御坂美琴と妹達（シスターズ）は血縁的意味合いでは姉妹ではないが、両者の仲が良好であり姿もそっくりであることからしばしば御坂姉妹と呼ばれる。
妹達には外見年齢が異なる3タイプが存在するが、pixivではそれぞれの代表として「御坂妹（10032号）」「打ち止め（ラストオーダー）」「番外個体（ミサカワースト）」が描かれる事が多い。
（というより美琴と外見年齢が異なる2タイプはそれぞれ一人しかいないが）
このため、派生系として人数が増えた御坂三姉妹というタグが付けられることもある。その場合、美琴・御坂妹・打ち止めの組合わせが一般的である。
さらにタグに限らなければ御坂四姉妹という単語も存在する。この場合は上記三名に加えて番外個体が加わる。
原作での関係
本来、御坂美琴と妹達の各個体はDNA提供者とクローン、つまり同じ遺伝子を持つ人物であり姉妹関係にはない。また、美琴は提供したといってもそれは病気の治療法を研究するためであり、クローンを作るために提供したわけではない。このため当初は妹達の存在を知らされておらず、噂としては耳にしていたものの冗談だと思っていた。（しかし心のなかではいつの日か自分のクローンが現れる可能性に怯えていた）
妹達の実在を知らない時点で白井黒子に「もしクローンが自分の目の前に現れたらどうするか」と聞かれたときは「薄っ気味悪くて私の前から消えてくれーって思っちゃう」と、拒絶の態度を見せている。これは自身のクローンへのイメージが『本人を亡き者にして入れ代わりを画策するみたいなブラックなもの』と想像していたためである。
実際、初めて妹達の一人（ミサカ9982号）と出会った際は険悪な雰囲気で問い詰めていた。しかし、9982号のペースにのせられて連れ回されるうちに情が移り、出会って数時間後には非常に親しげな会話を行うようになる。
その後、学園都市第一位の能力者・一方通行による妹達を殺すことを主軸とした実験が行われていることを知り、その阻止に奔走することになった。上条当麻の介入による実験中止後も、美琴は残骸事件では実験再開を阻止するために奮闘するなど、妹達への深い思い入れが窺える描写が存在する。
これに対して、妹達の側でも美琴のことを『お姉様』と書いてオリジナルと呼んでいる。素体と呼ぶシーンもあるが、大抵は『お姉様』表記であるところを見ると、妹達の姉という認識があるようだ。（これは妹達に関わった研究者から「言ってみればあなた達のお姉さまってところかしらね」と言われたことが原因と思われる）また、実験中止後は「姉は妹のワガママを聞く義務がある」と子どもに言い聞かせる、その子どもに美琴のほうが妹と思われた（理由はポケットからゲコ太がはみ出していたため）とき10032号は「ミサカのために命も捨てようとした困った姉です」とフォローするなど、それまでに比べて美琴を姉とする認識が強まっているようである。
ちなみに、あの口が悪い番外個体ですら『お姉様』表記である。
なお実験中止後、禁書目録本編では美琴と妹達の関わり合いは少ないものの、ロシア戦では現地の学園都市協力機関に預けられていたミサカ10777号が核ミサイル発射を阻止しようとする美琴に自主的に協力している。
また、外伝とある科学の超電磁砲は妹達編以降、美琴と妹達の描写が丁寧に描かれており、実験中止後も姉として妹達を見守っていこうとする美琴と、自らのオリジナルに時には呆れ、時には弄くりながらも仲を深めていく妹達との関係発展の物語となっている。
