概要
鹿児島県鹿児島市に本社を置く日本のフェリー会社で、旧社名は大島運輸。
鹿児島市、ないし東京・大阪（神戸含む）と、奄美大島、徳之島、沖永良部島、与論島および沖縄県那覇新港を結ぶフェリーやRORO船を運航する。
特に東京と那覇を結ぶ航路は、国内航路としては日本最長（およそ1700kmを走破する）であったが、2014年を持って新型のRORO船に置き換えたため、旅客営業は終了した。
同航路では2009年に船舶「ありあけ」が座礁する事故が発生、同船の廃棄を余儀なくされる。これにより、かつて名古屋・大阪から那覇(マルエーとことなり全便が直行した)・宮古島・石垣島を経由して台湾の基隆・高雄まで向かう国際カーフェリーであった旧有村産業の「クルーズフェリー飛龍21」を購入、繋ぎとして利用したが、結局貨物専業転換となった。
クルーズフェリーの名の通り、船内はかつて有村時代に営業されたバーやラウンジなどが点在したが、殆どの施設は閉鎖され、バーはフリースペース（本棚があり、小説や漫画が置いてあった）となっていた。
特に本州航路の場合、カーフェリーというよりはコンテナ貨客船の形態を模しているとも言える。もちろん車も運べるのだが、主要荷物はフォークリフトによる荷捌きコンテナであり、特に関西航路の徳之島では10分で荷物を出し入れする華麗なリフト捌きが見れたりする。
鹿児島航路は旅客輸送上も重要航路の一つであり、東京線や大阪線が1隻の船で数日置きという運航の中、2隻の船を使用し隔日運航している（片道約25時間）。なお、空いている日は同航路を担当するもう一つのフェリー会社「マリックスライン」の船舶が就航している。
関連項目
韓国フェリー転覆事故 - 事故を起こしたフェリー「セウォル号」は元々マルエーの鹿児島航路用「フェリーなみのうえ」(初代)であった。同航路就航時代は無事故だったという
