リジェネレーションキューブ
りじぇねれーしょんきゅーぶ
電子回路のようなパーツがいくつもついた巨大な立方体で、起動すると発光して幾何学模様が浮かび上がる。
サリーのペンダントで再起動できるほか(もちろん直接再起動も可能)、ゾイド因子に反応するため金属化したレオやランドのゾイド因子を放つ手でも再起動できる。
世界各地に散らばった後は微弱ながらも作動を続け、ヴォルテックスと呼ばれる超常現象を引き起こしていた。
今作では地球の環境変化の酷さ故に地球人は惑星Ziに脱出しており、その後惑星Ziも終わりを迎えたため再び地球を住めるように環境を整えるための「Ziフォーミング」を行うべく、これを地球に持ち帰ろうとしていた。
しかし、突如移送船がイレクトラ・ゲイト率いる一部の選民思想集団(テロリスト)にジャックされる。
ボーマンは決死の覚悟で移送船を近くに開いたワームホールに飛ばすも、ワープした際に目的の座標が誤ってしまい本来より少し過去の地球(我々が今暮らしている地球と大差ない)に到着(なおこの際、イレクトラらはキューブの暴走に巻き込まれ消滅)。
移送船は墜落・キューブの端末は世界各地にばら撒かれて起動してしまいゾイドやジャミンガが大量発生、オーロラや地殻変動などが多発する「ゾイドクライシス」が発生。
これにより地球は一度、事実上滅びた。
数年後人間がゾイドと共存(ほぼ利用みたいなとこもあるが)するようになり、ボーマンは再度正しいZiフォーミングを行おうと世界に散らばったキューブの端末を捜索。
孫のサリーにも手掛かりとなる特殊なペンダント(キューブの座標を映したり、探知機のような働きをする)を託すも、帝国軍に研究を感づかれ鍵となるペンダントを持つサリーは追われる羽目に。
そこへバズとライガーに乗ったレオに助けられた(過程でサリーのペンダントの力でビーストライガーに進化した)ことで、なし崩し的に逃亡者となった彼らと逃げる傍ら、端末を探すべく各地を巡ることとなった。
ヴォルテックス以外にも、ジェノスピノとの戦いで瀕死の重傷を負ったライガーが端末の再起動の際の光を浴びてライジングライガーに進化する布石を作る、オメガレックス戦でオメガレックスに向けて撃たれたグラビティーキャノンの超重力波の中を進むライガーにそれを打ち消す効果を付与するなどの役割も見られた。
物語中盤、ランドが自らの負のゾイド因子「ゾイド因子Ω」で端末の一つを再起動させるというイレギュラーを起こした際、Ωと告示した性質のゾイド因子を持って金属化していながらも生きていた(正確にはゾイド人間に生まれ変わったと言うべきか)イレクトラを目覚めさせることとなる(イレクトラはキューブ本体に寄生する形となっていた)。そこからはランドと真帝国軍対レオ達に共和国軍と帝国が一時休戦して手を組んだ合同軍(そして合流したボーマン)による端末の争奪戦となる。
物語終盤、原始ゾイド・古の皇帝龍ゼログライジスも戦力にしたランドらとの奪い合いの末最後の端末は溶岩に沈んでしまいランド(もといイレクトラ)の計画は頓挫したかと思われたが、なんとイレクトラはゼログライジスを最後の端末の代用として本体の前でエネルギーを解放し、地球をゾイドのみが住む惑星に変えようと目論む。
合同軍による制止も虚しく一度は全ての端末が負のゾイド因子で包まれ地球の書き換えが始まってしまうが、ライジングライガーがゼログライジスの体内に入り込み「ライジングバーストブレイク」でゼログライジスのゾイドコアを貫いたことで土壇場で全ての端末が純粋なゾイド因子で再起動。
本体のキューブも正常に再起動し、正しいZiフォーミングが始動。
異物と判断されたイレクトラは排除・消滅させられ(ゼログライジスは地下深くに消えていきライダーのランドは消滅)、ジャミンガはZiフォーミングの影響で一掃・全て消滅した。
こうして、地球再生の一歩は踏み出されたのだった。
