ファーストシーズン
出逢いと別れ
2人の出逢いはアレルヤがまだ人類革新連盟の超人機関技術研究所（以下、超兵機関）の被検体だった頃である。
『被検体E-57』として脳の施工手術をされ、自身の名前や過去の記憶など一切を失ったアレルヤ及びアレルヤの第二人格であるハレルヤに「神様への感謝の言葉」である「アレルヤ」、「ハレルヤ」という名前を付けたのが、機関で超兵となるべく生み出されたデザインベイビーだったマリー・パーファシーである。
その頃のマリーは五感が全くなく、アレルヤ及びハレルヤとは脳量子波を通じて会話していた。
心を通い合わせていくも、そんな時間も長くは続かなかった・・・。
超兵として安定しないアレルヤ（ハレルヤ）や他の被検体達は失敗作とされ、処分される事に。
死にたくなかった彼らは輸送船を奪取し、機関を脱走する事を決める。
アレルヤはマリーの身を案じたが、自身の事でいっぱいだった彼は彼女と別れる事に。
その後、マリーは新たな人格（ソーマ・ピーリス）を植え付けられる事で五感を復活させ、超兵1号として、人類革新連盟軍のパイロットとなる。
戦場での再会と敵対
ソーマとして人格が上書きされた彼女は、自身の本来の人格と名前、アレルヤ（ハレルヤ）との思い出など全ての記憶を喪失してしまった。その為、ソレスタルビーイングのガンダムマイスターとなったアレルヤと再会するもお互いが気付かなった。
後に「フォーリンエンジェルス」と呼ばれる決戦でアレルヤは、『ソーマ・ピーリス=マリー・パーファシー』である事を知り、愕然とする。
セカンドシーズン
マリーの復活
決戦後、連邦軍の捕虜となっていたアレルヤは復活した刹那達に助けられる。
その際に本来の名前が『マリー・パーファシー』である事を告げる。
マリーを取り戻す事を決意するアレルヤとアレルヤから告げられた真実に揺らぎを見せるソーマ。
アロウズとして出撃したソーマと戦闘を続けるアレルヤは、孤島に不時着する。
MSでの戦闘が不可能なダメージを受けている事を悟ったソーマはアレルヤに白兵戦を仕掛ける。
『マリー』の名前を呼び続けるアレルヤに記憶を刺激されたソーマは気を失ってしまう。
目覚めたソーマは、『マリー』としての記憶が蘇っていた。
アロウズからの離脱とソレスタルビーイングへの保護
アロウズでの戦闘中に行方不明となった事を知ったセルゲイ・スミルノフは戦闘していた地点から推測される予想落下ポイントに向かい、そこで『ソーマ・ピーリス』と『マリー・パーファシー』の真実を知らされる。
2人の決意を聴いたセルゲイは「ソーマ・ピーリス中尉は名誉の戦死を遂げた」とし、アロウズからの離脱を許した。
セルゲイ・スミルノフの死
後に「ブレイク・ピラー事件」と呼ばれるクーデター未遂により、本当の親のように慕っていたセルゲイが誤解と長年の擦れ違いから自身の息子であるアンドレイ・スミルノフにより討たれてしまう。
そのショックからマリーは再び内側に籠ってしまい、再び、ソーマが表に出てくるようになり、実の息子が実の親を殺したという事実を知ったソーマはアンドレイへの敵討ちに燃える。
また、アンドレイもソレスタルビーイング側にソーマがいる事を知り、「父は以前から連邦を裏切っていた」と更なる誤解をし、怒りに燃える。
アロウズとの決戦
アリオスガンダムの支援機であるGNアーチャーの搭乗し、戦った。
00ガンダムの放出する純粋なGN粒子に誘発されるように純粋種のイノベイターに覚醒していった刹那が発動したトランザムバーストによる対話により、和解するソーマ（マリー）とアンドレイ。
決戦後は自身らの出自や奪ってきた命に対しての巡礼の為に組織を一時離れ、2人で旅に出た。
A wakening of the Trailblazer
ELSとの戦い
巡礼の旅の最中、脳量子波に惹かれてきたELSにより狙われる2人。
新たな脅威に組織に戻った2人が受領したのは複座式のガンダムハルートだった。
最終決戦時にも2人は無事生き残っている。
余談
上記の通り二人は本編でも劇場版でも生き抜いて添い遂げたため、ガンダムシリーズでも類を見ない共に強化人間でありながら幸運にも戦争を生き延び添い遂げたカップルという珍しい特徴がある。
シリーズではカップルの片方もしくは両方が強化人間の場合、強化人間側は非業の死を遂げ悲恋になってしまうことが多い。
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