外面はいいが内面はとてつもない癇癪持ちで、些細なことですぐに大爆発した。ある時病院回診を終えて車へ乗り込む際に「先生、今日はノーネクタイですか？」と言われ、「院長がネクタイを締めていないのを誰も注意しないのは何事か！！」とあたり構わず雷を落としまくった（ネクタイをうっかり忘れていたのは茂吉本人である）。

かなりの食いしん坊で、（贅沢はしないが量については）ひどく吝嗇だった。戦時中の疎開先で料理を振舞われた際「隣の者の皿の方が大きいから代えてくれ」と言い出し、代えられるとまたしげしげと見比べて「やっぱりさっきの方が大きい」と駄々をこね、結局元通りになった。

また食料品の貰い物は「俺専用だ」として、他の家人には決して食べさせなかった（孫と飼い猫を除く）。「茂吉に食べてもらうために送ってくれるものを他の者が食べては申し訳ない」というのが理由、ならぬ屁理屈。

昆虫学者や文学者志望だった次男の宗吉を強硬に医学の道へと進ませ、医学部進学後も成績が悪かったり授業をサボリがちなのを口うるさく手紙等で説教していた。しかし長男茂太の著書には「（茂吉は）あまりかんばしからぬ成績（卒業試験順位が132人中131番）で大学をどうやら卒業し」「医学には不熱心だが歌作には反対にきわめて熱心」だったとある。この親にしてこの子あり。

若い頃は「尻の穴から煙を吐く」程の大の煙草好きで、病院内で吸うと師の先生に怒られるので便所の中で隠れて吸っていた。後年自分がそれを止めてから、息子達が父親に隠れてこっそり煙草を吸うのを臭い等で敏感に察知し、烈火の如く怒っていた。やはり因果は繰り返される、のか。

バチカンに行った際、ミケランジェロの天井壁画を観るためサン・ピエトロ寺院の床に寝転び、係員に注意されたことがある。またエジプトでピラミッド見物をした際には乗ったラクダが後ろ足から起き上がる動物だということを知らず、同行日本人の中でただ一人その背中から転げ落ちた。