概要
遠い遠い海の向こうにある「バイキン島」の一角に設置されている。
公式Q&Aによれば、バイキン島およびバイキン城の場所をアンパンマンたちは把握できていない。
初登場はアニメ第1話「アンパンマン誕生」で、ばいきんまんの成長後には既に存在していたが、映画「アンパンマンが生まれた日」では子供のばいきんまんが一人でバイキン城を建設している姿が描かれている。
「アンパンマンとバイキンタイムマシン」では、まだ赤ちゃんのばいきんまんが、赤ちゃん時代の自分に似せた小さいバイキン城を既に用意していた。
外観はばいきんまんの頭部を模しており、目の部分が窓になっている。
パッと見でそこまで大きくない外観に反して、いくつもの巨大メカを収納できる格納庫(後述)があるなど城というだけあって広大。
メカの発進時は口の部分が開き、舌の部分がカタパルトとなるが、バイキンUFOの初発進以降はあまり使われない。
鼻の部分はアンパンマン号のノーズパンチ同様のロケットパンチとして武器にもなる。
触角の部分は（設定上では）それぞれがばいきんまんとドキンちゃんの私室になっているはずだが、変形してアンテナになったこともある。
アンパンチで吹っ飛んだばいきんまんが激突して破損することも多いが、そのたびに修理している。
トンカチどりによってドキンちゃんの顔を模した外観に変えられたこともあったが、ばいきんまんが手作業で元の外観に戻している。
浮遊移動機能
浮遊機能を備えた移動要塞でもあり、アニメ初期にはこれで攻め込む時もあった。
ばいきんまんにとっても奥の手扱いとされており、現在では滅多にお眼にかかれない。
天才科学者であるばいきんまんの発明に漏れずかなりの高性能で、巨体ながらもボタン一つで浮遊し出撃体勢に入れる優れもの……なのだが、推進システムは何故かプロペラ、しかもばいきんまんが自転車で人力で動かすというとんでもないローテク仕様。
それでも巨大化したアンパンマンから逃げられる程の機動性を誇るので、実はハイテクなのかもしれない。
初使用はドキンちゃんの初登場回でもある第13話Ａの「アンパンマンとドキンちゃん」で、使用目的は隕石のように落下してくるドキンちゃんが乗った卵型UFOを避けるため。
結局避けきれずに激突して墜落させられてしまったが。
内部の設備など
外観はほとんど変化がないのに対して、内部の施設は変化が多く一定していない。
映画『だだんだんとふたごの星』などでは、城の下の岩山部分にも巨大ロボットを製造する施設が確認できる。
司令室
コンソールが付いた巨大なモニターがあり、情報の分析や作戦立案、客人との面談が行われている。
他にもばいきんまんの各種トレーニング器具が置いてあり、筋トレなどで鍛えている。
コンソールの形状は実在のゲーム機のパロディになっており、初期のころはファミコンのコントローラーを逆さまにしたような形状だったが、後にスーパーファミコンのコントローラーそのままのデザインになっている。
LRボタンが省略されたりボタンの色が変わったりモニターに合わせて横幅が大きくなったりと多少の変化はあるが、基本的にはスーファミベースのデザインを数十年以上も維持し続けている。
また、1996年のクリスマススペシャル「アンパンマンとブラッククリスマス」ではセガサターン後期型（セガサターン白）のコントローラーになっており、こちらはLRボタンの色なども含めてほぼ完璧なトレースであり、パロディとしてはかなり際どい。
Wiiで発売された「アンパンマン にこにこパーティ」ではゲーム機に合わせたのか、横持ちのWiiリモコンそのままの形状で、モニターの色に合わせて灰色になっていた。
操縦席
司令室の真下にあり、緊急時には滑り棒で直接降りられる様になっている。
滑り棒は司令室に上がるエレベーターにもなっている。
操縦システムは前述の通り自転車形式。
研究室
新兵器などを開発している部屋。危険な作業も伴うためか、白衣や防毒マスク等が置いてある。
格納庫
バイキン城の口の部分に配置されており、バイキンUFO、もぐりん等の各種メカニックの整備が行われている。
巨大化したケムタン、へどろまん、こおりおに、だだんだんが入れる程広い。
ばいきんまんの私室
黄色と黒の警告柱が付いた無骨なベッドが備え付けられた部屋。
壁から謎のパイプが出ていたり、小さな窓にブラインドを吊り下げていたりする。
ドキンちゃんの私室
オレンジを主体とした女の子らしい華やかな部屋。
その他
ホラーマンやコキンちゃん等が滞在する事があるので、他にも居住区画があると思われる。
『かがやけ!クルンといのちの星』では、人生ゲーム風のゲームやボウリング場、かびるんるんらが集えるライブスペースなどの遊戯施設も確認できる。
