P4U、P4U2に登場するシャドウ案件を対処するための特殊部隊。
2010年に桐条グループと警視庁によって共同設立された。リーダーは桐条美鶴。以下、アイギス、真田明彦が正規メンバー。P4U2でラビリスが加入。岳羽ゆかり、伊織順平、山岸風花、天田乾、コロマルはエクストラ・ナンバーズ(非常時特別制圧部隊)として関わっている。
桐条グループのシャドウ研究が一連の事件を引き起こしたと考える公安にマークされている。
P4U2後の作品における扱い
ペルソナ4の連続殺人事件は地方で起きていた上に、シャドウ関係の事件だと知っているのが主人公達と犯人だけ(事件解決の1ヶ月前となる11月5日に主人公が、その少し後に逮捕された実行犯がそれぞれ警察に対して証言しているが、いずれも虚言・妄想の類と判断された)だったこともあり関与できなかったようだが、ペルソナ5では都心で精神暴走事件や心の怪盗団による改心事件が起きていながら、シャドウワーカーは影も形もない。
これはイセカイナビがないことにはパレスやメメントスには入れず、認知世界を知ることができないからであろう。事件には公権力の存在があったことや終盤の展開によりこの頃にはシャドウワーカーは気付いてもよさそうだが、5の後の時系列になるペルソナ5スクランブルには警視庁公安部が登場するも5以前のシャドウ案件には触れられていない。
なお、ペルソナ4ザ・ゴールデンのエピローグはP4U、P4U2より後であり、そのときの出来事を示唆するシーンがあるため、単純なパラレルでもないようだ。