最終決戦を前に、和幸がアレスト・ホルンに覚醒するが闇堕ちする。
アレストとアモル・ゴアは「魔剣エクスカリバー」の力で人類を滅ぼそうと目論む。和幸を救うためにヴァニーナイツはアモル・ゴアと戦うが、その戦いの中であきらとあいりが死亡。
ありすが生き残り、和幸の下へたどり着くが、最終的にアレストの意思に抗った和幸が自刃。しかしエクスカリバーが発動してしまう。
おそらくは和幸の精神世界と思われる空間の中で、和幸が口から大量のゴカイを吐き出す、意味もなく哄笑する、「虫が、虫が」と言いながら両手の指がすべて血まみれになるほど頭をかきむしる、魔族と化したあきらとあいりが血まみれになって共食いを起こすといったグロテスクなサイコホラー的描写がなされる。
地球から光の玉が宇宙へ飛び去っていく。
林原めぐみの歌う主題歌が流れる中、光に満ちた空間でありすが和幸にキス。
和幸が目覚める。

これを読んで意味が解らないと思った方。あなたは正しい。

これでもかなりわかりやすく書いたつもりである。

上述の説明を物語としての体裁を保ったまま解釈するとすれば──

地球はアレストの覚醒と闇堕ちによって滅びた。
- 後半から突然始まる意味不明精神世界サイコホラーの裏の現実世界では地球滅亡が進行していたという解釈。要するにエヴァのあれと同じ。
ラストで宇宙へ飛び去った光の玉は和幸・ありす・あきら・あいりの魂。
彼ら4人（あるいは和幸とありす）のみ人生がリセットされ、別の時代もしくは世界へ転生し、新しい生を始めることになった。

という、今で言うまどマギや龍騎的なラストだった、ということになるのだろうか。

ただし、これとて数ある解釈の一つに過ぎない。

とにかく「こうである」と確定するための情報が最終回後半の映像からほぼ読み取れないので、誰であろうとも「多分こういうことなんだろうなぁ」レベルの推測しかできないのである。

これについては、放映直後から公式サイト宛てに「なぜ？の嵐」と形容されるほど抗議もしくは困惑を示す意見が殺到。

同業者からも「60時間かけてやった大作RPGがバッドエンドを迎えた様な喪失感と虚脱感を感じました」「エヴァンゲリオンの真似をするにしても、もう少し巧くやれ！」といった厳しい批判が寄せられ、出演者すら苦言を呈するほどだったという。

「初めに聞いたとき分からなくて、監督さんに聞いても分からないっていわれてしまって（笑）」和幸役・渡辺慶氏
「ありす的にはハッピーエンドだと思っています。でも、誰も死なずに最後まで平和で終わればうれしかったですけどね」ありす役・栗林みえ女史
「最後はハッピーエンドなのかそうじゃないのかよく分からない。ただ、ありすと和幸の物語と言う意味ではハッピーエンドなんだろうなと思っています」あきら役・益子梨恵女史

プロデューサーの畑澤和也は公式サイトにて、

「製作状況やストーリー構成が破綻した結果ではなく、制作陣たちがキャラクターや物語に真剣に向き合った結果の結末」
「おざなりでご都合主義的なハッピーエンドにはしたくなかった」
「視聴者の想像の余地を残したかった」

と釈明しており、整合性のない一連の映像についても、公式サイトやDVDの解説書に一応の解釈を記述しているものの、「これは製作側の公式発表というよりも自分の個人的な解釈であり、見る側によって全く違う解釈を行うこともできる」と念を押している。

また同時にムック本では終盤の展開はありすのきわめて個人的な戦いであったと明記されている。というのもヴァニーナイツは特撮テレビドラマという体はとっているものの、正義の味方ではなく彼女たちが守るのは世界ではなくアレスト・ホルンであり、そのアレスト・ホルンが敵となった時にありすが決めた決断が和幸を取り戻すということ。結果、世界や人類が滅びたとしてももはやありすにとっては関係なく、たとえどんな結果になろうとも愛する人を取り戻したいというヒーローものにあるまじき私的な理由からこの結末となったようである。

一方、最終回に至るまでに物語を盛り上げておきながら物語としての結末をはぐらかす結果となったことについては公式書籍で反省の念を述べており、第15話までで本来のコンセプトをやり切ってしまい、残り5話で物語を詰め込みすぎたこともこれほどの負の反響を呼ぶ最終回となった要因の一つとして挙げている。

畑澤Pは「（最終回に対して）皆さんが感じたのが怒りであれ虚脱感であったとしても気持ちが伝わったという事ですからね。どういう風にでも「何か」が残れば、感じてもらえれば、と思っていました」と件の釈明文を結んでいるが、それにしてもはっきり言って意味不明な展開にしか思えない。

というわけで、放送からかなり経った現在でも往時を知る特撮マニアの間では「あの終わり方は納得できない」と語り草になっている。