概要
当初のタイトルは「ボボボーボ・ボーボボ」のままで話数は第一部の続きという事もあって231話からだったが、聖スパゲッティ学園のヘッポコ丸戦辺りからタイトルが変更され、話数も修正。
日本を舞台とし、前作と比べてシリアスな要素が多いのが特徴で、ファンの評価は賛否両論であったらしい。
かかってこいや!真拳使い!!
中盤～終盤にかけて開催された読者参加企画で、これまで何度か行われたオリジナルキャラクター募集コーナー。
誌面及びコミックス掲載作品には銅、銀、金いずれかの首領バッチ(真説ボボパッチのイラスト)と澤井先生書き下ろしサイン色紙がプレゼントされた。
ちなみに本編で登場したネオ板橋区偵察部隊の3人はアシスタントの作品例である。
金賞受賞作
第一回(WJ誌面掲載):ヴィク鳥ーファイター(ヴィク鳥ー真拳) ※本編登場
第二回(JC3巻掲載):カツオ谷ふみ夫(フィッシュ真拳) ※本編登場
第四回(WJ誌面掲載):チェリーナ(果物野菜真拳)
第五回(WJ誌面掲載):T-BACKマン(オカマ真拳)
第七回(WJ誌面掲載):トコ武士(本名:アサリ丸)(大ボラ真拳)
第八回(JC7巻掲載):十二支・8(読み:えと・エイト)(十二支真拳)
※WJ誌面掲載の第3回とJC5巻掲載の第6回は金賞なし。
ストーリー
ボーボボ達がマルハーゲ帝国をぶっ潰して1年後の世界。
この世は真の力を取り戻したツルリーナ3世がネオマルハーゲ帝国を築き上げ支配していた。
ボーボボはツルリーナ3世を再び倒すために、かつての仲間達を集め、再度戦いの旅に赴くのであった。
ボーボボはまずビュティと再会し、新たな仲間であるさすらいのコアラガ王と共に毛狩り隊改めケガリーメン達と戦うこととなる。
ケガリーメン養成学園編
渋谷に位置する「私立ラーメン高校」、そこはケガリーメンを育成するための養成施設だった！ボーボボ一行は学内の黒幕を倒すべく潜入捜査を開始。
その学校に通う一人の少年、世の中ナメ郎。真拳使いの不良男子を前にボボ八先生の特別生徒指導が始まる！
そしてラーメン高校を潰したボーボボ一行の前に現れたのはヘッポコ丸。だが彼はケガリーメンAブロック隊長となりボーボボと敵対していた！
挨拶代わりと称し、ボーボボと衝突・撤退していくヘッポコ丸。彼を追った先には新たな学校「聖スパゲッティ学園」が聳え立つ。
この学園の支配者バブウによって凶悪な力に飲み込まれてしまったヘッポコ丸。彼を止める最後の手段は『聖鼻毛融合』しかない！
嵐を呼ぶ名古屋編
2つの実験所を崩壊させたボーボボ一行の次なる目的地は名古屋城を根城にするFブロック支部。そこにはヘッポコ丸の妹であるポコミが囚われているという。
Fブロック支部に乗り込んだボーボボたちが目にしたのはかつての仲間天の助。天の助が加わったボーボボ一行は隊長格の名古屋兄弟を一蹴してみせた。
しかし、一行がポコミの許にたどり着くも時既に遅し。ポコミは真Fブロック総隊長として強化改造させられていた！
名古屋兄弟との戦闘を事前に観察していたポコミはボーボボたちの戦い方に順応し、その上を行く。聖鼻毛融合さえも阻止されるボーボボに勝機はあるのか…！？
エリートアカデミー編
富士山の麓に位置する「ツルリーナ・エリートアカデミー」。ポコミやナメ郎が通っていたこの場所に誘致されたボーボボ一行の前に真Fブロック総隊長ツルビーニャが立ちはだかる。
ツルビーニャになすすべなく拉致されてしまうナメ郎。追いかけようとするボーボボたちを抹殺すべく、エリートアカデミー四天王との戦いが始まる！
四天王を退けたボーボボ一行がナメ郎の許に着くと、既にツルビーニャがナメ郎によって倒されていた！
ナメ郎は封じられた力と記憶が開放され、自分がツルリーナ3世の子孫だということを理解し、ボーボボ組からの脱退を告げる。今ここに宿命の戦いの幕が上がる。
圧倒的な力を振るうナメ郎に圧倒されるボーボボは、対3世用にとこれまで隠していた新たな力を解放する！
黒賭博編
ナメ郎を連れ戻したツルリーナ3世によって全人類の完全制服が宣言された！各地で真拳狩りが始まり、東京を自らの巨大要塞都市「東京マルハーゲ23区」として急速に改築していく。
戦力不足を悟るボーボボは一行を連れて伝説の修行の地「ギョラパーティー」へ向かう決意をする！
修行の地での一ヶ月の特訓の末、東京マルハーゲ23区へと乗り込んだボーボボ一行。彼らの進攻は紫龍炎かまらの率いる黒賭博騎兵衆との決戦から始まった！
ネオマルハーゲ東京23区編
紫龍炎かまらが倒れ、ネオマルハーゲ帝国内の力関係が乱れ始める。渦巻く内部抗争で真っ先に台頭したのは本年度のキングオブハジケリストの柊。
柊はツルリーナ3世秘蔵の「カゲの世界」のハジケリストを率いて、ボーボボ一行にハジケバトルを挑んできた！
幹部格を全員沈黙されられたツルリーナ3世。彼の居城に乗り込むことに成功したボーボボ一行はついに3世との最終決戦が始まる。
しかし、3世に味方する存在が一人。その名はツルリーナ5世、封じられた時が動き出し桁違いの力を身に付けたナメ郎だった。
毛の種族による封印から始まった永きに渡る因縁の戦い、勝利の鍵は友情パワーにあり！
