベアリングはフロントにハブ一体構造型を採用し、リアも構造の見直しを行うことで回転抵抗を、タイヤを変更したことで転がり抵抗を、フロントブレーキパッドの変更により走行中の引きずり抵抗を低減。これらにより、JC08モード燃費で27.2km/L（平成27年度燃費基準+20%達成）のさらなる低燃費を実現。グレード体系は従来の「X アイドリングストップ」に相当する「ECO-X」と「G」に準じた装備内容としつつ、キーレスプッシュスタートシステムを装備した「ECO-L」の2グレードを設定する。なお、アイドリングストップシステム搭載車の証としてバックドア右下に「IDLING STOP」エンブレムが新たに装着されたために、車名エンブレムはSマークと平行した位置に配置されている。また、ボディカラーについては既存の7色に加え、アルトエコ同様に緑味を帯びた白「リーフホワイト」を追加した8色が設定される（リーフホワイトは2012年4月発売開始）。

2012年5月17日

一部改良（2型）。「G」・「X」・「10thアニバーサリーリミテッド」の2WD車において、エンジン制御の見直しにより燃料カット時間を長くしたほか、CVTオイルを低粘度化してCVT内の摩擦抵抗（フリクション）を低減したことで燃費を向上。これにより、「平成27年度燃費基準+10%」を達成した。併せて、「MRワゴンエコ」を含む全車においては後席にISOFIX対応のチャイルドシート固定用アンカーを採用した。なお、この一部改良により、「G」・「X」・「T」及び「10thアニバーサリーリミテッド」は車名エンブレムがSマークと平行の位置に変更し、「MRワゴンエコ」とリアのエンブレム配置を統一した。